推 HIbaby:你太客氣了, 謝謝你的分享..^^ 05/29 09:09
這是一篇在三月時候的報導...
在一看到這篇文章的第一時間.. 我就到JACS上面去找...
但是可能是我眼殘.. 我並沒有看到相關的報導...
老實說，我接觸電腦輔助藥物設計也有一段時間了...
也去過上海藥物所跟那邊的很有名的實驗室有一些交流
不可否認的，現在翻開JMC等等的期刊
的確會看到有很多電腦輔助的相關文章
不過，在做了這些日子以來，也有一些不一樣的感想
我也要提出來給各位參考交流一下
對於作藥物的人而言，計畫可以發paper很好，
但是卻不是最重要的目的
當我們看到這些計畫已經發表在期刊上的時候，
往往代表了幾件事
1. 這個計畫已經往前推到臨床實驗，而且老早就已經被發表專利
2. 這計畫已經宣佈放棄，只剩下發表學術報告的價值
3. 尤其是有關電腦的部份，幾乎很少有繼續發展下去的例子
所以，看這些期刊的時候，往往都是好幾年前的結果
（如F1場上說的：當你看到這些東西，表示它都已經落伍過時了）
我所要說得是：
如果所謂電腦輔助藥物設計（computer-aided drug discovery）
真的可以那麼有效，
那請問，現在為甚麼都不這麼作？
事實上，經由電腦輔助設計成功的例子少之又少...
我曾經聽過一位Merck藥廠的研究主管的演講
她說明了一件事情，另我感到十分震驚
在Merck藥廠裡面，有某一些assay
可以做到一次assay只做兩個細胞(因為一定要死掉一半才可以測IC50)
一個高水準的High Throughput Screening 的機器人
在這樣的assay平台支持下
Merck可以在一天之內，篩選超過200萬個compounds
這是多麼驚人的速度？
如果利用電腦的modeling ，不管是docking也好，QSAR也罷
甚至是pharmacophore based也可以
不僅現今的超級電腦的速度沒有辦法這麼快之外，
出來的結果還是一個沒有辦法證實的結果
請問以藥廠的角度來說，HTS是眼見為憑的結果
這樣她該相信誰？
目前因為電腦的計算速度上越來越快，很多以前認為的瓶頸一一突破
但是最簡單的
目前還沒有人可以完整預測一段胺基酸序列（蛋白質）的3級結構
更何況一些基本的小分子跟蛋白質之間的induced fitting的問題
當這些問題都還沒有辦法解決之前
要藥廠去相信電腦的結果
有點困難
我也問過一個跟GSK藥廠有合作關係的日本教授
GSK新藥研發單位裡面
作電腦模擬以及實際作合成苦工的人還有作生物assay的人
人數比大約是在
1:40:40
這樣的比例，說實在的，對作電腦輔助的人來說，是滿沮喪的
但是現實就是這樣
也許再過個幾十年
當電腦在進化到一定程度
這技術就可以更加被相信吧...
不好意思，廢話這麼多... Orz
有感而發，發發牢騷而已..
※ 引述《pathoman (青黏材菌)》之銘言：
: 計算機輔助藥物設計高效低耗
: 德國研究人員近日發表一份報告聲稱，利用計算機輔助藥物設計正離我們越
: 來越近。無需很久，包括癌症、關節炎、艾滋病在內的眾多疾病相關藥物將
: 完全產生于計算機，以往所依靠的經驗式重復篩選法將被拋棄。報告將發表
: 在3月24日出版的《美國化學會志》（JACS）上。
: 盡管篩選並不是新藥開發的唯一途徑，但卻是必不可少的手段，如何進行低
: 耗而高效的篩選、縮短藥物產生的時間，一直是制藥界不斷追求的目標。
: 藥物設計是多種科學交叉綜合的產物，人類基因研究和蛋白組學的日新月異
: ，已給藥物呈現了新的作用靶點和作用機制。現有的計算機資源也有足夠能
: 力開展藥物設計，分析潛力藥物的化學結構並給出最佳候選藥品。但影響吸
: 收、分布、消除等參數的檢測範圍過于寬泛，現有程序在區分有潛力開發成
: 藥物的化合物和非藥物材料的過程中，尚無法在同一時間篩出藥物全部特征
: 。這種局限使計算機新藥研發存在一定風險。
: 報告指出，研究員已建立一個既能體現漸進性又能體現高效率的程序系統，
: 可在初步篩選出藥物化學特征後立即給出細節。實驗證明，新方法可以在
: 5000個分子中整理出92%的以往漏失的非藥物材料，提高速度的同時還避免了
: 有潛力化合物的遺漏。
: 將設計工具和設計方法進行集成是提高效率最有效途徑。表現在藥物研發領
: 域即是創意問題解決理論與計算機輔助藥物設計之間的結合。專家稱這使新
: 藥開發全速奔向一個新時代，而這一時代正是科學界期待已久的。
: http://www.bioon.com/biology/bioinfomatics/366971.shtml
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