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手機排版,若不方便閱讀還請見諒。 本人沒有proteome的相關經驗,但最近看paper時,作者給了一張 proteome analysis 的 結果,並下了 ABCB1 表現量被上調的結論 (圖片如下) https://i.imgur.com/26toU3D.jpg ABCB1 log FC 數值是 -0.45323,我自己的理解是負的,表示表現量較低,但剛好跟作者 的結論相反,這是第一個疑惑的地方。 p-value 和 FDR 這兩個沒有問題,t 和 score (是Z-score嗎?)代表的意義是什麼就 不太了解。 但作者除了圖片上的說明外沒有給額外的資訊,也無從查起如何判讀,因此想詢問版上是 否有人能幫我解惑。 謝謝大家! ※ 編輯: Meno (61.63.154.37 臺灣), 08/27/2021 19:41:49
qoo6032119: 是不是其實負的才是表現上升的意思呢08/28 11:45
robbercat: log(0.1)=-1以此類推log值爲負數則Fc小於1的正數08/28 11:46
robbercat: 舉例LogX=-0.45, X=0.354808/28 11:57
非常謝謝關於數值解惑,原來是我數學不好的部分,好像能明白作者的意思了!
xxtomnyxx: 要看作者是拿哪個樣本當分母去算 FC,一般是拿控制組,08/28 21:01
xxtomnyxx: 不過如果是拿實驗組(腫瘤樣本)當分母,FC 小於 1 那就08/28 21:01
xxtomnyxx: 表示在腫瘤中是增加了。08/28 21:02
yuasa: 既然是用Student's t,t應該是指t分布的值。P-value是從t08/28 22:27
yuasa: 值轉換而來的。Score不知。08/28 22:27
謝謝兩位的回答,真的幫大忙了!!! ※ 編輯: Meno (223.136.81.200 臺灣), 08/29/2021 18:08:44