推 goodman1:推一下 XD 瓜哥真慷慨 <(_ _)> 10/21 11:54
※ 引述《Anvec (Anvec)》之銘言：
: 有植病所的人跑來找我們老師
: 他希望能學怎麼用電腦預測 DNA seq. 上的 promoter跟 motif
: 老師要我教他 @.@a
: 可是我只用過 CBS上對脊椎動物 DNA seq. 做 promoter預測的程式
: 請問有沒有針對植物 DNA seq. 做 promoter預測的程式呀??
這是我這幾天找到的 給其他有需要的同學做參考
Promoter的預測軟體
CBS Prediction Servers
http://www.cbs.dtu.dk/services/
我之前用的 有很多種軟體提供不同的預測 例如 signal peptide, promoter ... etc.
但是只針對脊椎動物的 promoter做預測
Tfsitescan
http://www.ifti.org/cgi-bin/ifti/Tfsitescan.pl
能針對 mammalian yeast avian drosophila plant amphibian prok.的 DNA
seq.做 promoter預測
WWW Promoter Scan
http://thr.cit.nih.gov/molbio/proscan/
Berkeley Drosophila Genome Project - neural network promoter prediction
http://www.fruitfly.org/seq_tools/promoter.html
BioSino - Neural Network Promoter Prediction
http://www.biosino.org:8883/
GrailEXP - Grail Experimental Gene Discovery Suite
http://compbio.ornl.gov/grailexp
能預測 exon, genes, promoter, poly As, CpG island, EST similarities,
and repetitive element
其他(Motif, TF-binding site, satellite, splice site...etc.)的預測軟體
TFSEARCH: Searching Transcription Factor Binding Sites (ver 1.3)
http://www.cbrc.jp/research/db/TFSEARCH.html
Identifying satellites and periodic repetitions in biological sequence
s (constrained version) (MF. Sagot, G. Myers, E. Poiret)
http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/satellites.html
Berkeley Drosophila Genome Project - Splice Site Prediction by Neural
Network
http://www.fruitfly.org/seq_tools/splice.html
MEME - Multiple EM for Motif Elicitation Ver. 3.0
http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/motif/meme/meme.html
PatScan - DNA sequence motif analysis
http://www-unix.mcs.anl.gov/compbio/PatScan/HTML/patscan.html
at GIRI search for a reference collection of human, rodent, plant and
invertebrate repeats
http://www.girinst.org/censor/index.html
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搞了半天 原來對方是做真菌的呀 -____-|||
不知道我找的合不合用
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