請問一下各位高手
1.如何從Genomic DNA中進行PCR
如何設計primer才能避免P到intron
2.有哪一個網站可以查到gene在genomic DNA中的sequence
且有清楚的指出哪一段是exon哪一段是intron
謝謝啦!
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發信人: Odiel.bbs@bbs.ntu.edu.tw (喝歐雷長大的弟弟), 看板: Biology
標 題: Re: PCR問題
發信站: 台大計中椰林風情站 (Fri Nov 24 20:11:06 2000)
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==> yabber@bbs.openfind.com.tw (幸福的兔子) 提到:
> 請問一下各位高手
> 1.如何從Genomic DNA中進行PCR
> 如何設計primer才能避免P到intron
> 2.有哪一個網站可以查到gene在genomic DNA中的sequence
> 且有清楚的指出哪一段是exon哪一段是intron
> 謝謝啦!
1: 首先你要先知道你的genomic DNA sequence那邊是intron那邊是exon..
然後設計primer時找exon部份設計就不會p到intron
基本上這個問題問的讓人不知道該回答什麼...
2: http://www.ncbi.nlm.nih.org
但它只能找出整個genomic DNA部份..
intron的部份得先自己知道它的cDNA sequence之後推回去找出它的intron部份..
我倒是沒看過有這樣的網站可以告訴你哪邊是intron哪邊是exon的..
--
☆ [Origin:椰林風情] [From: 140.109.33.222] [Login: **] [Post: **]
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發信人: "幸福的兔子" <yabber@bbs.openfind.com.tw>, 看板: Biology
標 題: Re: PCR問題
發信站: OpenFind 網路論壇 (Sat Nov 25 09:28:08 2000)
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謝謝喝歐雷長大的人告訴我這些information
關於我第一個問題是:
若是一個基因在genomic DNA中有幾段intron插在其中
那設計primer在exon是不是會連intron也P出來
這是我百思不解的地方
希望能有人解我之惑
而第二個問題
我也只知道ncbi上可查不過我覺得不方便
因為現在HGP (human genome project)以知大部分的sequence
要從人類的細胞做PCR要如何避免intron是我想知的問題
或是我想的不對
請各位指正
謝謝啦!
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發信人: zax.bbs@bbs.ntu.edu.tw (心死了而人活著), 看板: Biology
標 題: Re: PCR問題
發信站: 台大計中椰林風情站 (Sat Nov 25 13:31:24 2000)
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> 謝謝喝歐雷長大的人告訴我這些information
> 關於我第一個問題是:
> 若是一個基因在genomic DNA中有幾段intron插在其中
> 那設計primer在exon是不是會連intron也P出來
> 這是我百思不解的地方
> 希望能有人解我之惑
理論上是的啊 不過要看你的intron的大小 還有你的primer的位置
我想 如果你想要避開intron 應該可以去做RT-PCR吧
這樣就可以避開了喔 當然 前提是你可以取得RNA
> 而第二個問題
> 我也只知道ncbi上可查不過我覺得不方便
> 因為現在HGP (human genome project)以知大部分的sequence
> 要從人類的細胞做PCR要如何避免intron是我想知的問題
如果你取的是cell line 那就像我上面說的 改抽RNA
做RT-PCR 就可以避開intron啦
那如果是組織 ㄟ 我做老鼠的腦部組織 還是可以抽出RNA的
這樣不知道有沒有幫到你
不過 ncbi可以幫的忙 已經很多了 呵呵 有些時候 不要嫌麻煩唷 :)
> 或是我想的不對
> 請各位指正
> 謝謝啦!
僅供參考囉
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哭了 夜還是彩色的 死了 世界還是活著 被愛的人 記得只是挫折
而痛哪 是不能被原諒的 痛會一點點一件件吃掉想念
想念有一天有一夜你會出現 覺悟的 再深刻（再透徹） 再多殘忍（全都粉碎）
就算我的 我還活著 你是看不到聽不見存在身邊 等到咬住了遙遠的一點牽連
真心人 愛過了 就會懂得 心死了還要活著的 坎坷
天啊原諒我的邪念 對你沒有祝福可言 無愛的人 渴望奇蹟出現 而愛了一個人多少年
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☆ [Origin:椰林風情] [From: ym64102.ym.edu.tw] [Login: **] [Post: **]
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發信人: "幸福的兔子" <yabber@bbs.openfind.com.tw>, 看板: Biology
標 題: Re: PCR問題
發信站: OpenFind 網路論壇 (Sat Nov 25 16:18:04 2000)
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謝謝"心死了而人活 "的回答
讓我想起我以前的老師說的一句話
"若沒有其他的方法最笨的方法就是最好的方法"
我只是在想除了RT-PCR之外是否可以用PCR來解決問題
畢竟操作RNA要比DNA小心許多
謝謝啦！
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