Re: [問題] 新手想問個例題...

[tear2001 ( Play ball !!)]

※ 引述《aminoacids (胺基酸)》之銘言：
:   打擾了.....
:   假設是在某檔案 % new < Genome10.fasta  執行下
:   > gi|10795382|gb|DV732100.1|DV752100 102s Arabid.......英文 其後為AGTC序列
:                    ----------
:   問一 只想得到虛線部分
:   問二  只想得到102d以後開始部分 (不包括DNA序列)
:   while (<STDIN>) {
:      if
:      後面要怎麼表示才能得到所求呢
:   新手 第一次問問題 還請多多包含 m (_ _) m

@splistr = split  /gb\||\|/, $line;

print @splistr[1];

看起來你也是為了fasta而傷神的bioinformatist

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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) 
◆ From: 140.114.96.144
推 cot123:這個regexp會抓出10795382吧
推 tear2001:不會ㄚ
→ tear2001:寫成split  /gi\||\|/, $line; 才會吧
→ tear2001:不過我不確定那個".1"能不能如期取出就是了
→ cot123:以gb\|或\|當作分隔來切 那就會變成 "gi" "10795382"
→ cot123:index為1 就是10795382啊 你要不要試試看啊?
→ cot123:不過我覺得fasta file還是用Bio::SeqIO比較快些 比較方便