Re: 有人在用openMP嗎

[sorryChen (陳揚和)]

自問自答一下
確實只要在counter之前加上 #programa omp critical
但是不幸的是 parallel後的時間 居然是三倍
我想數數的時間很快 parallel後的要併行的還要處理critical region..
消耗實在太大了.. 所以反而浪費時間

※ 引述《sorryChen (陳揚和)》之銘言：
: 用OpenMP 來平行計算 而且使用共同的記憶體
: 常常只要在for loop前加小小的一行 就可以併行
: 有人知道他的critical region 要怎麼標明嗎
: 我的實際問題是我有一個字串 (DNA actually) 我想算在上面固定長度的子字串
: 的各種pattern出現幾次 (比如說AAA AAC AAG.... 幾種pattern)
: 由於counter 是共用的
: 那就在counter[]++前寫#pragma omp critical..
: 這樣可能 也快不到哪去 是嗎?

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◆ From: 128.125.87.33
→ akasan:你應該要個別計錄完最後再合併結果到
→ akasan:counter後會好很多 而不應該在計算當中去同
→ akasan:步化
→ ericyu:counter++ 這種可以用 atomic 試試看
→ sorryChen:但我的counter很多很大 64M個counters
→ sorryChen:所以分開也不是好方法..
※ 編輯: sorryChen       來自: 128.125.87.33        (07/24 12:52)
→ sorryChen:atomic確實還不錯 16個cpu快5倍