以樓主的問題來說，樓主是想要取得執行該程式的執行路徑。
樓主使用了 new File("") 來解決問題。
看了一下API，上面寫著相對路徑起點預設為 "user.dir" 的系統屬性。
new File("") 是指定起點路徑 + "" （空白）
也就是說與 System.getProperty("user.dir") 是同樣路徑的。
所以基本上是沒有問題（以樓主情形來說的話）。
只是若是要取得「程式檔」位置的情形，
就只能以 System.getProperty("java.class.path") 來取得了。
（執行路徑是可變的嘛）
有誤請指教... ^^
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