原PO的問題出在value type與reference type上。
Array本身是reference type，自定類別也是reference type。
查閱MSDN Array.Copy的說明，你會發現其中有一段說明如下：
If sourceArray and destinationArray are both reference-type arrays or are
both arrays of type Object, a shallow copy is performed. A shallow copy of
an Array is a new Array containing references to the same elements as the
original Array. The elements themselves or anything referenced by the
elements are not copied. In contrast, a deep copy of an Array copies the
elements and everything directly or indirectly referenced by the elements.
同理，如Clone method，你可以參照下面這個連結，裡面有張示意圖(圖有點小)：
http://en.csharp-online.net/All_about_Arrays_in_CSharp%E2%80%94Clone_Method
結果差異是：
1. Cloning a value type array results in two independent arrays.
2. Cloning a reference type array results in two arrays pointing at the same
objects.
因此，reference type array是elements的集合，而每一個element指向一個object，這
樣的情況就帶來了影響。
在.NET，幾乎提供的都是shallow copy，如果要達成自己所需要的deep copy，就只有
自己實作一途了。
同常為了要實作這個，類別會去繼承ICloneable。
或是你可以透過Serialize和Deserialize來達到同樣目的(但這個成本不小)。
但是我覺得真正應該要思考的是"真的需要Deep Copy嗎？"
就經驗，如能調整程式架構或過程做法，似乎不需要這樣的功能。甚至連shallow copy
都幾乎用不到。
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對於已經無法擁有的
唯一能做的是
不要忘記
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