[討論] Lentiviral over-expression titer 問題

[bcher (阿手)]

實驗室一直以來都使用 RNAi core 的pAS3W vector ,

但是常常做出來的cDNA over-expression lentivirus的 titer都很差,

相較於做shRNA knockdown的lentivirus, titer會降低超過十倍以上。

(有看過之前的討論串說 pAS3W 生產出來的 virus titer 好像效果不佳)


想請問各位前輩會有 做cDNA over expression的lentivirus, 但titer很差的問題嗎?

另外,

想再請問各位板上的前輩 習慣使用哪種over-expression vector來生產lentivirus

且效果(titer)又不錯的?


感謝各位的經驗分享與指教, 謝謝大家。


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◆ From: 140.109.55.238
※ 編輯: bcher           來自: 140.109.55.238       (01/23 22:12)
※ 編輯: bcher           來自: 140.109.55.238       (01/23 22:13)
→ blence:AS的RNAi core說:不要拿shRNA跟cDNA的比較啦
→ blence:我用pLKO-shRNA跟pLX301-cDNA做的，也是差很大
→ williamyang:因為你塞進去的cDNA跟shRNA的size差很多
→ williamyang:而vector的大小會影響lentiviral package的效率
推 HEK293:open biosystems的pCDH，或是流通已久的pHR or pHR'都不差
回應各位前輩:    是的是的, 我們似乎也是有 cDNA長度與titer成反比 的現象,

                  塞進去的cDNA越長(約1500bps 或2000bps以上), titer就超級低

                  但如果cDNA長度大約在1000bps以下,甚至是500~600bps之間,

                  生產出來的virus titer就好很多。

如果各位前輩有 推薦 或 曾經使用過的 lentiviral over-expression vector

且 塞進1500bps至2000bps左右的cDNA後, virus titer 都還不錯的話,

我都願意盡力去買來試看看。






※ 編輯: bcher           來自: 140.109.55.238       (01/24 15:12)
→ williamyang:不然就是用濃縮法,高速離心或是市售的column
→ roy047:NaCl/PEG 高速離心沉澱濃縮+1
推 chaunen:借問一下, PEG濃縮完的病毒可以用來感染primary neuron嗎?
→ chaunen:以及 是否可以用在in vivo呢? (把virus打進鼠腦)
→ chaunen:另外, 超高速離心 sw28 rotor 的tube 344058 不能封口
→ chaunen:要如何確保不會汙染呢? 可以封滅過菌的parafilm嗎?
→ chaunen:tube本身可以滅菌嗎?
→ chaunen:抱歉, 問題很多XDD 可是我google不到答案....
推 chaunen:先謝謝大家了 新年快樂~~
推 HEK293:1.可 2.可 3.344058是軟管，不建議reuse，355642硬管可滅
→ HEK293:4.轉的時候不能封，回溶時可封 5.硬管可滅但須注意是否破損
→ HEK293:至於保持無菌，只能多用點酒精擦sw28的蓋子。我校是公用so
推 chaunen:感謝HEK293大大解答~