[求救] DNA gel bands 的 pattern 很奇怪

[poohwl (......)]

我抽了幾個經不同處理的細胞的RNA，

再用RT kit轉成 cDNA, 接著跑PCR

我的做法是各取等量的templet到PCR管中，再將混合好的Taq, primer. dNTP等量加到
每個PCR tubes裡，接著votex、spin down，就放到PCR machine中進行反應。

跑膠之後,卻出現奇怪的情形

1.出現多條band
2.sample的band有兩種截然不同的pattern （1, 6, 9 lane)

附上照片http://www.wretch.cc/album/show.php?i=wch10211021&b=2&f=1408039934&p=0

看起來似乎問題不只一個，完全沒有頭緒該從哪裡開始troubleshotting

希望版上的前輩可以幫忙解惑！

謝謝 ！

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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) 
◆ From: 140.112.121.113
→ ai760721:P個nested看看?
→ ai760721:預期的band是多大呢?
推 ithinksoiam:原po轉多少的RNA阿
→ a90648:有一說是不要vortex，怕enzyme壞掉
→ lougii:有沒有可能是電極線的問題啊.?有試了control嗎?
→ BGG:轉cDNA 有用到 random primer 嗎?
→ huuban:用了哪些primer呢？專一性夠不夠？
推 biingru:請問您的膠是不是沒有讓它硬夠？
推 KittyGod:可愛的波浪造型 所以問題是電泳出現波浪嗎?
→ JanChang:其實vortex個極短時間不太會破壞enzyme，不要高速vortex
→ JanChang:10秒這種就好，通常我是會vortex 1秒左右就停。
→ JanChang:不過很可能是primers專一性不夠，有可能是有alternative
→ JanChang:splicing嗎？
推 ljii:band歪是gel作的不好, 沒有搖勻或微波不夠久或沒有solidify夠
→ ljii:至於多條band, 可能是anneal temp太低, primer專一性不夠,
→ ljii:不然就是根本實驗無誤, 是同個mRNA的alternavtive splicing
→ ljii:不過你沒有提到你預期的band多大,還是根本就是預期有不同大小
→ puec2:vortex會破壞enzyme? 那會不會把抗體的手震斷？XD