請問基因怎麼解讀呢？

若基因排列序列都明瞭後，該怎麼去解讀他呢？
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※ Origin: 奇摩 大摩域 <telnet://bbs.kimo.com.tw> 
◆ From: 202.39.13.211

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發信人: [e-mail] (暫時還沒想出來), 看板: Biology
標  題: Re: 請問基因怎麼解讀呢？
發信站: 台大計中椰林風情站 (Sun Jun  4 19:45:47 2000)
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==> [e-mail] (愛閒晃的Peppy) 提到:
> ※ 引述《[e-mail] (維特)》之銘言：
> > 若基因排列序列都明瞭後，該怎麼去解讀他呢？
> 如果只有給你所有的基因序列，而沒有其他資訊，
> 是沒有辦法解讀的。
> 我曾經下載了Pseudomonas完整的序列下來看，
> 6 mega的atgc資料，完全不知從何下手。

為什麼說現在bioinformatics變成熱門的領域
就是因為要面臨分析處理大量genomic data的處境
確切的演算法我不清楚  不過原則就是分析這些序列
基因的結構是有一定的模式的
哪裡是regulatory region
哪裡是splicing的donor與acceptor
哪裡是可能的trancription termination site
哪些有看起來像transposon或retrotransposon
還有特定的蛋白質(比方說:HOX gene, zinc finger , 或是某些特定的domain)
都有一定的特徵
這些都有許多人歸納整理出某些conserved pattern
所以讓電腦去計算搜尋這些特定模式以預測可能的基因
另外更重要的是expression sequence tag (EST) database
以及現有的 cDNA序列
這些都可以大大幫助決定給個基因的起始位置的預測
還有, 比較不同生物的genome也是一種預測的方式.
現在已經有多種細菌與古細菌
還有酵母菌  線蟲  果蠅  以及兩條人類染色體的genome已經宣佈完成草圖了
這些對於繼續完成人類genome project與老鼠  斑馬魚等都會很有幫助

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發信人: [e-mail] (愛閒晃的Peppy), 看板: Biology
標  題: Re: 請問基因怎麼解讀呢？
發信站: KKCITY (Mon Jun  5 18:11:07 2000)
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※ 引述《[e-mail] (暫時還沒想出來)》之銘言：
> 為什麼說現在bioinformatics變成熱門的領域
> 就是因為要面臨分析處理大量genomic data的處境
> 基因的結構是有一定的模式的
> 這些都有許多人歸納整理出某些conserved pattern
> 所以讓電腦去計算搜尋這些特定模式以預測可能的基因
> 另外更重要的是expression sequence tag (EST) database
> 以及現有的 cDNA序列
> 這些都可以大大幫助決定給個基因的起始位置的預測
> 還有, 比較不同生物的genome也是一種預測的方式.
> 現在已經有多種細菌與古細菌
> 還有酵母菌  線蟲  果蠅  以及兩條人類染色體的genome已經宣佈完成草圖了
> 這些對於繼續完成人類genome project與老鼠  斑馬魚等都會很有幫助

tetrahymena說得真是好，蠻清楚的，
上面的文字我刪了一些，希望沒有斷章取義。

大概整理一下就是說：
1.已發現的基因
2.EST (or cDNA sequences)
3.Model organism
這些資料必須要加進來作為輔助之用，來幫助分析genomic data

還有一個方法是真的直接分析genomic sequence的，
目前據說工研院在研究，就是尋找repeated sequence
repeated sequence不是只有小片斷的，可以大到幾百或是幾千bp