Re: [閒聊] 關於次世代定序(NGS)

[snark (影燕)]

※ 引述《aaeaiaoaua (蒲公英)》之銘言：
: 最近我專題討論在寫關於次世代定序(Next Generation Sequencing, NGS) 的介紹，
: 這是一類大約在2006年開始普及化的定序技術，目前大家都認為應該是革命性的影響
: ，對於生物研究大部分領域都帶來新的思維。
: 目前主流的技術平台是 Roche 454 和 illumina solexa 兩種系統，常被比較的還有
: 快被淘汰的 ABI SOLiD 平台。另外，「第三代定序」的幾個平台也上市了，例如
: Helicos、Pacific Biosciences等幾家。
: 這些都可以當關鍵字去搜尋(例如去youtube搜尋)。
: 不過我記得高中的時候很多社員(包括我)對於傳統的Sanger定序都還不熟 (記得我參
: 加暑訓的時候跑堂有教過，但聽不太懂 )，所以應該不大有辦法討論什麼次世代定序。
: 聽說現在社團課時間都有安排活動，分生組如果有興趣的話，可以來開個「定序」或
: 「DNA 複製」之類的專門課程，藉機認識一下這門新技術，相信對於各個組都會很有
: 幫助的。
: 話說社展也可以考慮這個題目喲！
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: 這篇非常詳細，大推：
: http://www.labmed.org.tw/UpFiles/Issues/201076111035.pdf
: 這個網誌也有很多篇介紹：
: http://ppt.cc/Xc6V
: 如果想要了解次世代定序，我覺得youtube是個不錯的工具，很多超炫的動畫呈現得
: 非常精緻。
這裡來談一些 文章中比較少講到 比較進階的閱讀


到底定序可以做甚麼?

1.Genetic Analyses常常利用基因突變研究基因的功能
  但是篩選出有興趣的性狀之後　要找到哪個地方有突變就有很多工作做了
　例如在酵母菌中　complementation, meiotic analysis and molecular cloning
　是常用的三種方法　
　但是到底突變珠的基因中有幾個突變？　
　能complementation　仍不一定是同一個基因
　
　目前可以定序之後找出　突變的位置　
　在比較實驗的結果可以更快地找出造成性狀的突變

2.ChIP-seq
  利用Chromatin immunoprecipitation (ChIP)
  純化出與某蛋白結合的ＤＮＡ片段之後
　可以用　next generation sequencing

3.結合　next generation sequencing and a metagenomic approach
　已經加速病毒的發現


目前定序的問題?

目前的方法常常都是用訂出　短序列之後再　連接
The fragments are assembled into contigs.
這樣的資料處理往往使用　dynamic programming
所以會遇到一些問題

例如：
a.基因體中有高度重複序列　而且　沒有近似物種被並定序過可以當參考時

b.heterozygous　怎麼處理　或定義

c.virus 在宿主體內繁殖　基本上是　quasispecies　這樣要如何定序
　　不僅有Global haplotype assembly
　　實際開發程式發現　組合過多　連資料貯存都有困難

e. 許多新的方法正在突破短序列的限制　這樣可以解決以上很多的問題

相關文獻

1.Ultra-deep sequencing for the analysis of viral populations


2. Error correction of next-generation sequencing data
　　and reliable estimation of HIV quasispecies
Nucleic Acids Research, Volume 38, Number 21, 21 November 2010
, pp. 7400-7409(10)



Nature Reviews Genetics 13, 36-46 (January 2012) | doi:10.1038/nrg3117
Repetitive DNA and next-generation sequencing:
computational challenges and solutions

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◆ From: 156.111.131.212
推 aochiu1992:推！
推 aaeaiaoaua:推！總算拋磚引玉了！
推 starjimmy:另外可以講的是exome sequencing  是一種比較窮人版
→ starjimmy:的high throughput sequencing  不過data會比較有直接
→ starjimmy:解讀的好處 (becuase they are coding sequence)
推 aaeaiaoaua:樓上超久不見了!!!
推 aaeaiaoaua:我最近就是想做transcriptome的NGS
推 aaeaiaoaua:不過不知道學長說的是不是這個意思