[求救] 電泳跑genomic DNA

[yufw1023 (主科爆爆蟲)]

發問時請注意，若是要問實驗相關的問題，請將實驗的步驟、所用的條件大致列出

以方便板友幫您追蹤問題

           ----請將上列注意事項以 ctrl + k 刪除後開始編輯文章----


我最近抽蝦子的genomic DNA，是那種最原始、完全沒有加工過的genomic DNA

就只是把它抽出來而已。抽完之後有測他的濃度，後來控制在大約500ng/μl

所以應該是有抽出東西的。只是下去跑了卻幾乎全部都跑不出來，

有幾條完全卡在well裡面...(我這次用的agrose是0.8%的


想問問看有甚麼解決方法?只要把gel的濃度在調低一點就好了嗎?

印象中一般也只能到200bp，那麼大的genomic DNA也行嗎?


因為這不是研究室的實驗，只是個要給高中生體驗抽動物DNA的"體驗"

不需要要求保持DNA的完整性，但也希望不要太複雜方法

我們不太希望加限制酶去亂切(RE對我們來說不是很容易取得

--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 140.116.118.170
→ blence:你期望直接抽出來的gDNA跑0.8%出來應該要怎樣？
→ xxtomnyxx:你用多少的 DNA 下去跑啊？
→ xxtomnyxx:可以試試看 GAPDH 的 PCR 阿.....
→ xxtomnyxx:(不過我不知到蝦子的 GAPDH primer 是不是一樣)
→ nike77114:你可以先說看看蝦子的gDNA大小是多少?然後預期跑到哪阿
→ williamyang:不用RE,可以超音波.
→ sylvialalala:我的動物genome size500Mb直接跑1%看得到band喔
→ sylvialalala:有的時候nanodrop測的濃度不太準,我有試過測200ng/ul
→ sylvialalala:但跑膠還是什麼都看不到～後來發現是抽的quality不好
我是希望他能跑出well就好，因為loading dye的第一條顏色也跑到倒數第二條線

以期望來說應該會出現很長的一條，不要求能看出甚麼所以然

只是想讓學員知道有東西跑出來就好(體驗跑電泳的過程為主要目的

p.s.一個well是跑12μl大約200ng DNA的量
※ 編輯: yufw1023        來自: 140.116.118.170      (05/29 01:05)
→ blence:你期望跑出well,應該知道gDNA多大,0.8%要跑多久才跑得出來
→ blence:用loading dye對比gDNA,不覺得你的條件留在well是合理的嗎?
→ blence:你得多瞭解跑膠多少％能觀察多少size,才不會實驗講解卡卡的
因為我知道最多的是0.3%的agrose可以分離的範圍是5~60k

感覺這也不足以跑動輒幾百m的gDNA?
※ 編輯: yufw1023        來自: 140.116.118.170      (05/29 13:01)
→ xxtomnyxx:我抽小鼠的 gDNA 跑膠，在 marker 很上面有一條 band 我
→ xxtomnyxx:就當它是成功了.....
推 CD133:如果只要體驗，讓學生抽完後看到一團絲狀DNA應該就很好玩了
推 CD133:不然就抽transform plasmid DNA的細菌好了，應該容易一些
因為想讓他們學到比高中更多這類的實驗，所以還是想跑個電泳

我們弄不到這麼多的plasmid DNA的材料，而且之前我有提過還是被否決了
※ 編輯: yufw1023        來自: 140.116.118.170      (06/03 01:02)
推 puec2:剝蝦殼再抽試試看