推 yesucan:cluster 07/09 00:06
※ 編輯: penx 來自: 123.110.64.99 (07/09 07:31)
※ 引述《piimaila (haha)》之銘言：
: ※ 引述《penx (...)》之銘言：
: : Merck可以在一天之內，篩選超過200萬個compounds
: : 這是多麼驚人的速度？
: : 如果利用電腦的modeling ，不管是docking也好，QSAR也罷
: : 甚至是pharmacophore based也可以
: : 不僅現今的超級電腦的速度沒有辦法這麼快之外，
: : 出來的結果還是一個沒有辦法證實的結果
: : 請問以藥廠的角度來說，HTS是眼見為憑的結果
: : 這樣她該相信誰？
: 基本上我不是學生物 但是幫別人搞過一些小程式 看到這篇
: 我有點疑問 請問 假設以docking來說 以現在比較高檔的個人電腦
: 作一個大概要1hr
: 這樣假設我要達到 200萬個/天 實驗結果 差不多要10萬台
(我文中說的200萬個每天，是說實際assay喔...:P)
: 雖然不見得沒有地方擺
: 5U機櫃可以擺12片刀鋒 粗估 100坪的機房的機器可以達到
: 大概最便宜也要 50億成本的電腦
: 這這樣以電腦作docking有啥價值呢? 可以說有點搞笑了不是?
那來說說我知道的計算好了
我不知道原PO之前的docking是用什麼樣的機器. 或是什麼樣的程式
甚至是什麼樣的演算法在進行？
甚至是要docking的小分子的複雜度(尤其是conformer的影響)
也都會對計算速度有所影響
就我之前的經驗，用Gold這個程式(沒記錯應該是GA的演算法)
加上SGI-3900 32顆CPU全速作平行運算的話
一顆CPU一天大約可以docking一萬個小分子
印象中，好像一星期可以做完200萬個分子吧@@
(而且SGI-3900 有2T的記憶體，4T的硬碟，大小應該比大冰箱大不了多少..:P)
一般如果沒有辦法用SGI的機器跑的話，
好像都是用許多PC作cluster，台灣的老師應該動不動都有個幾十台串連吧
我知道國外有到上百台規摸的PC Cluster
(看起來是非常壯觀啦...)
當初我到上海蔣華良老師那邊去的時候...
他們有一位博士後在發展docking的演算法跟程式
他們當時(大約三四年前)號稱發展的程式是最快最準的(除了在賣的軟體之外啦)
大約一個小分子花費一顆CPU 10秒的時間
所以粗估一下
一台PC一天可以大約可以算8000個小分子
40台PC串連，一天可以算300000個，大約7天就可以算完200萬個啦..
XD
不知道這樣有沒有給您解答到了呢？
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