作者wwfc (月老工讀生)
看板Statistics
標題[程式] Hierarchical Clustering
時間Tue Jul 12 15:16:50 2011
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[軟體程式類別]:
R
[程式問題]:
Hierarchical Clustering
[軟體熟悉度]:
高(1年以上)
[問題敘述]:
小弟目前用大腸直腸癌病人甲基化的資料做 clustering。
我老闆希望圖長得像這樣:
http://ppt.cc/XO7p
圖的出處是
"DNA methylation profiling reveals novel biomarkers and important roles for
DNA methyltransferases in prostate cancer"
published on Genome Research
x軸是癌症/正常細胞,y軸是不同位點甲基化資料,對x軸做cluster,
頂端那些dendrogram要依照癌症/正常細胞分成藍色跟紅色,
試了幾個R常用的package都沒有發現類似的功能。
其實我也蠻好奇,當兩個細胞要合併成一組的時候,
如果一個是紅色,一個是藍色,那合在一起之後應該用那種顏色?
想請問版友有沒有畫過類似的圖,或是看過類似的paper。
如果有煩請告知小弟,不勝感激。
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 211.76.175.169
→ clickhere:?layout 把圖拆上下兩張,分開畫. 07/12 23:20
→ clickhere:藍+紅=?紫, 顏色得要自己改. 07/12 23:21
→ wwfc:謝謝c大的回覆。^^ 07/14 11:03