[求救] DNA序列與胺基酸序列整合

[betrue1986 (Purple)]

各位前輩好，

目前小妹手上已有完整粒線體DNA序列以及粒線體各基因的胺基酸序列

現在要將他們整合成完整的檔案，類似像↓



5'- A TGATAAGTAC TATTATTTCA ATCATCTTTA AAACGCTTGC AATAATAATA………-3'
    M   M  S  T   I  I  S   x  x  x  x   x  x  x   x  x  x  ………



有沒有可以把DNA與胺基酸彙整成完整排序的軟體呢？？

應該不會是用word慢慢一個base一個base推吧＠＠？！

序列總長有接近20K的長度耶......

之前有用過lasergene的seqbuilder的功能，是可以這樣彙整，形式也是我要的沒錯，

但是就是多了各基因中胺基酸的排序號碼和translation ruler，

讓整個畫面都充滿線條，也無法取消讓畫面很乾淨，

把translation ruler取消的話連同胺基酸都會不見只剩下DNA序列.....

其實排序完成後，我要的就是只有完整DNA和排序好的胺基酸這樣，

然後能夠編輯界定各基因的頭尾，但是都無法get...

請問版上大大有沒有解決的方法呢？

小妹先在這裡跪謝了！

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◆ From: 140.117.232.110
※ 編輯: betrue1986      來自: 140.117.232.110      (11/15 20:32)
→ blence:http://web.expasy.org/translate/
推 bigfourx:http://www.bioinformatics.org/sms/ 用這個吧!!
→ bigfourx:旁邊 有一個 show translation 點進去 給他序列
→ bigfourx:出來就是你要的，不過在網頁上，你在整個複製貼到WORD
→ bigfourx:整個就是你要的格式，試試看吧
→ betrue1986:b大 我貼序列進去後按submit沒有動作耶＠＠！
→ betrue1986:阿 有了 只是旁邊有數字 那這樣只能一次輸入單個基因？
→ betrue1986:最後若要呈現全部序列 一排100個nt 最旁邊有100.200
→ betrue1986:等數字 是不是就是要自己KEY?!
推 bigfourx:你會不會弄錯個@@我看了一下只有60.75.95.105....
→ bigfourx:我沒看到你說的SHOW 100.200耶 我的蛋白90幾Kda都可以用
→ bigfourx:DNA 2K多...你確定你是用DNA Figures→Show translation
→ betrue1986:b大誤會了 我的意思是 最後要呈現的個數 每行是100nt
→ betrue1986:然後 因為基因與基因間會有IGRs是不能夠轉譯成胺基酸的
→ betrue1986:所以是不是 就只能個別基因逐個手動貼上的胺基酸？
推 bigfourx:如果你中間IGRs也要用我就不知道了@@"
→ betrue1986:還有～這不用選擇適合物種的codon嗎？
→ betrue1986:如果不能辨別IGRs 除了第一個基因 後面都要慢慢推了QQ
推 bigfourx:特定物種那就codon optimize..上面有一篇有推薦軟體....
推 bigfourx:我知道的是codon對應的胺基酸應該大致固定，是含量的問題
→ bigfourx:但或許我認知是錯的....
推 afresh72:SerialCloner，免費好用！
→ betrue1986:後面的基因好像還是要逐個推 但還是謝謝b大和a大喔！！