[求救] DNA粗萃取的跑膠結果

[yufw1023 (主科爆爆蟲)]

我又來求救了QQ

我用了很粗糙的方式萃取了蝦子的DNA

protocol如下

1. 取約一米粒大小的蝦肉至於1.5ml的tube中
2. 加入lysis buffer300 μl，混合均勻之後，靜置一晚(或水浴60度2-3hr)
3. 加入酚-氯仿(1:1混合液)500μl，上下翻轉100回
4. 離心4500rpm,15min
5. 抽取上層澄清液，移至新的tube
6. 重複phenol-chlorform extraction 一遍
7. 加入95%酒精，至1.5ml
8. 冷卻至-20度，至少2hr，最好過夜
9. 離心10000rpm,3min
10. 緩緩倒出酒精，留下pellet
11. 在試管架上倒置tube，晾乾酒精
12. 以300μl TE buffer回溶

上面的lysis buffer就是STE buffer +10% SDS buffer

除此之外完全沒有其他處理

我想請問的是，這樣萃出來的東西

是不是應該包含RNA跟DNA?

(上面步驟都沒有RNAse，RNA應該不會被去掉?

然後

我又拿這樣抽出來的東西去跑0.8%的膠，

會看的到東西跑出來，如圖 http://ppt.cc/8hF5 (最左邊是marker)

下面那些很大坨的是不是RNA?(老師說DNA大到根本跑不出well)

另外，右邊的四個lane在well下端都有個稍微像band的東西，那是甚麼?

感謝大家> <

--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) 
◆ From: 140.116.101.103
推 milkpa:maker以上的band比較像genomic DNA，下面一大陀應是RNA無誤
→ milkpa:，smear應該是蛋白質，太髒了，可以再過一兩次phenol/chlor
→ soom:補充，若是擔心phenol殘留，可以多過一次chloroform
推 leoblack:通常這樣的genomicDNA不是會跑大片膠,且同時try不同處理?
→ leoblack:ex分好幾組不同RE treat,或用sonication震斷跑,來印證是
→ leoblack:否是genomicDNA ?!