[問題] BufferedOutputStream輸出時會有誤差怎麼辦

[penguin0322 (陸哥1/17記得共同101考本)]

各位前輩您們好：

先說明一下我的狀況，目前手上有一份DNA的資料要跑，需要將序列整理一下

他的格式如下：

>1097156670763
TCGATACCTCTCCTAGCAAGCGCATTCCACTACCAAGCAACTTTCTAACAACAACTAGCAACTATTCGCACTTAACCCTTGCCCAAAAAAATCGACTTCTTTAAAAACAATTGTCGTTCCCCCGATGCGATCAAACGCTTACG
CACTCCGTGCCGCTAGAGCCGCAGAAATCGCCCCGACTAGGTCGACGCCTTCCGCATGACCCACTACTAACAAGGTTATGACTGCTCTAGCCGACAGGTCACGAATACAAACCAACACACACGAAACATGCCAGAATTCGAAG
...
CCGCCCCATTGACCTACACATCAAAGGGCTCAAAAAGCTCAACTGCCAAGTAGATATCTCCAACGGTTACGTCCACGTCGACGCCTCCAACATCGAAGGCGGCC
>1097156670764
CTTGGGTAAATTGGTGAGCCTTATATCAAATCTGTTAAGTCTTTAGTAAAATCAAAATCTGGATTAGGTCTTGGAATTTTTATAGGAAAAACTCTACTTGAAAAAAATTATGCAAATATTTTATGTAAAAATTCCGAAACAAG
AGGTGGGGCTGAAGTTCGTATTAAATGGAAAAATGAAGACCTGTTAAAGCTTTAGTGTAGTTTCTTTTTATTTTCAAATAAGCCACTCAATTGAGAAACCATCACATCTCCAAGCTCATGTACATCTGTTATTTTAATAGCTT
...
CAAACTCTTTCTTCCAGAAATTTAACATTTTTGTAGACACATCATTGAGCTCTAATTTAAAGAATTTATTTAACATATATAGTTCAAAAGCTTCAGTCACAGGAACATCTTCTTTATTTTT

大約有3,000,000組 目前先跑前面十組試試

但是在輸出檔案裡卻只有印出約六組

試著在程式裡加上System.out.println來看哪裡沒讀到、沒改到

卻都沒有發現問題

再試著將資料增多  結果就可以正確的跑出該有的組數

但是將資料減少  結果輸出檔案中反而一組也沒有印出來

預計輸出格式如下：

>1097156670763
TCGATACCTCTCCTAGCAAGCGCATTCCACTACCAAGCAACTTTCTAACAACAACTAGCAACTATTCGCACTTAACCCT
>1097156670764
CTTGGGTAAATTGGTGAGCCTTATATCAAATCTGTTAAGTCTTTAGTAAAATCAAAATCTGGATTAGGTCTTGGAATTT

也就是將多行的序列去掉N後再將之湊成一列

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以下是我的程式碼  麻煩大家替我解困了

謝謝

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import java.io.*;

public class proteinTranslations {

    public static void main(String[] args){
         try {
               //這裡是一些宣告，應該可以跳過

               File inputFile =
                   new File("ten.txt");
               File outputFile =
                   new File("tenGOS.txt");
               FileReader fileReader =
                   new FileReader(inputFile);
               BufferedReader bufferedReader =
                   new BufferedReader(fileReader);
               byte[] buffer;
               BufferedOutputStream bufferedOut =
                   new BufferedOutputStream(new FileOutputStream(outputFile));
               int flag=0;
               String line="", total="", lineSep="";
               lineSep = System.getProperty("line.separator");

               //translating是用來去掉N用的
               translating translate=null;

               while ((line = bufferedReader.readLine()) != null) {
                     flag++;

                     //以>為區分的標地，每次遇以>為開頭的一行
                     //便將之前整理好的total印出
                     //第一次除外，且最後一次total在迴圈外印出
                     //在用println測的時候，N都有被刪掉
                     //也有排成一列
                     //可是就是沒有輸出到檔案中

                     if (line.indexOf(">") == 0) {
                        if (flag == 1) {
                            line+=lineSep;
                            buffer = line.getBytes();
                            bufferedOut.write(buffer, 0, buffer.length);
                        }
                        else {
                            buffer = total.getBytes();
                            bufferedOut.write(buffer, 0, buffer.length);
                            total="";
                            line = lineSep + line;
                            line+=lineSep;
                            buffer = line.getBytes();
                            bufferedOut.write(buffer, 0, buffer.length);
                        }
                     }
                     else {
                        translate =
                            new translating(line, line);
                        translate.deleteN();
                        total+=translate.result();
                     }
                  }
                  buffer = total.getBytes();
                  bufferedOut.write(buffer, 0, buffer.length);
                  total="";
              }
              catch (Exception e) {
                  System.out.println("File Not Found");
              }
        }

}


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public class translating {
        public String original="", translated="";
        int index1=0, index2=0;

        public translating () {}

        public translating (String original, String translated) {
                this.original = original;
                this.translated = translated;
        }

        public void deleteN () {
                //delet NNN...first
                original = original.replaceAll("N", "");
                translated = original;
        }

        public String result () {
                return translated;
        }

}

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麻煩大家了

謝謝

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