[求救] DNA 跑膠 capacity

[tynse71864 (tomosuke)]

想請問一下

一般 Agarose gel (1%) 小片膠 (6個well)

跑多少sample最適當呢?


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我要做DNA recombination

其中的insert 來源是用maxi-prep的plasmid

(切2刀後會有5000+500的band)

跑RE digestion(total volume 25ul) 後

加入loading dye (6.25ul ，所以整管體積會有32ul左右)


我是直接把整管加進6 well 的小膠跑

上面5000多的band則是很胖(大概從1kb marker 4000~6000的寬度)

500bp則是不太明顯 或很淡

之後跑gel extraction產量也很低

我一直以為是enzyme沒切好/壞掉/東方神秘力量


今天跟老師討論才知道跑膠有capacity這件事

那請問一般6 well的gel大概多少DNA去跑會比較適當呢?

(之前老師有說 把3個well挖在一起跑

我當初單純以為只是怕sample會滿出來.....


謝謝~

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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 140.109.32.9
※ 文章網址: http://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1407820579.A.E37.html
→ blence: total volume 25ul含多少plasmid？
→ blence: 看不懂所謂well capacity指的是DNA總量,或sample體積
→ supray: 0.5K會看起來比5K淡是正常的,相同莫耳數下 質量比約 10:1
→ supray: 6 well的total量下到 1~2ug 都還OK
→ tynse71864: 2 /25
→ tynse71864: 我想問DNA可load的總量
→ tynse71864: 太多resolution會不好吧？
→ tynse71864: 但不知多少比較好
→ supray: 如果你切了2ug DNA全部跑下去,你大概能回收150ng~200ng的
→ supray: 500bp DNA
→ KittyGod: 5000bp的亮度>500bp很正常啊
→ soom: well的容積可以自己用尺量並計算得知，也跟膠的厚度相關
→ soom: 咦?我看錯了，不要理我 (另，2ug/well 應該不會有什麼問題)
→ tynse71864: 我知道5000會亮很多 但我5000上面 （超過 marker 10kb
→ tynse71864: 還有奇怪的雜band