Re: [問題] PERL 怎麼算 P VALUE

[abliou (把青春freeze)]

※ 引述《sqrt1089 (李崩子)》之銘言：
: 如題
: 數據:
: 10      100     300     5000
: 25      100     300     5000
: 3       100     300     5000
: 59      100     300     5000
: 46      100     300     5000
: ....
: ...
: ..
: .
: 意思是說一個袋子裡全部有5000顆球，有300顆是白球，其它4700顆是黑球
: 我一次取100顆出來觀察，取n次，(n大概100次左右)。
: 第一次有10顆白球；第二次有25顆白球；第三次取到3顆，第四次取到59顆，...X100次
: 原本是有找到一個套件:use Math::GSL::Randist qw/:all/;
: $p = gsl_ran_hypergeometric($r, $n1, $n2, $t);
: 但這個模組一直灌不起來。
: 最後改用:use Statistics::R;
: 但是去測試後發現好慢，原因是 我一次丟四個數字給他，
: 他回傳一個 P_VALUE (或是 1- P_VALUE) 回來
: 假設我取 n 次，就會丟 n 次的  四個數字給副程式
: 這樣的話 副程式 就做了N次的開檔關檔的工作。<<<原因就是出在這
: 有什麼辦法可以改善呢？謝謝。
: ####
: 程式碼如下：
: open (FH,"test.txt")||die";#test.txt 就是 約100X4的數據如最上面
: while(<FH>){
:         chomp;
:         ..
:         .
:         $pvalue = &hypergeometric($get,$input,$included,$total);
:         print $pvalue;
: }
: sub hypergeometric {
:          my $common = shift;
:          $common_gene -= 1;
:          my $g1 = shift;
:          my $g2 = shift;
:          my $whole = shift;
:          my $no_g1 = $whole - $g1;
:          my $R = Statistics::R->new();
:          $R->startR;
:          $R->send(qq`
:                  x <- 0:$common; N1 <- $g1 \n
:                  N2 <- $no_g1; n <- $g2 \n
:                  ans=cumsum(dhyper(x,N1,N2,n)) \n
:                  print(ans)
:                  `);
:          my $result = $R->read;
:          my @value = split " ", $result;
:          my $last_value = pop @value;
:          my $ans = 1-$last_value;
:          $R->stopR();
:          return $ans;
:  }

感覺寫的很模糊 所以也沒辦法答的很清楚
現在假設你是要用t-test來求p-value好了
也許你可以嘗試一些比較專門的統計模組
http://search.cpan.org/~yunfang/Statistics-TTest-1.1.0/TTest.pm

http://search.cpan.org/~swansun/Statistics-Distributions-Analyze-0.01
/lib/Statistics/Distributions/Analyze.pm

http://search.cpan.org/~mglee/Statistics-DependantTTest-0.03/DependantTTest.pm

http://search.cpan.org/~maggiexyz/PDL-Stats-0.5.5/Basic/stats_basic.pp

看你目前寫的程式碼 應該是使用R的interface跟perl做連結

如果很堅持要這麼使用 那就只好修改你send的指令 然後在傳回perl做處理

不過如果你真的有這本事 我想直接用R處理會比較快

要不然就多開幾個執行緒平行跑吧 反正你每次實驗都是一個獨立的個體

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如果青春注定要向前跑

他媽的...那我的出口在那?

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◆ From: 140.113.0.109
推 sqrt1089:T test 是2組DATA 算PVALUE的
推 sqrt1089:http://ppt.cc/fMH8  裡面的gsl_ran_hypergeometric
→ sqrt1089:才是我要的，只是個模組一直灌不成功~"~
→ abliou:哪種作業平台 你怎麼罐的
推 sqrt1089:linux，灌法：進入CAPN後，install 模組
→ abliou:錯誤訊息呢
→ sqrt1089:好像是版本不符，灌了很多版本了
→ dryman:是不是要先灌gsl啊？
→ abliou:如果用cpan灌 缺的應該會自動幫你安裝吧?