[問題] 如何減少使用for

[onionsteven (.__ . )]

[問題類型]:

效能諮詢(我想讓R 跑更快)


[軟體熟悉度]:
使用者(已經有用R 做過不少作品)

[問題敘述]:
正在做分析 想讓執行速度加快
我的語法用了三層的for迴圈 想請問能不能避開

資料存放在多個檔案夾中 所以第一個迴圈是改變資料讀取路徑跟檔名
第二個迴圈是模擬資料的10000筆 依序做計算
第三個迴圈是針對每筆數據給予某定值做計算 約有2000組

apply或是sapply的執行速度比for快
但是使用它來計算某個函數時 我希望能指定不同的參數位置

[程式範例]:

例如：10000筆的模擬資料中 每一筆有三個
假定每筆資料為a1 a2 a3

data=matrix(rnorm(30000,0,1),10000,3)
apply(data,1,mean)可以計算a1 a2 a3的mean
但是我想做的是另外自己寫的函數
可能是a1^a2/a3
這部分有哪個語法能夠取代for迴圈呢



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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) 
◆ From: 140.112.76.107
→ koai:如果只有一個變數的話,sapply是可以取代你的for的! 你可以試
→ koai:下面這個例子 sapply(1:10,function(x){x^2})
→ onionsteven:恩  這裡就是我求救的地方 我的變數有三個 XD
→ koai:在你的問題裡面, 應該是先算完idx <- f(a1,a2,a3)的值(向量)
→ koai:然後用 sapply(idx,function(x){...})
→ koai:這樣子不知道有沒有幫到你... @@"
→ koai:如果還有問題,也許可以試著給一點範例資料,幫你做看看!
→ onionsteven:我試看看 @@ 謝謝
→ koai:sapply(1:10000,function(x){g(data[x,])}),g(*)你可以自己寫
→ koai:這應該是你想要做的事吧?  @@"
→ obarisk:apply比for快...實驗看看吧！比較美倒是真的！
→ obarisk:注意到x是個物件，所以他不是一個值
推 Yukirin:apply族的函數本質不也就是for loop嗎 記得不會比較快
→ onionsteven:那如果我希望改進for迴圈的執行速度 能用甚麼樣的寫法
→ koai:vectorize... eg.N=1000000; data=matrix(rnorm(3*N),N,3)
→ koai:system.time( sapply(1:N,function(x){ data[x,1]^data[x,2]/
→ koai:data[x,3] }) );
→ koai:system.time(for(x in 1:N){data[x,1]^data[x,2]/data[x,3]})
→ koai:system.time(  test <- data[,1]^data[,2]/data[,3]  )
→ koai:你可以比較一下上面例子分別需要多少時間!!
→ onionsteven:好的 謝謝
→ gsuper:不要思考怎麼躲避回圈 應該要思考怎麼安排記憶體
→ gsuper:比方說暫時用不到的的變數移除等
→ onionsteven:請問意思是 執行的時候 變數越少越好嗎?
推 Wush978:除了vectorize之外都沒有什麼好語法可以顯著提升速度
推 Wush978:但是透過電腦的硬體和適當的R 套件，可以顯著提升速度
→ Wush978:但是這個是case by case 的狀況，所以建議可以詳細給code