[求救] 關於 primer 設計切位多留幾個 base

[AgRb (真的很愛"貓")]

小弟要準備設計 primer 上的切位，
希望將 PCR 產物利用 BsrGI 和 NheI 切完後接入vector中

然後根據 NEB 網站所提供需要多留的 base 表格如下：
http://0rz.tw/HMs1V

       1bp   2bp   3bp   4bp   5bp
BsrGI: +++   +++   +++   +++   +++
NheI:  +     ++    +++   +++   +++

看起來我保守一點應該設計多留至少 3bp
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但是參考了本版 monicatsen 大的文章：□ [求救] 長片段ligation+primer desing

發現他們說應該參考網頁裡的一個連結的表格（橘字）：
Cleavage Close to the End of DNA Fragments (linearized vector)
網址：http://0rz.tw/cgn5M

裡面提到 BsrGI 留 1bp 效率是 88%
               留 2bp 效率是 99%
         NheI  留 1bp 效率是 100%
               留 2bp 效率是 82%

這樣 NheI 好像是在說留 1bp 就好
那這樣不就跟上半部所說的留 3bp 不一樣了嗎？

不知道能否請各位前輩們幫忙解惑～？
在此先跟各位說聲感謝～！

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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) 
◆ From: 140.123.85.49
→ puec2:差1~2個base頂多頂多頂多差20塊...
→ AgRb:我不是擔心那個錢啦，我是比較擔心切的效率
→ blence:第一個網頁提到的表格,與網頁內另兩個link,共三張,分別是不
→ blence:同實驗設計(substrate長度)得到的結果,端看你要切什麼
→ AgRb:我是要用 PCR P 出一段 1.1K 的片段後
→ AgRb:然後要在兩端設計切位，切了之後～再接到vector
→ AgRb:因為剛好要用到這兩個酵素，所以查了一下發現有不一樣的結果
→ puec2:就加三個阿 越長越安心
→ AgRb:那不好意思～再請教一下通常會放四種 base 的哪一種？
→ xxtomnyxx:聽說有網站有提供哪些 RE 要用哪些 base 當 linker，
→ xxtomnyxx:不過我的話會把那三個 base 設計成和 vector 上的一樣，
→ xxtomnyxx:這樣之後挑 colony 時剛好 primer 就可以完全和 vector
→ xxtomnyxx:和 insert 互補