Re: [求救] miRNA predict (PITA, targetscan..)

[HEK293 (人類胚胎腎細胞293)]

: 補充問題:  目的: 以CD105(human)為例，我想要找到可以target它的miRNA
:            過程  我先利用 Entrez database去找他的gene symble :ENG
:                  然後 我到 targetscan 首頁
:                  在2. Enter a human Entrez Gene symbol : 輸入ENG
:               Q1 但在3 的地方我不知道該選什麼，但我看了
:                  broadly conserved/ conserved* /poorly conserved
:                 差異，在這個地方我該怎麼選 我還是沒頭緒
:                 是要選broadly conserved嘛?
如果是做人類miRNA，其實conservation的資訊影響不很大。
只是因為non-coding RNA如果在各物種間的功能一致，一般認為較不受生物
多樣性影響。所以通常3.這細目我是不設定。

:              Q2 假設在step3 都不選，直接按 submit 進去
:                  出現了兩個 NM_000118     (905 nt)
:                             NM_001114753     (670 nt)
:                  我卻不知道該怎麼判斷哪一段好，是選較長的嘛?
這兩個accession分別是：
NM_000118.2  endoglin isoform 2 precursor (S-endoglin)
NM_001114753 endoglin isoform 1 precursor (L-endoglin)
你可能要先看看你要的是哪一段mRNA。

:              Q3  然後假設點了NM_000118進去後，再來是挑選 mi-RNA
:                  應該是要選conserved 吧， conseved 應該會比poor conseved的好
:                  但為什麼他的網站還要列出poor-conseved?
通常TargetScan預測的broadly conserved miRNA in vertebrates會直接顯示在
最上面那條藍藍棒子(indicates 3'UTR of your interested mRNA)上
如果沒有，則表示加權分數都未達該網站預測的閾值。

下方的list則是seed seq的比對，由於miRNA對mRNA的影響除了完全辨識接合
seed seq之外，也可以接受mismatch然後進入p-bodies(not gonna be degraded)
所以有一定機率在這個list上的miRNA也會有功能。

當然也不用對結果太失望，你可以嘗試其他網站。
PicTar, microRNA.org, DIANA-mT, 等等，另外也有些網站幫你蒐集各大站的結果
例如mirDIP( http://ophid.utoronto.ca/mirDIP/search.jsp )等。

如有任何錯誤還請各位先進不吝指教囉~祝你好運

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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) 
◆ From: 120.126.53.168
推 RickyKckao:有些gene雖然功能一致 non-coding region差不少哦 不少
→ RickyKckao:seq在human與mouse之間差滿多的~ 然後不要太相信Target
→ RickyKckao:Scan上面列的物種間的seq 大部分的情況下他是錯的!!!!!
→ RickyKckao:要確定seq是否有conserved最好還是自己alignment 目前
→ RickyKckao:我只確定microcosm的物種間seq較為正確
推 aceliang:要直接證明binding，或許AGO2-IP也是個辦法。