作者otneiv (oleic)
看板Biotech
標題關於Methylation Primer 設計
時間Wed Feb 27 16:24:15 2013
想請問一下 關於MethPrimer這個程式所設計出來的PRIMER
我是用Pick primers for bisulfite sequencing PCR or restiction PCR 這個選項
來設計PRIMER
在輸入完序列 按下Submit後 會出現程式設計好的PRIMER
想問的是: 為什麼它所設計出的PRIMER 僅有A T G三個鹼基?(Forward primer)
我知道 當沒有甲基化的C經過bisulfite處理後會變成U(T)
可是在DNA中 應該不會所有的C都沒有被甲基化吧!
那這樣程式設計出來的PRIMER 我需要去做更動嗎?
謝謝大家
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◆ From: 203.71.2.84
※ 編輯: otneiv 來自: 203.71.2.84 (02/27 16:29)
推 cindychangn:我想是因為這種primer不能包含可能被甲基化的CpG site 02/28 14:33
→ cindychangn:所以所有的C理論上在處理後會轉成U。 02/28 14:34
→ otneiv:對耶!有這種可能說不定! 感謝~ 先試試看軟體設計的結果如何 02/28 22:06
推 jeffsu:msp是在primer上設計有甲基化的位置 03/01 20:33
→ jeffsu:但BSP是要看這段序列上的甲基化程度 03/01 20:33
→ jeffsu:要是他有甲基化位置 你根本不知到要怎麼設計 03/01 20:34
→ jeffsu:所以一般設計BSP的primer會避開甲基化的位置 03/01 20:35
推 jeffsu:而MSP則是由PCR產物的有無判別是否有甲基化 03/01 20:40
→ otneiv:感謝指導!! 03/03 19:54