[求救] miRNA predict (PITA, targetscan..)

[onerabbit (是時候該冒險)]

剛開始接觸 targetscan 跟ＰＩＴＡ

但是對這兩個網站我完全摸不著頭緒

也沒人可以問，本身之前也不是做ｍｉＲＮＡ

爬文跟google

都沒看到這兩個網站的教學...

也沒人可以問...


有沒有好心人可以教一下 :(

拜託....


補充問題:  目的: 以CD105(human)為例，我想要找到可以target它的miRNA

           過程  我先利用 Entrez database去找他的gene symble :ENG

                 然後 我到 targetscan 首頁

                 在2. Enter a human Entrez Gene symbol : 輸入ENG

              Q1 但在3 的地方我不知道該選什麼，但我看了

                 broadly conserved/ conserved* /poorly conserved

                差異，在這個地方我該怎麼選 我還是沒頭緒

                是要選broadly conserved嘛?


             Q2 假設在step3 都不選，直接按 submit 進去

                 出現了兩個 NM_000118     (905 nt)
                            NM_001114753     (670 nt)
                 我卻不知道該怎麼判斷哪一段好，是選較長的嘛?


             Q3  然後假設點了NM_000118進去後，再來是挑選 mi-RNA

                 應該是要選conserved 吧， conseved 應該會比poor conseved的好

                 但為什麼他的網站還要列出poor-conseved?





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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 223.143.227.120
推 HEK293:要不要先敘述一下你哪裡不會跟你的用途
→ onerabbit:喔喔~SORRY，我晚點再補充...現在還沒下班~謝謝提醒
※ 編輯: onerabbit       來自: 219.85.93.15         (01/25 00:19)
※ 編輯: onerabbit       來自: 219.85.93.15         (01/25 00:35)
推 hwjuranus:推薦一個應該比較好用的 mirtar.mbc.nctu.edu.tw
→ hwjuranus:整合三個常用的miRNA prediction tool  簡單上手