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演化關係
壺菌門(Chytridiomycota)
真菌界__／ 接合菌門(Zygomycota)
＼／ 子囊菌門(Asomycota)
＼／
＼擔子菌門(Basidiomycota)
壺菌門(Chytridiomycota)
多為水生，個體小，腐生or寄生。生活史中產生具有單鞭毛的游動孢子(zoospores)
鞭毛長在個體後且光滑
接合菌門(Zygomycota)
有性生殖由兩個配子囊(gametangia)融合成接合孢子囊(zygosporangium)
產生接合孢子(asospores) ex黑霉 內生菌根菌
子囊菌門(Asomycota)
有性生殖的孢子長在子囊(ascus)內，稱做子囊孢子(ascospores) ex酵母菌
蟲草菌 羊肚菌
擔子菌門(Basidiomycota)
有性生殖的孢子長在擔子(basidium)外，稱做擔孢子(basidiospores) ex木耳香菇靈芝
以前被認為是真菌界的
黏菌(slime mould):－>黏菌界
吞噬性營養行為(phagotrophy)。
管狀而非平板狀的粒線體脊(mitochondrial cristae)
纖毛菌類(ciliated fungi):生活史中會產生游動孢子，但現在被認為是異源性
絲壺菌類(Hypochytridiomycetes)游動孢子前端有一條包被著鞭毛絲(mastigonemes)
的羽狀鞭毛
卵菌(Oomycetes)游動孢子前端有兩鞭毛，一是平滑的鞭狀毛，另一是羽狀毛
兩者因具鞭毛絲的特徵，而被納入雜色藻界(Chromista)
高等真菌是指真菌中普遍具有膈膜(septum)者，即子囊菌及擔子菌。
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