Re: [求救] MboII 限制酶切CYP1A2*2 SNP

[blence ( )]

  1.CYP1A2 accession number? gene? mRNA?
    請上NCBI查詢 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene

  2.CYP1A2*2 (63C>G)跟CYP1A2*1F (-164A>C) 用google就有了
    *2是指exon2, 另一個則是ATG往前數，已經越來越少人用這樣的標示
    現在都直接取rs number來表示SNP位置
    像前者是rs56160784，後者是rs762551
    也請直接上http://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/   查詢相關資訊

  3.你們使用的MboII應該可以看出廠牌
    不清楚可以參考NEB這家公司的網頁說明
    https://www.neb.com/products/r0148-mboii

  4.如果你方便查rs56160784，可以知道兩側的序列是5'-CCATCTT(C/G)TGCCT-3'
    這樣應該可以判斷若MboII有作用，C allele是不是符合你們看到的結果了
    順帶一提，rs56160784的確沒有MAF資料，連1KGenome也沒有
    而rs762551的MAF則有0.4左右
    你們的樣本是有可能觀察到這個SNP存在



※ 引述《tirecake (Allo le monde)》之銘言：
: 各位科學家大家好
: 我們班上實驗課最近在測班上同學的CYP1A2是否有SNP "CYP1A2*2"(63C>G)
: 做PCR夾出含有SNP片段之後 用MboII切
: 查到MboII切 5'GAAGANNNNNNNN 3'
:                            ^
:             3'CTTCTNNNNNNN  5'
: 想請問
: 1) 那些N是什麼意思 我以為限制酶要找對的序列切 要很精準? N不管是啥都會切囉?
: 2) 我們要找的SNP是C>G, 但63是從哪裡算起，畢竟我們primer夾出201base pair
:    如果有突變成G 會切成122+79
:    跑膠之後 發現大家都是G/G (homozygous突變!!) 各文獻顯示63C>G很罕見啊
:    怎會全班都突變哩
: 是不是我有誤解哪部分的資訊
: 我有想把primer序列打到NCBI去看夾出來的片段 但是我還是不知道63是從哪裡算起
: 這片段裡也有可能有很多C
: 1-不確定human CYP1A2 accession number
: 2-我貼了整段CYP1A2序列(NCBI跟Primer3) 但我們用的primer卻夾不到片段???
:   (後來primer3夾到了...但是不知道怎麼使用來檢查班上的突變?)
: 3-其實我們同時有夾另一段有SNP CYP1A2*1F (-164A>C) 負的位置是指promoter嗎
:   我是不是要去找exon intron structure有幫助呢?
: 還要請大家幫我找我查資料的方式錯在哪
: 謝謝你們

※ 編輯: blence          來自: 180.218.152.101      (11/09 03:56)
推 tirecake:謝謝詳細的解釋 結果發現應該是多年來班上都誤判
→ tirecake:每年都有實驗課做學生檢體 多年來都判成突變
→ tirecake:不過在不知道rs#的時候 是要在NCBI SNP地毯式搜索嗎?y
→ Bows:-164試紙ATG往前嗎?，一般不是以mRNA起點為+1?
→ blence:回樓上,從哪裡往前是比對位置才知道,這個SNP很久了,當年不
→ blence:見得知道原始TStart從哪開始,但ATG比較容易(這也是用rs好處
→ blence:不知道rs可以用NCBI/SNP以gene找,有geneview列出SNP全清單