※ 引述《cdkcyclin (ilovesuju)》之銘言：
: 我的實驗假設是A protein會增加N protein的表現量(或穩定度 或活性 尚未知)
: 我的老闆認為，同時co-transfect 表現A和N protein的plasmids到細胞內時，
: 應該要看到N protein上升。
: 但我不這麼認為，因為這樣變因就很複雜了。
: 不管是transfection efficiency的差異，
: 或是promoter之間的競爭(因為兩個plasmid皆由CMV調控)，
: 但我老闆似乎不接受我的看法，
: 各位版友們有沒有更詳細的解釋或是觀點可以跟我討論呢?
: 謝謝各位!
有幾個問題，
首先你使用的細胞株會表現 endogenous 的 A 和 N 嗎？
還有，
A 與 N 的調控不知道是 DNA level、RNA level 還是 protein level，
如果 A 增加 N 的表現是透過增加 N 的 promoter 活性，
或是抑制 N 的 RNA 被降解的速度，
甚至是藉由 riboswich 增加 N 的 mRNA 轉錄活性，
而非 protein level 的調控，
那麼使用 co-transfection 表現的 N 基本上不怎麼會受 A 影響，
除非你的 plasmid 上面包含有 N 自己的 promoter、intron、3'和5' UTR，
不然用 co-transfection 是看不出任何改變的。
(不過如果用的是 N 的 promoter 就不叫 overexpression 了吧....)
所以用 co-transfection 只能判斷是不是由 protein level 的調控。
如果是我來做，
我可能會嘗試用：
GFP A N
+ - -
- + -
- - +
1 : 1 : 0
1 : 0 : 1
0 : 1 : 1
剛好 6 well，
反正不管是 western blot 還是 RT-PCR 或 Q-PCR，
同時做 6 個和只做 2 個花的時間不會差太多。
(之中大概也只有 Q-PCR 的 probe 比較燒錢)
不過既然要解決這個問題，
那就順便問一下：
你用的細胞株會表現 endogenous 的 A 和 N 嗎？
還有你打算用什麼方法看 A 和 N 的表現量？
Western blot? 還是 RT-PCR?
另外如果你擔心的是 promoter 的 影響，
你可以多做一個用其它 promoter drive 的 N 或 A 來做實驗阿。
EF1a、SV40、UbC 等等，應該不難拿的到這樣的 vector 吧？
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