夏珍、林晨柏／台北報導、張謙俊／基隆報導
陳水扁總統一本新書，讓行事一向低調的兩任國安會秘書長署名發表聲明稿自清，現任總統府國安官員卅日表示，丁懋時應該了解如何處理最穩妥，陳水扁關切的若干議題，未能看到完整的檔案，或有其理由，就扁政府的角度而言，不是在批判任何人或翻舊帳，而是期許建ꔊ艅謍蛂C
官員表示，陳水扁總統上任之初，正當「兩國論」後續爭議未解，兩岸和台美關係都處於低盪期，陳總統非常關切台美關係這部份的東西，但從程序上卻調不到任何可資參酌的文件，這是事實。丁懋時解釋有關他參與的中美高層會談事宜，係出於李前總統的指示交辦，非出ꤊ饇磞w會的例行業務，這個說法可以接受。畢竟丁熟諳外交事務，卸任國安會秘書長之後，調任總統府秘書長，許多對美事務，李前總統猶仰仗丁懋時的專業。
至於兩國論，當時則是分多個組處理，包括蔡英文都是後期才在法律見解上加入討論，是一件研究中的案子，李前總統提前曝光，當對岸與國際壓力昇高後，原本在九二二要召開高層會議，但發生九二一大地震，會議結果沒開成。
官員表示，國安會秘書處的檔案中，包括情治單位的報告、部份專案研究的報告都存放在案，沒有交接的問題，但確實有若干政治性的案子，或者單線連絡的案子，到底該不該放在國安會的秘書處？還是有不同的看法，到現在許多專案研究的案件，國安會諮詢委員彼此間也ꐊㄡM楚。
官員也澄清說，陳總統書中的話是：「掌握國家安全最重要的國安會，有些重要的事情，在移交時竟連一份會議記錄的檔案都沒有。」並不是整個移交過程連一份檔案都沒有，外界顯然斷章取義。而陳總統對前總統李登輝在政權和平轉移的協助，還以「李登輝的背影」專章ꐊ岩H高度肯定，在野黨的故意分化，有失厚道。
核心官員強調，在政權移交沒有制度的情形下，不但卸任者沒有範例可以依循，上任者也沒有法規的保障，完全是靠李登輝、是靠「人」，所以陳總統才說是「良心的移交」。
官員表示，陳水扁總統上任後，基本上各種會議紀錄或檔案都留有備份，希望能建立制度，對歷史負責。但他承認，若干極機密的檔案或文件資料，是否適合依照一般會議紀錄或文件，送秘書處存檔，是有問題的，甚至依照文件的機密等級，專檔呈總統者，如何建檔移交，봊T實是政黨輪替、政權移交的一件新功課，民進黨政府沒有經驗，卻有誠意建立制度。
針對陳水扁總統向媒體自曝國家安全檔案移交內幕，立委鄭龍水卅日召開記者會表示，將在立法院提案成立「政權移轉檔案交接特別調查委員會」。
鄭龍水指出，陳水扁此一說法，形同指控去年主導政權轉移的前總統李登輝與前國安會秘書長、現任總統府資政殷宗文，有隱匿或毀棄國安會紀錄資料之情事，為查明事實真相，特提案建請立法院成立「政權移轉檔案交接特別調查委員會」，下設「調閱專案小組」。
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