摘要
基因調控網路之重建能夠提供許多資訊幫助解決基因生物學上許多懸而未決之
問題。利用能於同時得到大量基因轉錄之基因表現量資料之cDNA microarray實驗之結果
可以幫助基因網路之重建。過去的研究中指出，基因網路經常使用布林網路、貝氏網路、
圖模型等演算法重建，然而以上方法大多只考慮基因間之交互作用關係。
本研究中嘗試導入隱藏因子之觀念，考慮調控基因表現量之元素除基因交互作用
外尚有無法自cDNA microarray實驗資料中得到之因素。由於獨立成分分析法為新興之尋
找隱藏於量測資料背後之潛在因子之演算法，其主要概念為假設隱藏因子彼此間皆為獨立
，並以此概念延伸利用獨立成分之非高斯性找尋出獨立之潛在因子。因此本研究中嘗試使
用獨立成分分析法找尋出調控基因轉錄之隱藏因子，以及在假設基因間有時間相依性之交
互影響關係而使用線性回歸重建基因與基因間之交互作用網路。
在重建後之基因網路上，本研究使用自行模擬之包含隱藏因子及基因間交互作用
關係之基因網路作為驗證，並以此重建酵母菌細胞週期中之部分基因網路，其中發現，若
忽略隱藏因子對基因調控之影響，則因隱藏因子對基因表現之影響被基因間交互作用關係
所吸收，而無法重建出完整及正確之基因網路，此錯誤估計之現象亦可見於酵母菌之部分
基因網路中，更有甚者，會導致抑制基因轉錄之影響被誤判為促進作用。
由本研究中可知，隱藏因子在基因調控網路重建過程中之重要性，未來，我們將
嘗試重建基因網路之結構，並搭配基因網路重建演算法，建立完整之基因網路。
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報告完畢 請記得modify.....
不要在心得上寫出divide的故事....XD
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