※ [本文轉錄自 NCTU-STAT98G 看板 #1D8KOII6 ]
作者: missergirl (貓貓) 看板: NCTU-STAT98G
標題: [演講公告] 1/7 統研所專題演講
時間: Mon Jan 3 11:44:15 2011
交通大學、清華大學 統計學研究所 專題演講
題 目：Affymetrix微陣列晶片配對實驗設計之基因表現與存活分析
主講人：林建甫教授(台北大學統計系)
時 間：100年1月7日(星期五)上午10:40-11:30
(上午10:20-10:40茶會於交大統計所429室舉行)
地 點：交大綜合一館427室
Abstract
在癌症研究上經常使用微陣列基因晶片，尋找預測存活的顯著基因，作為生物指標基因。
微陣列基因晶片常見的主要類型有點狀式互補核甘酸 (spotted cDNA) 微陣列晶片與寡核
甘酸 (oligonucleotide) 微陣列晶片等，後者以Affymetrix生技公司為代表。點狀式
cDNA 晶片之實驗設計大多利用配對控制或參照樣本，目前已有許多研究討論關於利用點
狀式cDNA 晶片進行研究之實驗設計，且在尋找癌症生物指標的研究設計，經常使用配對
控制或參照樣本。然而，對於利用寡核甘酸晶片之實驗設計則較少利用配對樣本設計，其
中一個原因是 Affymetrix 微陣列晶片利用PM-MM (perfect-match, mis-match) 探針組
設計，提高特異性與敏感度。有一些生物資訊研究人員將配對樣本實驗設計應用在
Affymetrix 微陣列晶片，但是對於利用Affymetrix微陣列晶片之配對實驗設計在分析癌
症存活之統計探討，則較少為人討論。本研究使用一個配對實驗設計Affymetrix微陣列晶
片之資料，收集 26 位肺癌病患， 26 組配對腫瘤組織與正常組織，共 52 片晶片，醫學
研究目的是找尋顯著基因表現的基因，能夠預測肺癌存活。但是使用配對實驗設計，在
52 片晶片只能包含 26 位獨立生物重複性樣本數。本研究分析配對樣本與獨立樣本的相
關係數，並使用Cox迴歸模型分析癌症存活，探討配對樣本與獨立樣本在存活分析中，具
顯著基因表現基因數量是否有差異，並且使用拔靴法探討此差異資變異性。研究結果顯示
，Affymetrix 微陣列晶片配對實驗設計，個體內基因之相關係數變異性大，且並未能有
效地降低個體間基因之間的相關性。Affymetrix 微陣列晶片配對實驗設計，在分析肺癌
存活上，兩種設計顯著基因表現的基因之數量都非常稀少，兩種設計皆有顯著表現基因數
量變異性。Affymetrix微陣列晶片是否適合使用配對實驗設計，仍需更多的實證資料進行
分析研究。
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