我認為這些原因造成那種麻煩：
（想到就寫。順序在前不代表較重要。）
1.方音不同。若涉及音譯，問題更複雜。
「偕」字在南方多讀成ㄍㄞ，所以馬偕牧師才取名叫馬「偕」。
個人猜測，「偕」在古代讀ㄍㄧㄞ，後來才隨地域不同變化成
ㄒㄧㄝˊ或ㄐㄧㄝ。
2.讀書音、談話音之別；聲韻學「文白讀」即指此。
如「骰」字讀ㄊㄡˊ即是「文讀」。
3.誤讀古書。按竺家寧《古音之旅》，可分下列兩種：
a.破音字教材編者缺少聲韻學知識、未確認古音而誤判。
有人主張《詩經》中「伐木丁丁」的「丁」該讀「ㄓㄥ」，
因古人注此字讀音為「陟耕反」；但清朝學者早已證明上古沒有ㄓ的音。
且目前的考證也認為古代「陟」字聲母為t或d。
b.誤解古書中「讀曰」或「讀若」之意。
古書文字通借標準極寬鬆，甚至讀音接近即可借用，
所以註解時常以「讀曰」或「讀若」指明本字，但不代表該照本字讀。
如古書有「紅女下機」，後注「紅讀曰工」，
導致「女紅」的「紅」變成讀ㄍㄨㄥ。
4.文字的字義改變。
如「酢」本指酸味調味料，「醋」本指以酒回敬主人，但後來完全反過來。
所以「酢漿草」的「酢」該讀什麼，要回頭考證其詞源。
5.古代常以改變字的聲調或聲母來改變詞性、詞義或次類。
可能古代「胖」字讀ㄆㄢˋ時形容人的身材，讀ㄆㄢˊ則形容空間；
但後來形容人的身材的用法由ㄆㄢˋ變成ㄆㄤˋ，而形容空間的則沒有改變。
所以「心廣體胖」的「胖」讀成ㄆㄢˊ。（也說不定那是文讀音喔！）
我完全不懂聲韻學、訓詁學，所以有錯請指教，也歡迎補充。
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