首先，你要建立一個 bibliography 的 database（副檔名要是 .bib）
內容的話，差不多是長這樣子：
@article{abrv,
title = {Article Title},
author = {Author1 and Author2},
journal = {Journal},
volume = Vol,
number = Num,
year = Year,
pages = {1--10}
}
"@article" 是文獻類型（article 當然就是指 paper 之類的文章）
"abrv" 是引用的縮寫，可以用 \cite{abrv} 的指令使用 reference
（ex. 在 .tex 中打 for a detail see \cite{abrv}
會輸出 for a detail see Author1 and Author1 (Year) 之類的樣子）
範例中其他的選項....應該就很清楚明瞭了吧
文獻類型還有很多，例如 @book，@unpublished，@proceedings 之類的
（論文比較常用到這四種吧，至少我只有用到這四種）
每個文獻類型也有些不一樣的內容選項
可以到 http://0rz.tw/Dr3MJ （google 到的）參考類型跟選項
（有個軟體可以很方便直覺的管理編輯 .bib 資料庫，叫做 JabRef
有興趣可以自己去下載來用用看）
當然，我前面會講說「bibliography 的 database」
是因為那個檔案真的只是個資料庫而已
只有在內文被 \cite 過的文獻才會出現在你的 Reference 裡面
如果在內文沒有引用但你卻想要它出現的話
那可以用 \nocite{abrv} 讓未引用的文獻也出現在你的 Reference 中
（注意，指令不是 \notice（注意），而是 \nocite（未引用））
而 \nocite{*} 可以讓你內文完全不用指令引用文獻就會把你的資料庫中所有文獻列出來
有了資料庫（假設叫做 refs.bib）之後，你當然也要讓你的 latex 編譯器找到它
當然你的 .bib 跟 .tex 要放在同一個資料夾裡面
然後你的 .tex（假設是 mydoc.tex）中必須要有
\bibliographystyle{plain}
\bibliography{refs}
這兩行
其中 \bibliographystyle 可以指定你的 reference 輸出跟內文引用輸出的格式
而大括號裡面的 plain 就是你所指定的主題
剛剛的網頁中間有一些主題的範例可以參考
而這些主題需要相對應的 .bst 檔
如果你選的主題在編譯時 LaTeX 系統找不到對應的檔案的話
可以到 http://www.ctan.org/ 去找
而 \bibliography 是讓 .tex 去找資料庫的指令
（如果你有兩個資料庫，可以打 \bibliography{refs1,refs2}）
（這個指令會新開一個沒有編號的 section（還是 chapter？！）
並且名稱就叫做 Reference）
有了 .tex 跟 .bib，最後當然就是編譯啦
以上面的例子來說，編譯的順序是
latex mydoc
bibtex mydoc
latex mydoc
...
也就是說你要先編一次 latex，然後才能編 bibtex
然後再回到你平常編譯 .tex 文件的程序
才能正確的把 BibTeX 嵌入到你的文稿當中
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我也是上個禮拜才會用這個東西的，有錯誤的話請更正～ :p
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這篇是跟據我自己使用的經驗寫的
看書會有比較完整的介紹跟使用
ex.《cwTeX 使用手冊》、latex123 和《More Math into LaTeX》
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