請問酒精沉澱DNA

請問各位先進....
為什麼一般在做酒精沉澱DNA時也必須加入鹽類.....
這是為什麼?????
如果用ISOPROPANOL是不是就不需加了呢?????

                                 謝謝.........
--
※ Origin: 楓橋驛站<bbs.cs.nthu.edu.tw> ◆ From: 140.120.200.102

> -------------------------------------------------------------------------- <

發信人: "Kanbo Lee" <[e-mail]>, 看板: Biology
標  題: Re: 請問酒精沉澱DNA
發信站: SooChow University 東吳大學 (Tue Jul 18 00:20:34 2000)
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用兩倍體積酒精就可以了

加Sodium Acetate並不是很必要

DNA產量很低

"鬼 魅" <[e-mail]> 撰寫於郵件
news:3bRGNb$[e-mail]...
> 請問各位先進....
> 為什麼一般在做酒精沉澱DNA時也必須加入鹽類.....
> 這是為什麼?????
> 如果用ISOPROPANOL是不是就不需加了呢?????
>
>                                  謝謝.........
> --
> ※ Origin: 楓橋驛站<bbs.cs.nthu.edu.tw> ◆ From: 140.120.200.102



> -------------------------------------------------------------------------- <

發信人: [e-mail] (Prove it!), 看板: Biology
標  題: Re: 請問酒精沉澱DNA
發信站: 清華資訊(楓橋驛站) (Tue Jul 18 00:47:03 2000)
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※ 引述《[e-mail] (Kanbo Lee)》之銘言：
> 用兩倍體積酒精就可以了
> 加Sodium Acetate並不是很必要
> DNA產量很低
> "鬼 魅" <[e-mail]> 撰寫於郵件
> news:3bRGNb$[e-mail]...
> > 請問各位先進....
> > 為什麼一般在做酒精沉澱DNA時也必須加入鹽類.....
> > 這是為什麼?????
> > 如果用ISOPROPANOL是不是就不需加了呢?????
> >                                  謝謝.........
> > --

    不必加 salt?
    是嗎? 不要害別人!

> -------------------------------------------------------------------------- <

發信人: [e-mail] (聿), 看板: Biology
標  題: Re: 請問酒精沉澱DNA
發信站: 興大天樞資訊網 (Wed Jul 19 11:53:06 2000)
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: 用兩倍體積酒精就可以了
: 加Sodium Acetate並不是很必要
: DNA產量很低
: "鬼 魅" <[e-mail]> 撰寫於郵件
: news:3bRGNb$[e-mail]...
: > 請問各位先進....
: > 為什麼一般在做酒精沉澱DNA時也必須加入鹽類.....
: > 這是為什麼?????
: > 如果用ISOPROPANOL是不是就不需加了呢?????
: >
: >                                  謝謝.........
   不不不,加salt非常重要,不然DNA怎麼沉澱呢?

> -------------------------------------------------------------------------- <

發信人: "Kanbo Lee" <[e-mail]>, 看板: Biology
標  題: Re: 請問酒精沉澱DNA
發信站: SooChow University 東吳大學 (Thu Jul 20 02:50:17 2000)
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既然加salt很重要，為什麼我用兩倍酒精就可以沈澱下來ㄋ？
（有一些protocol寫是用isopropanol沈澱）
你可以試試我說的有沒有錯！

我們實驗室只有在DNA產量很低的時候才要加入salt
為的是幫助沈澱

你說salt很重要，為什麼重要？告訴我原因好嗎？
而且多加一個洗鹽的步驟是很傷的（對於一個要求DNA產量的我來說）

  p.s 我很好奇，你們跑電泳的時候不會覺得很奇怪，為什麼DNA會捲在一起嗎？

"Prove it!" <[e-mail]> 撰寫於郵件
news:3bRIYd$[e-mail]...
> ※ 引述《[e-mail] (Kanbo Lee)》之銘言：
> > 用兩倍體積酒精就可以了
> > 加Sodium Acetate並不是很必要
> > DNA產量很低
> > "鬼 魅" <[e-mail]> 撰寫於郵件
> > news:3bRGNb$[e-mail]...
> > > 請問各位先進....
> > > 為什麼一般在做酒精沉澱DNA時也必須加入鹽類.....
> > > 這是為什麼?????
> > > 如果用ISOPROPANOL是不是就不需加了呢?????
> > >                                  謝謝.........
> > > --
>
>     不必加 salt?
>     是嗎? 不要害別人!
> --
> ※ Origin: 楓橋驛站<bbs.cs.nthu.edu.tw> ◆ From: dialup62.sinica.edu.tw



> -------------------------------------------------------------------------- <

發信人: [e-mail] (AlfaFan), 看板: Biology
標  題: Re: 請問酒精沉澱DNA
發信站: 中山醫學院BBS站 (Thu Jul 20 09:26:03 2000)
轉信站: Ptt!bbs.ee.ntu!freebsd.ntu!news.cis.nctu!csmcbbs

【 在 u4304051. 的大作中提到: 】
: 既然加salt很重要，為什麼我用兩倍酒精就可以沈澱下來ㄋ？
: （有一些protocol寫是用isopropanol沈澱）
  沉澱DNA的原理就是鹽析(salting out). 只是光有鹽類還不足以沉澱它, 所以要
  加醇類增強鹽析效果. 而醇類以2-propanol效果大於ethanol.
: 你可以試試我說的有沒有錯！
: 我們實驗室只有在DNA產量很低的時候才要加入salt
: 為的是幫助沈澱
  你說的沒錯但必須是在DNA濃度很高的時候才成立. 不是每一個人都和你一樣的
  情況, 所以之前才有網友說請你不要害人.
: 你說salt很重要，為什麼重要？告訴我原因好嗎？
  沉澱DNA的條件通常是鹽類(Na+)及酒精之終濃度為75 mM及75%. 如果DNA濃度真的
  太低或分子量很小, 則會加入tRNA或glycogen幫助沉澱.
: 而且多加一個洗鹽的步驟是很傷的（對於一個要求DNA產量的我來說）
  No, no, no. 不加鹽的結果才會降低產量. 洗鹽的步驟並不會有太大損失 (基本
  上DNA難溶於70%的酒精), 除非你把pellet搞掉了!
:   p.s 我很好奇，你們跑電泳的時候不會覺得很奇怪，為什麼DNA會捲在一起嗎？
  我不懂什麼叫做DNA捲在一起? 你說的可能是DNA太濃, 沒溶好所造成的掃把尾
  現象?
  總之, 至少我從沒見過任何protocol (不論是商品的protocol或是Molecular cloning
  , Current protocol之類的手冊)告訴讀者不要加鹽就可以沉澱DNA(或核酸). 如果你
  覺得你好像都沒加鹽就能沉澱DNA, 那麼請check一下你純化DNA的過程中所用的buffer,
  一路加下來算一算你最後加酒精前的鹽類濃度有多少? 你想會沒有鹽類在裡邊嗎?
  如果你們lab一直"不用加鹽沉澱DNA", 只能說你們lab不是專門搞核酸的lab.

> -------------------------------------------------------------------------- <

發信人: [e-mail] (Prove it!), 看板: Biology
標  題: Re: 請問酒精沉澱DNA
發信站: 清華資訊(楓橋驛站) (Thu Jul 20 15:14:33 2000)
轉信站: Ptt!bbs.ee.ntu!freebsd.ntu!news.cs.nthu!maple

※ 引述《[e-mail] (Kanbo Lee)》之銘言：
> 既然加salt很重要，為什麼我用兩倍酒精就可以沈澱下來ㄋ？
> （有一些protocol寫是用isopropanol沈澱）
> 你可以試試我說的有沒有錯！
> 我們實驗室只有在DNA產量很低的時候才要加入salt
> 為的是幫助沈澱
> 你說salt很重要，為什麼重要？告訴我原因好嗎？
> 而且多加一個洗鹽的步驟是很傷的（對於一個要求DNA產量的我來說）
>   p.s 我很好奇，你們跑電泳的時候不會覺得很奇怪，為什麼DNA會捲在一起嗎？
> "Prove it!" <[e-mail]> 撰寫於郵件
> news:3bRIYd$[e-mail]...
> >     不必加 salt?
> >     是嗎? 不要害別人!
> > --

   我只想問你
   你加酒精或isopropanol之前
   你的solution都沒有任何的salt?

   不要只會用kit做實驗
   而連buffer裡有什麼東西都不知道

> -------------------------------------------------------------------------- <

發信人: "Kanbo Lee" <[e-mail]>, 看板: Biology
標  題: Re: 請問酒精沉澱DNA
發信站: SooChow University 東吳大學 (Thu Jul 20 23:53:00 2000)
轉信站: Ptt!bbs.ee.ntu!freebsd.ntu!News.Math.NCTU!news.cdpa.nsysu!nsysu-news!c

你誤解我的意思了

我的意思是說在最後一個步驟的時候不必再刻意的加入 soium acetate

"Prove it!" <[e-mail]> 撰寫於郵件
news:3bTKF9$[e-mail]...
> ※ 引述《[e-mail] (Kanbo Lee)》之銘言：
> > 既然加salt很重要，為什麼我用兩倍酒精就可以沈澱下來ㄋ？
> > （有一些protocol寫是用isopropanol沈澱）
> > 你可以試試我說的有沒有錯！
> > 我們實驗室只有在DNA產量很低的時候才要加入salt
> > 為的是幫助沈澱
> > 你說salt很重要，為什麼重要？告訴我原因好嗎？
> > 而且多加一個洗鹽的步驟是很傷的（對於一個要求DNA產量的我來說）
> >   p.s 我很好奇，你們跑電泳的時候不會覺得很奇怪，為什麼DNA會捲在一起嗎？
> > "Prove it!" <[e-mail]> 撰寫於郵件
> > news:3bRIYd$[e-mail]...
> > >     不必加 salt?
> > >     是嗎? 不要害別人!
> > > --
>
>    我只想問你
>    你加酒精或isopropanol之前
>    你的solution都沒有任何的salt?
>
>    不要只會用kit做實驗
>    而連buffer裡有什麼東西都不知道
> --
> ※ Origin: 楓橋驛站<bbs.cs.nthu.edu.tw> ◆ From: dialup66.sinica.edu.tw



> -------------------------------------------------------------------------- <

發信人: [e-mail] (AlfaFan), 看板: Biology
標  題: Re: 請問酒精沉澱DNA
發信站: 中山醫學院BBS站 (Fri Jul 21 01:19:24 2000)
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【 在 u4304051. 的大作中提到: 】
: 你誤解我的意思了
: 我的意思是說在最後一個步驟的時候不必再刻意的加入 soium acetate
  老天! lysosome兄說得對極了!
  連實驗過程中buffer內的salt濃度到底有多少都搞不清楚, 還大聲說
  不加鹽直接加酒精就能沉澱DNA.

> -------------------------------------------------------------------------- <

發信人: [e-mail] (Prove it!), 看板: Biology
標  題: Re: 請問酒精沉澱DNA
發信站: 清華資訊(楓橋驛站) (Fri Jul 21 01:24:43 2000)
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※ 引述《[e-mail] (Kanbo Lee)》之銘言：
> 你誤解我的意思了
> 我的意思是說在最後一個步驟的時候不必再刻意的加入 soium acetate

  我猜得到你的意思
  但請回到最先前的問題
  想想看你的回答會不會誤導發問的人

  solution裡有salt 做酒精沉澱可以不再加 sodium acetate
  但若solution裡是沒有salt的呢?
  不加salt只加酒精沉澱得出DNA嗎?

  所以 我請你不要害人

> -------------------------------------------------------------------------- <

發信人: "Lionel" <[e-mail]>, 看板: Biology
標  題: Re: 請問酒精沉澱DNA
發信站: SooChow University 東吳大學 (Fri Jul 21 12:04:03 2000)
轉信站: Ptt!bbs.ee.ntu!news.ntu!spring!news!news.scu!not-for-mail

只用酒精當然可以把DNA沈澱下來
您有沒有想過為什麼要用酒精或醇類來沈澱DNA？
不要只會照著步驟作  卻不知道為什麼這樣做
我猜您應該是研究生  要有求知的精神不要人云亦云

"Prove it!" <[e-mail]> 撰寫於郵件
news:3bTa9h$[e-mail]...
> ※ 引述《[e-mail] (Kanbo Lee)》之銘言：
> > 你誤解我的意思了
> > 我的意思是說在最後一個步驟的時候不必再刻意的加入 soium acetate
>
>   我猜得到你的意思
>   但請回到最先前的問題
>   想想看你的回答會不會誤導發問的人
>
>   solution裡有salt 做酒精沉澱可以不再加 sodium acetate
>   但若solution裡是沒有salt的呢?
>   不加salt只加酒精沉澱得出DNA嗎?
>
>   所以 我請你不要害人
> --
> ※ Origin: 楓橋驛站<bbs.cs.nthu.edu.tw> ◆ From: dialup51.sinica.edu.tw



> -------------------------------------------------------------------------- <

發信人: [e-mail] (AlfaFan), 看板: Biology
標  題: Re: 請問酒精沉澱DNA
發信站: 中山醫學院BBS站 (Fri Jul 21 12:25:42 2000)
轉信站: Ptt!bbs.ee.ntu!freebsd.ntu!news.cs.nthu!news.cis.nctu!csmcbbs

【 在 lionellu. 的大作中提到: 】
: 只用酒精當然可以把DNA沈澱下來
: 您有沒有想過為什麼要用酒精或醇類來沈澱DNA？
: 不要只會照著步驟作  卻不知道為什麼這樣做
: 我猜您應該是研究生  要有求知的精神不要人云亦云
  那我猜你應該是老師    就麻煩你說清楚講明白, 以免大家人云亦云!!
  只是我不懂lysosome兄有說錯嗎? 只用酒精就能沉澱DNA嗎?
  麻煩你看看我之前的post, 只用酒精沉澱DNA的條件可說是特例.
  在一般的情形下是不能沉澱DNA的. 事實就是如此!!

> -------------------------------------------------------------------------- <

發信人: "Kanbo Lee" <[e-mail]>, 看板: Biology
標  題: Re: 請問酒精沉澱DNA
發信站: SooChow University 東吳大學 (Fri Jul 21 12:45:22 2000)
轉信站: Ptt!bbs.ee.ntu!freebsd.ntu!ctu-peer!ctu-gate!news.nctu!news!news.scu!n

讓我們搞清楚一件事，我們在說的是 Sol. III 之後，
chloroform/IAA or phenol 粹取之後的酒精沈澱嗎？

如果是，我做了四年的DNA粹取，
從沒有絕對酒精加sodium acetate才能沈澱的道理
我全是用絕對酒精就沈澱下來了

為什麼沒有人肯試一試ㄋ？

"AlfaFan" <[e-mail]> 撰寫於郵件
news:3bU572$[e-mail]...
> 【 在 lionellu. 的大作中提到: 】
> : 只用酒精當然可以把DNA沈澱下來
> : 您有沒有想過為什麼要用酒精或醇類來沈澱DNA？
> : 不要只會照著步驟作  卻不知道為什麼這樣做
> : 我猜您應該是研究生  要有求知的精神不要人云亦云
>   那我猜你應該是老師    就麻煩你說清楚講明白, 以免大家人云亦云!!
>   只是我不懂lysosome兄有說錯嗎? 只用酒精就能沉澱DNA嗎?
>   麻煩你看看我之前的post, 只用酒精沉澱DNA的條件可說是特例.
>   在一般的情形下是不能沉澱DNA的. 事實就是如此!!
> --
>   Sooner or Later, I WILL BE BACK.
>   Maveric
>
> ※ 來源:‧中山醫學院BBS -- 絮情小站 bbs.csmc.edu.tw‧[FROM:
dorm1-d83.csmc.]



> -------------------------------------------------------------------------- <

發信人: "Kanbo Lee" <[e-mail]>, 看板: Biology
標  題: Re: 請問酒精沉澱DNA
發信站: SooChow University 東吳大學 (Fri Jul 21 12:54:05 2000)
轉信站: Ptt!bbs.ee.ntu!freebsd.ntu!netnews.csie.nctu!ctu-gate!news.nctu!news!n

他之前不是問說為什麼在酒精沈澱的時候為什麼要加鹽嗎？
所以我說在那個步驟時不用再加Sodium Acetate，有錯嗎？

另外一件事
Alkaline Lyses Protocol 中的Solution當然有鹽類，不然又如何能稱做bufferㄋ？
只是我們所針對的焦點不同
我只是針對於最後酒精沈澱的時候需不需要加鹽來敘述的
所以我說不需要加鹽

"Prove it!" <[e-mail]> 撰寫於郵件
news:3bTa9h$[e-mail]...
> ※ 引述《[e-mail] (Kanbo Lee)》之銘言：
> > 你誤解我的意思了
> > 我的意思是說在最後一個步驟的時候不必再刻意的加入 soium acetate
>
>   我猜得到你的意思
>   但請回到最先前的問題
>   想想看你的回答會不會誤導發問的人
>
>   solution裡有salt 做酒精沉澱可以不再加 sodium acetate
>   但若solution裡是沒有salt的呢?
>   不加salt只加酒精沉澱得出DNA嗎?
>
>   所以 我請你不要害人
> --
> ※ Origin: 楓橋驛站<bbs.cs.nthu.edu.tw> ◆ From: dialup51.sinica.edu.tw



> -------------------------------------------------------------------------- <

發信人: "Kanbo Lee" <[e-mail]>, 看板: Biology
標  題: Re: 請問酒精沉澱DNA
發信站: SooChow University 東吳大學 (Fri Jul 21 15:29:37 2000)
轉信站: Ptt!bbs.ee.ntu!news.ntu!ctu-gate!news.nctu!news!news.scu!not-for-mail

你說的DNA濃度很高是指多少的量才算？
另外一點，你用的是99.9%的酒精嗎？
有沒有prechilled?


"AlfaFan" <[e-mail]> 撰寫於郵件
news:3bU572$[e-mail]...
> 【 在 lionellu. 的大作中提到: 】
> : 只用酒精當然可以把DNA沈澱下來
> : 您有沒有想過為什麼要用酒精或醇類來沈澱DNA？
> : 不要只會照著步驟作  卻不知道為什麼這樣做
> : 我猜您應該是研究生  要有求知的精神不要人云亦云
>   那我猜你應該是老師    就麻煩你說清楚講明白, 以免大家人云亦云!!
>   只是我不懂lysosome兄有說錯嗎? 只用酒精就能沉澱DNA嗎?
>   麻煩你看看我之前的post, 只用酒精沉澱DNA的條件可說是特例.
>   在一般的情形下是不能沉澱DNA的. 事實就是如此!!
> --
>   Sooner or Later, I WILL BE BACK.
>   Maveric
>
> ※ 來源:‧中山醫學院BBS -- 絮情小站 bbs.csmc.edu.tw‧[FROM:
dorm1-d83.csmc.]



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發信人: [e-mail] (我是一朵雲), 看板: Biology
標  題: Re: 請問酒精沉澱DNA
發信站: 台大計中椰林風情站 (Fri Jul 21 18:03:45 2000)
轉信站: Ptt!bbs.ee.ntu!Palmarama


==> [e-mail] (Kanbo Lee) 提到:
> 既然加salt很重要，為什麼我用兩倍酒精就可以沈澱下來ㄋ？
> （有一些protocol寫是用isopropanol沈澱）
> 你可以試試我說的有沒有錯！
> 我們實驗室只有在DNA產量很低的時候才要加入salt
> 為的是幫助沈澱
> 你說salt很重要，為什麼重要？告訴我原因好嗎？
> 而且多加一個洗鹽的步驟是很傷的（對於一個要求DNA產量的我來說）
>   p.s 我很好奇，你們跑電泳的時候不會覺得很奇怪，為什麼DNA會捲在一起嗎？

  學藝不精,就別逞強,遭人指正宜虛心受教!!!!!!!!!




> -------------------------------------------------------------------------- <

發信人: "Kanbo Lee" <[e-mail]>, 看板: Biology
標  題: Re: 請問酒精沉澱DNA
發信站: SooChow University 東吳大學 (Fri Jul 21 20:10:04 2000)
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"AlfaFan" <[e-mail]> 撰寫於郵件
news:3bTADh$[e-mail]...
> 【 在 u4304051. 的大作中提到: 】
> : 既然加salt很重要，為什麼我用兩倍酒精就可以沈澱下來ㄋ？
> : （有一些protocol寫是用isopropanol沈澱）
>   沉澱DNA的原理就是鹽析(salting out). 只是光有鹽類還不足以沉澱它, 所以要
>   加醇類增強鹽析效果. 而醇類以2-propanol效果大於ethanol.
> : 你可以試試我說的有沒有錯！
> : 我們實驗室只有在DNA產量很低的時候才要加入salt
> : 為的是幫助沈澱
>   你說的沒錯但必須是在DNA濃度很高的時候才成立. 不是每一個人都和你一樣的
>   情況, 所以之前才有網友說請你不要害人.
> : 你說salt很重要，為什麼重要？告訴我原因好嗎？
>   沉澱DNA的條件通常是鹽類(Na+)及酒精之終濃度為75 mM及75%. 如果DNA濃度真的
>   太低或分子量很小, 則會加入tRNA或glycogen幫助沉澱.
> : 而且多加一個洗鹽的步驟是很傷的（對於一個要求DNA產量的我來說）
>   No, no, no. 不加鹽的結果才會降低產量. 洗鹽的步驟並不會有太大損失 (基本
>   上DNA難溶於70%的酒精), 除非你把pellet搞掉了!
> :   p.s 我很好奇，你們跑電泳的時候不會覺得很奇怪，為什麼DNA會捲在一起嗎？
>   我不懂什麼叫做DNA捲在一起? 你說的可能是DNA太濃, 沒溶好所造成的掃把尾
>   現象?
>   總之, 至少我從沒見過任何protocol (不論是商品的protocol或是Molecular
cloning
>   , Current protocol之類的手冊)

我剛剛看過molecular cloning 的protocol
沈澱DNA用的是兩倍體積的絕對酒精，不加鹽

告訴讀者不要加鹽就可以沉澱DNA(或核酸). 如果你
>   覺得你好像都沒加鹽就能沉澱DNA, 那麼請check一下你純化DNA的過程中所用的
buffer,
>   一路加下來算一算你最後加酒精前的鹽類濃度有多少? 你想會沒有鹽類在裡邊嗎?
>   如果你們lab一直"不用加鹽沉澱DNA", 只能說你們lab不是專門搞核酸的lab.
> --
>   Sooner or Later, I WILL BE BACK.
>   Maveric
>
> ※ 來源:‧中山醫學院BBS -- 絮情小站 bbs.csmc.edu.tw‧[FROM:
dorm1-d83.csmc.]



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發信人: "Kanbo Lee" <[e-mail]>, 看板: Biology
標  題: Re: 請問酒精沉澱DNA
發信站: SooChow University 東吳大學 (Fri Jul 21 20:14:04 2000)
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"Kanbo Lee" <[e-mail]> 撰寫於郵件
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>
> "AlfaFan" <[e-mail]> 撰寫於郵件
> news:3bTADh$[e-mail]...
> > 【 在 u4304051. 的大作中提到: 】
> > : 既然加salt很重要，為什麼我用兩倍酒精就可以沈澱下來ㄋ？
> > : （有一些protocol寫是用isopropanol沈澱）
> >   沉澱DNA的原理就是鹽析(salting out). 只是光有鹽類還不足以沉澱它, 所以要
> >   加醇類增強鹽析效果. 而醇類以2-propanol效果大於ethanol.
> > : 你可以試試我說的有沒有錯！
> > : 我們實驗室只有在DNA產量很低的時候才要加入salt
> > : 為的是幫助沈澱
> >   你說的沒錯但必須是在DNA濃度很高的時候才成立. 不是每一個人都和你一樣的
> >   情況, 所以之前才有網友說請你不要害人.
> > : 你說salt很重要，為什麼重要？告訴我原因好嗎？
> >   沉澱DNA的條件通常是鹽類(Na+)及酒精之終濃度為75 mM及75%. 如果DNA濃度真
的
> >   太低或分子量很小, 則會加入tRNA或glycogen幫助沉澱.
> > : 而且多加一個洗鹽的步驟是很傷的（對於一個要求DNA產量的我來說）
> >   No, no, no. 不加鹽的結果才會降低產量. 洗鹽的步驟並不會有太大損失 (基本
> >   上DNA難溶於70%的酒精), 除非你把pellet搞掉了!
> > :   p.s 我很好奇，你們跑電泳的時候不會覺得很奇怪，為什麼DNA會捲在一起嗎
？
> >   我不懂什麼叫做DNA捲在一起? 你說的可能是DNA太濃, 沒溶好所造成的掃把尾
> >   現象?
> >   總之, 至少我從沒見過任何protocol (不論是商品的protocol或是Molecular
> cloning
> >   , Current protocol之類的手冊)
>
> 我剛剛看過molecular cloning 的protocol
> 沈澱DNA用的是兩倍體積的絕對酒精，不加鹽
在page 1.27


> 告訴讀者不要加鹽就可以沉澱DNA(或核酸). 如果你
> >   覺得你好像都沒加鹽就能沉澱DNA, 那麼請check一下你純化DNA的過程中所用的
> buffer,
> >   一路加下來算一算你最後加酒精前的鹽類濃度有多少? 你想會沒有鹽類在裡邊嗎
?
> >   如果你們lab一直"不用加鹽沉澱DNA", 只能說你們lab不是專門搞核酸的lab.
> > --
> >   Sooner or Later, I WILL BE BACK.
> >   Maveric
> >
> > ※ 來源:‧中山醫學院BBS -- 絮情小站 bbs.csmc.edu.tw‧[FROM:
> dorm1-d83.csmc.]
>
>



> -------------------------------------------------------------------------- <

發信人: [e-mail] (Prove it!), 看板: Biology
標  題: Re: 請問酒精沉澱DNA
發信站: 清華資訊(楓橋驛站) (Sat Jul 22 00:41:11 2000)
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※ 引述《[e-mail] (Kanbo Lee)》之銘言：
> 讓我們搞清楚一件事，我們在說的是 Sol. III 之後，
> chloroform/IAA or phenol 粹取之後的酒精沈澱嗎？
> 如果是，我做了四年的DNA粹取，
> 從沒有絕對酒精加sodium acetate才能沈澱的道理
> 我全是用絕對酒精就沈澱下來了
> 為什麼沒有人肯試一試ㄋ？

  哦??是嗎??DNA沉澱的步驟只會出現在 Sol.III之後嗎??

  嘖嘖!!原來是這樣
  原來你做了四年的實驗
  只會用Sol.I II III 純化DNA
  難怪你不知道在其他的實驗也有可能會做到DNA沉澱純化
  也難怪你覺得做DNA沉澱要加salt是件讓你不可接受的事
  真是難為你了..嘖嘖!!

> -------------------------------------------------------------------------- <

發信人: [e-mail] (Prove it!), 看板: Biology
標  題: Re: 請問酒精沉澱DNA
發信站: 清華資訊(楓橋驛站) (Sat Jul 22 00:59:06 2000)
轉信站: Ptt!bbs.ee.ntu!freebsd.ntu!news.cs.nthu!maple

※ 引述《[e-mail] (Kanbo Lee)》之銘言：
> 我剛剛看過molecular cloning 的protocol
> 沈澱DNA用的是兩倍體積的絕對酒精，不加鹽

   雖然我手邊現在沒有"分子克隆"這本參考書
   不過我猜 你看的protocal應該是Sol I II III 純化DNA的方法吧
   但是..純化DNA不是只有這個方法吧..

> -------------------------------------------------------------------------- <

發信人: "RM414" <[e-mail]>, 看板: Biology
標  題: Re: 請問酒精沉澱DNA
發信站: Computing Center, Academia Sinica (Sat Jul 22 09:44:41 2000)
轉信站: Ptt!bbs.ee.ntu!freebsd.ntu!news.cs.nthu!newsfeed.nthu!ctu-gate!news.nc


Lionel 撰寫於文章 <8l8hvi$pmm$[e-mail]>...
>只用酒精當然可以把DNA沈澱下來
>您有沒有想過為什麼要用酒精或醇類來沈澱DNA？
>不要只會照著步驟作  卻不知道為什麼這樣做
>我猜您應該是研究生  要有求知的精神不要人云亦云
那我猜您應該是沒進過實驗室的大學生,如果你是德高望重的學者,
請詳細說明為什麼用酒精或醇類來沈澱DNA可以不加鹽,
順便讓大家增長一下見聞,不要只會要求人家[要有求知的精神不要人云亦云].




> -------------------------------------------------------------------------- <

發信人: "RM414" <[e-mail]>, 看板: Biology
標  題: Re: 請問酒精沉澱DNA
發信站: Computing Center, Academia Sinica (Sat Jul 22 09:56:22 2000)
轉信站: Ptt!bbs.ee.ntu!freebsd.ntu!wd-news!news.ntust!ctu-gate!news.nctu!news.


Kanbo Lee 撰寫於文章 <8l8ki1$1ot$[e-mail]>...
>讓我們搞清楚一件事，我們在說的是 Sol. III 之後，
>chloroform/IAA or phenol 粹取之後的酒精沈澱嗎？
>
>如果是，我做了四年的DNA粹取，
>從沒有絕對酒精加sodium acetate才能沈澱的道理
>我全是用絕對酒精就沈澱下來了
>
>為什麼沒有人肯試一試ㄋ？
>

我想沒搞清楚的是你吧!原先最早的問題是:
[
請問各位先進....
為什麼一般在做酒精沉澱DNA時也必須加入鹽類.....
這是為什麼?????
如果用ISOPROPANOL是不是就不需加了呢?????

                                 謝謝.........]
他並沒有提到是 Sol. III 之後,而你的回答是:
[
 用兩倍體積酒精就可以了
加Sodium Acetate並不是很必要
DNA產量很低]
你也沒有提到是 Sol. III 之後,難怪大家要誤會你的意思.



> -------------------------------------------------------------------------- <

發信人: [e-mail] (quitting), 看板: Biology
標  題: Re: 請問酒精沉澱DNA
發信站: 台大醫學院◎楓城杏話◎ (Sat Jul 22 11:48:02 2000)
轉信站: Ptt!bbs.ee.ntu!news.ntu!news.mc.ntu!Maple




基本上哩
要討論這個問題
如果要看書
請看Molecular cloning的E.10
"precipitation with ethanol or isopropanol"

1.27只是mini prep步驟的
要沈澱純化DNA的時機不是只有在做mini prep


> -------------------------------------------------------------------------- <

作者: hgp (Day After Tomorrow) 看板: Biology
標題: Re: 請問酒精沉澱DNA
時間: Sat Jul 22 13:51:54 2000

酒精對水的溶解度大於DNA對水的溶解度
所以酒精與DNA搶水的結果便會將DNA析出
能否有人也約略說一下加鹽的原理為何
不要只丟出個鹽析兩個字就沒了
別吵了半天還是沒觸及問題的核心

※ 引述《"RM414" <[e-mail]>, 看板: Biology》之銘言：
: Lionel 撰寫於文章 <8l8hvi$pmm$[e-mail]>...
: >只用酒精當然可以把DNA沈澱下來
: >您有沒有想過為什麼要用酒精或醇類來沈澱DNA？
: >不要只會照著步驟作  卻不知道為什麼這樣做
: >我猜您應該是研究生  要有求知的精神不要人云亦云
: 那我猜您應該是沒進過實驗室的大學生,如果你是德高望重的學者,
: 請詳細說明為什麼用酒精或醇類來沈澱DNA可以不加鹽,
: 順便讓大家增長一下見聞,不要只會要求人家[要有求知的精神不要人云亦云].


> -------------------------------------------------------------------------- <

發信人: "Kanbo Lee" <[e-mail]>, 看板: Biology
標  題: Re: 請問酒精沉澱DNA
發信站: SooChow University 東吳大學 (Sat Jul 22 14:52:51 2000)
轉信站: Ptt!bbs.ee.ntu!news.ntu!ctu-gate!news.nctu!news!news.scu!not-for-mail

謝謝指正


"quitting" <[e-mail]> 撰寫於郵件
news:3bUfj2$[e-mail]...
>
>
>
> 基本上哩
> 要討論這個問題
> 如果要看書
> 請看Molecular cloning的E.10
> "precipitation with ethanol or isopropanol"
>
> 1.27只是mini prep步驟的
> 要沈澱純化DNA的時機不是只有在做mini prep
>
> --
> ※ Origin: 楓城杏話 <bbs.mc.ntu.edu.tw> 
> ◆ From: 140.112.96.18



> -------------------------------------------------------------------------- <

發信人: [e-mail] (quitting), 看板: Biology
標  題: Re: 請問酒精沉澱DNA
發信站: 台大醫學院◎楓城杏話◎ (Sat Jul 22 14:54:15 2000)
轉信站: Ptt!bbs.ee.ntu!news.ntu!news.mc.ntu!Maple


DNA帶負電
加鹽類提供帶正電離子 幫助沈澱




> -------------------------------------------------------------------------- <

發信人: "Kanbo Lee" <[e-mail]>, 看板: Biology
標  題: Re: 請問酒精沉澱DNA
發信站: SooChow University 東吳大學 (Sat Jul 22 15:16:54 2000)
轉信站: Ptt!bbs.ee.ntu!news.ntu!spring!news!news.scu!not-for-mail

你這樣譏諷人的態度不對吧？ 有失風度喔！

我並沒有說無法接受沈澱DNA要加鹽的事，
只是說加鹽非必要，除非DNA產量（或說含量）低的時候才要加鹽沈澱

萃取DNA當然不只一種，但是principle 應該是相同的吧？（如果我說錯了請指正我）

只要能讓水的活性 (water activity) 降低的東西，如醇類，基本上都可以沈澱DNA
加鹽是為了讓沈澱的效率更好？？ （有沒有錯，有錯請告訴我）


"Prove it!" <[e-mail]> 撰寫於郵件
news:3bUORN$[e-mail]...
> ※ 引述《[e-mail] (Kanbo Lee)》之銘言：
> > 讓我們搞清楚一件事，我們在說的是 Sol. III 之後，
> > chloroform/IAA or phenol 粹取之後的酒精沈澱嗎？
> > 如果是，我做了四年的DNA粹取，
> > 從沒有絕對酒精加sodium acetate才能沈澱的道理
> > 我全是用絕對酒精就沈澱下來了
> > 為什麼沒有人肯試一試ㄋ？
>
>   哦??是嗎??DNA沉澱的步驟只會出現在 Sol.III之後嗎??
>
>   嘖嘖!!原來是這樣
>   原來你做了四年的實驗
>   只會用Sol.I II III 純化DNA
>   難怪你不知道在其他的實驗也有可能會做到DNA沉澱純化
>   也難怪你覺得做DNA沉澱要加salt是件讓你不可接受的事
>   真是難為你了..嘖嘖!!
> --
> ※ Origin: 楓橋驛站<bbs.cs.nthu.edu.tw> ◆ From: dialup79.sinica.edu.tw



> -------------------------------------------------------------------------- <

作者: BlueApex (光在風中搖曳..) 看板: Biology
標題: Re: 請問酒精沉澱DNA
時間: Sat Jul 22 16:11:04 2000

※ 引述《hgp (Day After Tomorrow)》之銘言：
: 酒精對水的溶解度大於DNA對水的溶解度
: 所以酒精與DNA搶水的結果便會將DNA析出
: 能否有人也約略說一下加鹽的原理為何
: 不要只丟出個鹽析兩個字就沒了

各位好..
就我所知..加鹽類目的是中和DNA上的電荷,
這樣在凝集的過程中DNA較不會互相排斥而減低凝集的效果..而加肝醣或是
linear acrylamide是借助他們的結構幫助沉澱...
^^^^^^^^^^^^^^^^^--->這一定有拼錯,因為我手上沒資料.憑印象寫的.
而如果說都不加只加酒精或異丙醇,會不會沉澱呢?
當然會,只是效率好不好的問題...


如果我說錯的話,煩請各位先進指正喔..謝謝各位~~


: 別吵了半天還是沒觸及問題的核心
: ※ 引述《"RM414" <[e-mail]>, 看板: Biology》之銘言：
: : Lionel 撰寫於文章 <8l8hvi$pmm$[e-mail]>...
: : 那我猜您應該是沒進過實驗室的大學生,如果你是德高望重的學者,
: : 請詳細說明為什麼用酒精或醇類來沈澱DNA可以不加鹽,
: : 順便讓大家增長一下見聞,不要只會要求人家[要有求知的精神不要人云亦云].


> -------------------------------------------------------------------------- <

發信人: [e-mail] (AlfaFan), 看板: Biology
標  題: Re: 請問酒精沉澱DNA
發信站: 中山醫學院BBS站 (Sun Jul 23 22:15:07 2000)
轉信站: Ptt!bbs.ee.ntu!freebsd.ntu!wd-news!news.ntust!ctu-gate!news.nctu!newsf

【 在 u4304051. 的大作中提到: 】
: 讓我們搞清楚一件事，我們在說的是 Sol. III 之後，
: chloroform/IAA or phenol 粹取之後的酒精沈澱嗎？
: 如果是，我做了四年的DNA粹取，
: 從沒有絕對酒精加sodium acetate才能沈澱的道理
: 我全是用絕對酒精就沈澱下來了
  我們沒有說一定要用sodium acetate. 重點是你知道在mini prep中, sol'n III
  之後, 試管中的[Na+]有多少, 你算過沒有?
: 為什麼沒有人肯試一試ㄋ？
  為什麼我們請你想一想而你都不想呢?
  拜託! 最早提出的問題只是很單純的問說為什麼沉澱DNA要加鹽?
  而你的回答也很簡單的強調不要加鹽只要加酒精. 這樣講當然不對.
  如果你當初說在Sol. III之後不額外加鹽類, 可直接加酒精沉澱.
  我想沒有人會反對你的說法!
  我之前也post說請你check一下你的buffer中到底有多少鹽濃度,
  可是你一直避不回答.
  我們強調沉澱DNA要有鹽類不見得是一定要加Sodium Acetate, 有人用Kalium acetate
  也有人用ammonium acetate, 甚至DNA在restriction enzyme切完後, 如果buffer中的
  magnisium ion濃度夠, 都可以加酒精來沉澱. 所以我們指的鹽不是限定在
  sodium acetate.
  有些狀況是, 比方講, DNA在TE beffer中, 你要沉澱它就非得補鹽類, 而最常用的
  就是sodium acetate. 所以請你不要模糊問題交點!

> -------------------------------------------------------------------------- <

發信人: [e-mail] (AlfaFan), 看板: Biology
標  題: Re: 請問酒精沉澱DNA
發信站: 中山醫學院BBS站 (Sun Jul 23 22:20:04 2000)
轉信站: Ptt!bbs.ee.ntu!freebsd.ntu!netnews.csie.nctu!news.ee.nthu!news.cis.nct

【 在 u4304051. 的大作中提到: 】
: 他之前不是問說為什麼在酒精沈澱的時候為什麼要加鹽嗎？
: 所以我說在那個步驟時不用再加Sodium Acetate，有錯嗎？
  人家有問是在做mini preperation時的沉澱嗎?
: 另外一件事
: Alkaline Lyses Protocol 中的Solution當然有鹽類，不然又如何能稱做bufferㄋ？
: 只是我們所針對的焦點不同
: 我只是針對於最後酒精沈澱的時候需不需要加鹽來敘述的
  人家的問題是廣泛性的問說為何沉澱DNA要加鹽? 你的答案是眾多狀況中的一種.
  你沒特別指出來, 無怪乎大家要誤解.

> -------------------------------------------------------------------------- <

發信人: [e-mail] (AlfaFan), 看板: Biology
標  題: Re: 請問酒精沉澱DNA
發信站: 中山醫學院BBS站 (Sun Jul 23 22:25:41 2000)
轉信站: Ptt!bbs.ee.ntu!freebsd.ntu!netnews.csie.nctu!news.ee.nthu!news.cis.nct

【 在 u4304051. 的大作中提到: 】
: 你說的DNA濃度很高是指多少的量才算？
  這個不是絕對的量, 通常genomic DNA的沉澱比plasmid DNA容易, 分子量的問題.
: 另外一點，你用的是99.9%的酒精嗎？
  這點你需要懷疑嗎?
: 有沒有prechilled?
  有沒有prechilled不重要. 早期的protocol都說要冰的酒精, 事實上不必.
  反正你加下去之後一樣要冰.

> -------------------------------------------------------------------------- <

發信人: [e-mail] (AlfaFan), 看板: Biology
標  題: Re: 請問酒精沉澱DNA
發信站: 中山醫學院BBS站 (Sun Jul 23 22:34:28 2000)
轉信站: Ptt!bbs.ee.ntu!freebsd.ntu!netnews.csie.nctu!news.ee.nthu!news.cis.nct

【 在 u4304051. 的大作中提到: 】
: "AlfaFan" <[e-mail]> 撰寫於郵件
: news:3bTADh$[e-mail]...
: cloning
: 我剛剛看過molecular cloning 的protocol
: 沈澱DNA用的是兩倍體積的絕對酒精，不加鹽
  告訴你為什麼加兩倍體積的絕對酒精:
  理想狀態是加三倍酒精 ---> 通常辦不到是因為eppendorf tube只有1.5 ml, 裝不下
  這麼多酒精. 退而求其次加2.5倍酒精.  底限是兩倍酒精 ---> 此時酒精的終濃度
  只剩66%, 再低下去就無法沉澱了.
  你最後一句話豆點之後的 "不加鹽" 有問題,
  因為此時buffer中的鹽夠多了.  所以請你再一次仔細思考, 不要對protocol
  斷章取義!  

> -------------------------------------------------------------------------- <

發信人: [e-mail] (AlfaFan), 看板: Biology
標  題: Re: 請問酒精沉澱DNA
發信站: 中山醫學院BBS站 (Sun Jul 23 22:39:22 2000)
轉信站: Ptt!bbs.ee.ntu!freebsd.ntu!netnews.csie.nctu!news.ee.nthu!news.cis.nct

【 在 u4304051. 的大作中提到: 】
: 讓我們搞清楚一件事，我們在說的是 Sol. III 之後，
: chloroform/IAA or phenol 粹取之後的酒精沈澱嗎？
: 如果是，我做了四年的DNA粹取，
  即使大學部的學生做了四年的DNA粹取, 也不會只懂一個
  mini prep吧! 更不會搞不清楚沉澱DNA的條件吧!
  做幾年的DNA粹取不是重點, 重點是邏輯搞懂沒? (包括實驗和問題的思考與回答!!)

> -------------------------------------------------------------------------- <

發信人: "Kanbo Lee" <[e-mail]>, 看板: Biology
標  題: Re: 請問酒精沉澱DNA
發信站: SooChow University 東吳大學 (Mon Jul 24 12:11:31 2000)
轉信站: Ptt!bbs.ee.ntu!news.ntu!spring!news!news.scu!not-for-mail

OK, OK !  我瞭解你的意思了，別生氣。

我沒有在回答的時候點明是mini prep是我的錯，我只是直覺想到而已。 別激動
我沒有回答你要我check的鹽濃度是因為我覺得重點不在那，我也知道在之前的buffer
中有不少的鹽類
 只是直覺想到是mini prep或是一般的萃取chromsomal DNA，所以我就說不需要加鹽

也許您跟prove it!老兄提供了我一個新的思考方向
謝謝你們兩個


"AlfaFan" <[e-mail]> 撰寫於郵件
news:3bW0E5$[e-mail]...
> 【 在 u4304051. 的大作中提到: 】
> : 讓我們搞清楚一件事，我們在說的是 Sol. III 之後，
> : chloroform/IAA or phenol 粹取之後的酒精沈澱嗎？
> : 如果是，我做了四年的DNA粹取，
>   即使大學部的學生做了四年的DNA粹取, 也不會只懂一個
>   mini prep吧! 更不會搞不清楚沉澱DNA的條件吧!
>   做幾年的DNA粹取不是重點, 重點是邏輯搞懂沒? (包括實驗和問題的思考與回答
!!)
> --
>   Sooner or Later, I WILL BE BACK.
>   Maveric
>
> ※ 來源:‧中山醫學院BBS -- 絮情小站 bbs.csmc.edu.tw‧[FROM:
isdn-c149.csmc.]



> -------------------------------------------------------------------------- <

發信人: [e-mail] (微醺之後), 看板: Biology
標  題: Re: 請問酒精沉澱DNA
發信站: 清華資訊(楓橋驛站) (Mon Jul 24 15:40:02 2000)
轉信站: Ptt!bbs.ee.ntu!freebsd.ntu!news.cs.nthu!maple

   其實這樣的討論挺不錯的
   至少讓我這個沒做這方面的人,對DNA沈澱有深刻的認識
   真理總是愈辨愈明:P
※ 引述《[e-mail] (Kanbo Lee)》之銘言：
> OK, OK !  我瞭解你的意思了，別生氣。
> 我沒有在回答的時候點明是mini prep是我的錯，我只是直覺想到而已。 別激動
> 我沒有回答你要我check的鹽濃度是因為我覺得重點不在那，我也知道在之前的buffer
> 中有不少的鹽類
>  只是直覺想到是mini prep或是一般的萃取chromsomal DNA，所以我就說不需要加鹽
> 也許您跟prove it!老兄提供了我一個新的思考方向
> 謝謝你們兩個
> "AlfaFan" <[e-mail]> 撰寫於郵件
> news:3bW0E5$[e-mail]...
> > 【 在 u4304051. 的大作中提到: 】
> >   即使大學部的學生做了四年的DNA粹取, 也不會只懂一個
> >   mini prep吧! 更不會搞不清楚沉澱DNA的條件吧!
> >   做幾年的DNA粹取不是重點, 重點是邏輯搞懂沒? (包括實驗和問題的思考與回答
> !!)
> > --
> >   Sooner or Later, I WILL BE BACK.
> >   Maveric
> > ※ 來源:‧中山醫學院BBS -- 絮情小站 bbs.csmc.edu.tw‧[FROM:
> isdn-c149.csmc.]

> -------------------------------------------------------------------------- <

發信人: [e-mail] (Brahms), 看板: Biology
標  題: Re: 請問酒精沉澱DNA
發信站: 台大計中椰林風情站 (Mon Jul 24 17:53:56 2000)
轉信站: Ptt!bbs.ee.ntu!Palmarama

沉澱DNA不加鹽?!
有趣的問題
具我多年的經驗, 不加鹽除非是濃度極高的DNA sample
否則是行不通的
我想你們所指的不知是否是指抽plasmid dna不加鹽??
別忘了! sol III就是一個高鹽的buffer
當然不用再加鹽囉!
一點拙見, 請指教!@

> -------------------------------------------------------------------------- <

發信人: "Lionel" <[e-mail]>, 看板: Biology
標  題: Re: 請問酒精沉澱DNA
發信站: SooChow University 東吳大學 (Tue Jul 25 01:13:36 2000)
轉信站: Ptt!bbs.ee.ntu!freebsd.ntu!ctu-peer!ctu-gate!news.nctu!news!news.scu!n

要將一個未飽和的溶液中的溶質沈澱下來
不才我目前所學到的方法裡
最簡單原理就是把它從未飽和變成過飽和
如何作？  降低水活性（Aw）是一種方法  也是較為常見的方法
只要能夠使水活性降低  相對於原溶液
就可以使得本來溶解在其中的溶質沈澱下來
降低水活性的手段很多  例如說降低溫度、加入酒精等
這樣所造成的結果就可以使得溶在其中溶質變成過飽和
而過飽和的常見情形就是沈澱
（當然也有過飽和不沈澱的情況 ：P）

各位先知所說的加入鹽類來沈澱DNA
（我本來都是不加鹽的）
我剛剛就照著各位的說法  將溶在TE buffer 和超純水中的DNA
（pBR322 & E.coli DNA）
用不同的步驟回收（加鹽的酒精和不加鹽的）
兩者的回收率以Pharmacia GeneQuant II測得的數據作比較
兩者的相差不到5％（原來的DNA濃度調整到100ng/ml）
希望對各位的爭議有所幫助

而至於有先知提到加鹽可以提供正價給DNA使得DNA不帶電而沈澱
我個人有一個小疑問  希望大家能夠給我解答或參考的方向
鹽溶於水中  正負離子是不是同時出現？
那正離子和DNA的負電性中和  那負離子呢？電中性如何維持？



> -------------------------------------------------------------------------- <

發信人: [e-mail] (Prove it!), 看板: Biology
標  題: Re: 請問酒精沉澱DNA
發信站: 清華資訊(楓橋驛站) (Tue Jul 25 01:42:06 2000)
轉信站: Ptt!bbs.ee.ntu!freebsd.ntu!news.cs.nthu!maple


  可以偷偷問一下嗎?
  你一開始的DNA量是多少?
  溶在多少體積裡?
  回收率有多少?

  要不要試著 溶在水or TE之後 去dialysis
  再回收看看?

> -------------------------------------------------------------------------- <

發信人: "Lionel" <[e-mail]>, 看板: Biology
標  題: Re: 請問酒精沉澱DNA
發信站: SooChow University 東吳大學 (Tue Jul 25 03:20:55 2000)
轉信站: Ptt!bbs.ee.ntu!freebsd.ntu!ctu-peer!news.nctu!spring!news!news.scu!not


"Prove it!" <[e-mail]> 撰寫於郵件
news:3bWgVU$[e-mail]...
>
>   可以偷偷問一下嗎?
>   你一開始的DNA量是多少?
>   溶在多少體積裡?
開始的體積是20μl  濃度是100ng/ml  溶在TE和超純水之中（分開不同實驗組）
還是您覺得100ng/ml濃度還是太高？
我是從加入兩倍、四倍、十倍、二十倍不同量的酒精量來回收啦....
之後將沈澱溶在20μl超純水中以50倍稀釋倍率
測量後所得到的數據加以平均
>   回收率有多少?
含鹽的酒精回收率為75％  不含鹽的（純酒精）70％
（所用的鹽是Sodium Acetate）
若計算入本人爛爛的實驗技術  我相信差別應當不大 ：P
TE與超純水的回收結果差異不大
>
>   要不要試著 溶在水or TE之後 去dialysis
>   再回收看看?
已經這樣做了呀.....

我這樣做並沒有質疑大家的意思啦....
只是覺得說了這麼多  最能夠說服別人的  就是作實驗吧？
每個人都有一套作實驗的方法  能夠回收足量DNA的方法就是好方法
每個人作實驗也都有他的考量  合乎需要的  就是好方法
不過  剛剛開始作實驗時  還是乖乖的跟著學長姊的步驟
瞭解為什麼
我覺得這就是一種研究的態度  ：P

之前的不當言論如有得罪各位  希望大家海涵
（都被人家說是沒進過實驗室的大學生了
就當我是毛頭小伙子吧！  大人不計小人過：P）



> -------------------------------------------------------------------------- <

發信人: [e-mail] (AlfaFan), 看板: Biology
標  題: Re: 請問酒精沉澱DNA
發信站: 中山醫學院BBS站 (Tue Jul 25 09:29:19 2000)
轉信站: Ptt!bbs.ee.ntu!freebsd.ntu!news.cs.nthu!news.cis.nctu!csmcbbs

  lysosome兄果然厲害, 問到重點了!
: 開始的體積是20μl  濃度是100ng/ml  溶在TE和超純水之中（分開不同實驗組）
: 還是您覺得100ng/ml濃度還是太高？
  以你的實驗看來, 你的DNA全部也只有 20pg (pico gram), 這麼低量的DNA要沉澱
  如果不加carrier (如tRNA)是很困難的 (我認為是根本不可能).
: 我是從加入兩倍、四倍、十倍、二十倍不同量的酒精量來回收啦....
  你要模擬平時實驗狀況的話就加2~3倍體積就好了.
: 之後將沈澱溶在20μl超純水中以50倍稀釋倍率
: 測量後所得到的數據加以平均
  你是測OD吧? 那你測得的讀數呢?
  這樣問吧: OD260 = 1, 表示DNA濃度為50 ug/ml
  你最後的回收率有75%來算, 你測OD時的濃度為 15pg/ml
  此時機器的讀數應為0.0000003
  不知道你用的是那牌的Spectrophotometer能有這麼高的精確值?
  再不然就是你一開始把DNA濃度搞錯了!
: 含鹽的酒精回收率為75％  不含鹽的（純酒精）70％
: （所用的鹽是Sodium Acetate）
: 若計算入本人爛爛的實驗技術  我相信差別應當不大 ：P
: TE與超純水的回收結果差異不大
  我看差別很大,因你的實驗本身有許多不合理的地方.
: 已經這樣做了呀.....
: 我這樣做並沒有質疑大家的意思啦....
: 只是覺得說了這麼多  最能夠說服別人的  就是作實驗吧？
: 每個人都有一套作實驗的方法  能夠回收足量DNA的方法就是好方法
: 每個人作實驗也都有他的考量  合乎需要的  就是好方法
: 不過  剛剛開始作實驗時  還是乖乖的跟著學長姊的步驟
: 瞭解為什麼
: 我覺得這就是一種研究的態度  ：P
: 之前的不當言論如有得罪各位  希望大家海涵
: （都被人家說是沒進過實驗室的大學生了
: 就當我是毛頭小伙子吧！  大人不計小人過：P）

> -------------------------------------------------------------------------- <

發信人: "Kanbo Lee" <[e-mail]>, 看板: Biology
標  題: Re: 請問酒精沉澱DNA
發信站: SooChow University 東吳大學 (Tue Jul 25 10:53:44 2000)
轉信站: Ptt!bbs.ee.ntu!news.ntu!spring!news!news.scu!not-for-mail

對不起，插個話

他用的是專門用來測DNA,RNA及微量蛋白質的機器，不是一般用的UV-1201
我是不知道他的精確值到那

他剛剛有post過，是  Pharmacia GeneQuant II
相信機器的資料可以查的到

"AlfaFan" <[e-mail]> 撰寫於郵件
news:3bX6BU$[e-mail]...
>   lysosome兄果然厲害, 問到重點了!
> : 開始的體積是20μl  濃度是100ng/ml  溶在TE和超純水之中（分開不同實驗組）
> : 還是您覺得100ng/ml濃度還是太高？
>   以你的實驗看來, 你的DNA全部也只有 20pg (pico gram), 這麼低量的DNA要沉澱
>   如果不加carrier (如tRNA)是很困難的 (我認為是根本不可能).
> : 我是從加入兩倍、四倍、十倍、二十倍不同量的酒精量來回收啦....
>   你要模擬平時實驗狀況的話就加2~3倍體積就好了.
> : 之後將沈澱溶在20μl超純水中以50倍稀釋倍率
> : 測量後所得到的數據加以平均
>   你是測OD吧? 那你測得的讀數呢?
>   這樣問吧: OD260 = 1, 表示DNA濃度為50 ug/ml
>   你最後的回收率有75%來算, 你測OD時的濃度為 15pg/ml
>   此時機器的讀數應為0.0000003
>   不知道你用的是那牌的Spectrophotometer能有這麼高的精確值?
>   再不然就是你一開始把DNA濃度搞錯了!
> : 含鹽的酒精回收率為75％  不含鹽的（純酒精）70％
> : （所用的鹽是Sodium Acetate）
> : 若計算入本人爛爛的實驗技術  我相信差別應當不大 ：P
> : TE與超純水的回收結果差異不大
>   我看差別很大,因你的實驗本身有許多不合理的地方.
> : 已經這樣做了呀.....
> : 我這樣做並沒有質疑大家的意思啦....
> : 只是覺得說了這麼多  最能夠說服別人的  就是作實驗吧？
> : 每個人都有一套作實驗的方法  能夠回收足量DNA的方法就是好方法
> : 每個人作實驗也都有他的考量  合乎需要的  就是好方法
> : 不過  剛剛開始作實驗時  還是乖乖的跟著學長姊的步驟
> : 瞭解為什麼
> : 我覺得這就是一種研究的態度  ：P
> : 之前的不當言論如有得罪各位  希望大家海涵
> : （都被人家說是沒進過實驗室的大學生了
> : 就當我是毛頭小伙子吧！  大人不計小人過：P）
> --
>   Sooner or Later, I WILL BE BACK.
>   Maveric
>
> ※ 來源:‧中山醫學院BBS -- 絮情小站 bbs.csmc.edu.tw‧[FROM:
dorm1-d83.csmc.]



> -------------------------------------------------------------------------- <

發信人: "Lionel" <[e-mail]>, 看板: Biology
標  題: Re: 請問酒精沉澱DNA
發信站: SooChow University 東吳大學 (Tue Jul 25 11:39:15 2000)
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"AlfaFan" <[e-mail]> 撰寫於郵件
news:3bX6BU$[e-mail]...
>   lysosome兄果然厲害, 問到重點了!
> : 開始的體積是20μl  濃度是100ng/ml  溶在TE和超純水之中（分開不同實驗組）
> : 還是您覺得100ng/ml濃度還是太高？
>   以你的實驗看來, 你的DNA全部也只有 20pg (pico gram), 這麼低量的DNA要沉澱
>   如果不加carrier (如tRNA)是很困難的 (我認為是根本不可能).
對不起大家...昨天作實驗到昏頭  濃度弄錯了
濃度是100ng/μl （0.1μg/μl )

馬上就被罵了 ：P  lysosome兄果然厲害  馬上發現不對勁

> : 我是從加入兩倍、四倍、十倍、二十倍不同量的酒精量來回收啦....
>   你要模擬平時實驗狀況的話就加2~3倍體積就好了.
> : 之後將沈澱溶在20μl超純水中以50倍稀釋倍率
> : 測量後所得到的數據加以平均
>   你是測OD吧? 那你測得的讀數呢?
喔....不好意思  那台機器可以直接計算濃度
所以我不用去作換算（我是個懶小孩）

>   這樣問吧: OD260 = 1, 表示DNA濃度為50 ug/ml
>   你最後的回收率有75%來算, 你測OD時的濃度為 15pg/ml
>   此時機器的讀數應為0.0000003
>   不知道你用的是那牌的Spectrophotometer能有這麼高的精確值?
>   再不然就是你一開始把DNA濃度搞錯了!
> : 含鹽的酒精回收率為75％  不含鹽的（純酒精）70％
> : （所用的鹽是Sodium Acetate）
> : 若計算入本人爛爛的實驗技術  我相信差別應當不大 ：P
> : TE與超純水的回收結果差異不大
>   我看差別很大,因你的實驗本身有許多不合理的地方.
那很冒昧的請教一下  實驗裡有哪裡不合理？
我滿想知道的  這樣我這毛頭小子才能夠進步  ：）



> -------------------------------------------------------------------------- <

發信人: [e-mail] (AlfaFan), 看板: Biology
標  題: Re: 請問酒精沉澱DNA
發信站: 中山醫學院BBS站 (Tue Jul 25 13:18:21 2000)
轉信站: Ptt!bbs.ee.ntu!freebsd.ntu!netnews.csie.nctu!news.ee.nthu!news.cis.nct

【 在 lionellu. 的大作中提到: 】
: "AlfaFan" <[e-mail]> 撰寫於郵件
: news:3bX6BU$[e-mail]...
: 對不起大家...昨天作實驗到昏頭  濃度弄錯了
: 濃度是100ng/μl （0.1μg/μl )
: 馬上就被罵了 ：P  lysosome兄果然厲害  馬上發現不對勁
: 喔....不好意思  那台機器可以直接計算濃度
: 所以我不用去作換算（我是個懶小孩）
: 那很冒昧的請教一下  實驗裡有哪裡不合理？
: 我滿想知道的  這樣我這毛頭小子才能夠進步  ：）
  不好意思, 我說的不合理就是DNA濃度有問題.
  依我根據你之前post的文章中的濃度計算, Spectrophotometer
  是讀不到東西的.
  現在我知道是你濃度搞錯了, 就沒問題了!

> -------------------------------------------------------------------------- <

發信人: [e-mail] (Prove it!), 看板: Biology
標  題: Re: 請問酒精沉澱DNA
發信站: 清華資訊(楓橋驛站) (Wed Jul 26 02:00:52 2000)
轉信站: Ptt!bbs.ee.ntu!freebsd.ntu!news.cs.nthu!maple

> >   可以偷偷問一下嗎?
> >   你一開始的DNA量是多少?
> >   溶在多少體積裡?
> 開始的體積是20μl  濃度是100ng/ml  溶在TE和超純水之中（分開不同實驗組）
> 還是您覺得100ng/ml濃度還是太高？
> 我是從加入兩倍、四倍、十倍、二十倍不同量酒精量來回收啦....
> 之後將沈澱溶在20μl超純水中以50倍稀釋倍率
> 測量後所得到的數據加以平均
> >   回收率有多少?
> 含鹽的酒精回收率為75％  不含鹽的（純酒精）70％
> （所用的鹽是Sodium Acetate）
> 若計算入本人爛爛的實驗技術  我相信差別應當不大 ：P
> TE與超純水的回收結果差異不大

      有幾點你沒說清楚
   一開始的量是 20μl 濃度 100g/l?
   溶在多少的TE or 水中??
   加酒精前的體積是多少?


> >   要不要試著 溶在水or TE之後 去dialysis
> >   再回收看看?
> 已經這樣做了呀.....

    用水or TE 做dialysis?
    在加酒精前你有做這步驟?
    因為我要確定你沒加salt那組是真的沒有salt

   沒懷疑的意思 只是純討論

> -------------------------------------------------------------------------- <

發信人: [e-mail] (AlfaFan), 看板: Biology
標  題: Re: 請問酒精沉澱DNA
發信站: 中山醫學院BBS站 (Wed Jul 26 10:27:49 2000)
轉信站: Ptt!bbs.ee.ntu!freebsd.ntu!news.cs.nthu!news.cis.nctu!csmcbbs

【 在 [e-mail] (Prove it!) 的大作中提到: 】
: 標  題: Re: 請問酒精沉澱DNA
: 發信站: 清華資訊(楓橋驛站) (Wed Jul 26 02:00:52 2000)
: 轉信站: csmcbbs!news.cis.nctu!freebsd.ntu!news.cs.nthu!maple
: 
: > >   可以偷偷問一下嗎?
: > >   你一開始的DNA量是多少?
: > >   溶在多少體積裡?
: > 開始的體積是20μl  濃度是100ng/ml  溶在TE和超純水之中（分開不同實驗組）
: > 還是您覺得100ng/ml濃度還是太高？
: > 我是從加入兩倍、四倍、十倍、二十倍不同量酒精量來回收啦....
: > 之後將沈澱溶在20μl超純水中以50倍稀釋倍率
: > 測量後所得到的數據加以平均
: > >   回收率有多少?
: > 含鹽的酒精回收率為75％  不含鹽的（純酒精）70％
: > （所用的鹽是Sodium Acetate）
: > 若計算入本人爛爛的實驗技術  我相信差別應當不大 ：P
: > TE與超純水的回收結果差異不大
: 
:       有幾點你沒說清楚
:    一開始的量是 20μl 濃度 100g/l?
                             ^^^^^^^是 100 ng/ml :)
:    溶在多少的TE or 水中??
:    加酒精前的體積是多少? 

  我想他的意思就是加酒精前的體積. 不過他沒說加鹽的組之體積是否完全一致.

: > >   要不要試著 溶在水or TE之後 去dialysis
: > >   再回收看看?
: > 已經這樣做了呀.....
: 
:     用水or TE 做dialysis?
:     在加酒精前你有做這步驟?
:     因為我要確定你沒加salt那組是真的沒有salt
  要確定沒salt就要用水來dialysis, 畢竟TE也含2 mM Na+.

> -------------------------------------------------------------------------- <

發信人: "Lionel" <[e-mail]>, 看板: Biology
標  題: Re: 請問酒精沉澱DNA
發信站: SooChow University 東吳大學 (Wed Jul 26 11:22:18 2000)
轉信站: Ptt!bbs.ee.ntu!news.ntu!spring!news!news.scu!not-for-mail

"Prove it!" <[e-mail]> 撰寫於郵件
news:3bXWV4$[e-mail]...
> > >   可以偷偷問一下嗎?
> > >   你一開始的DNA量是多少?
> > >   溶在多少體積裡?
> > 開始的體積是20μl  濃度是100ng/ml  溶在TE和超純水之中（分開不同實驗組）
> > 還是您覺得100ng/ml濃度還是太高？
> > 我是從加入兩倍、四倍、十倍、二十倍不同量酒精量來回收啦....
> > 之後將沈澱溶在20μl超純水中以50倍稀釋倍率
> > 測量後所得到的數據加以平均
> > >   回收率有多少?
> > 含鹽的酒精回收率為75％  不含鹽的（純酒精）70％
> > （所用的鹽是Sodium Acetate）
> > 若計算入本人爛爛的實驗技術  我相信差別應當不大 ：P
> > TE與超純水的回收結果差異不大
>
>       有幾點你沒說清楚
>    一開始的量是 20μl 濃度 100g/l?
>    溶在多少的TE or 水中??
>    加酒精前的體積是多少?
Sample濃度是100ng/μl （0.1μg/μl )
Sample未加酒精前體積都是20μl
TE和超純水相同
> > >   要不要試著 溶在水or TE之後 去dialysis
> > >   再回收看看?
> > 已經這樣做了呀.....
>     用水or TE 做dialysis?
>     在加酒精前你有做這步驟?
>     因為我要確定你沒加salt那組是真的沒有salt
所以我用超純水作對照組
我的DNA除了要長期保存之外通常都溶在超純水中
同樣的sample我通常兩種都有
>    沒懷疑的意思 只是純討論
沒關係  我只是做做看證明可行
要是有疑問  大家再討論




> -------------------------------------------------------------------------- <

發信人: [e-mail] (), 看板: Biology
標  題: Re: 請問酒精沉澱DNA
發信站: 台大計中椰林風情站 (Thu Jul 27 08:54:08 2000)
轉信站: Ptt!bbs.ee.ntu!Palmarama

==> [e-mail] (Lionel) 提到:
> 開始的體積是20μl  濃度是100ng/ml  溶在TE和超純水之中（分開不同實驗組）
> 還是您覺得100ng/ml濃度還是太高？
> 我是從加入兩倍、四倍、十倍、二十倍不同量的酒精量來回收啦....

我有點好奇﹐兩倍、四倍、十倍、二十倍不同量的酒精各回收了多少percent
的DNA?
> 之後將沈澱溶在20μl超純水中以50倍稀釋倍率
> 測量後所得到的數據加以平均
> 含鹽的酒精回收率為75％  不含鹽的（純酒精）70％
> （所用的鹽是Sodium Acetate）
> 若計算入本人爛爛的實驗技術  我相信差別應當不大 ：P

> -------------------------------------------------------------------------- <

發信人: [e-mail] (北非諜影), 看板: Biology
標  題: Re: 請問酒精沉澱DNA
發信站: 交大資科_BBS (Fri Jul 28 12:56:10 2000)
轉信站: Ptt!bbs.ee.ntu!freebsd.ntu!netnews.csie.nctu!news.cs.nthu!news.cis.nct

==> 在 [e-mail] (Day After Tomorr 的文章中提到:
> 酒精對水的溶解度大於DNA對水的溶解度
> 所以酒精與DNA搶水的結果便會將DNA析出
> 能否有人也約略說一下加鹽的原理為何
> 不要只丟出個鹽析兩個字就沒了

Salt是要中和DNA backbone的negative charge,

使得DNA molecule可以互相靠近而形成ppt.


> -------------------------------------------------------------------------- <

發信人: [e-mail] (RedBrain), 看板: Biology
標  題: Re: 請問酒精沉澱DNA
發信站: 台大計中椰林風情站 (Sat Jul 29 11:07:32 2000)
轉信站: Ptt!bbs.ee.ntu!Palmarama


形成ppt是什麼?

然後有何用處

什麼是PCR

==> [e-mail] (北非諜影) 提到:
> ==> 在 [e-mail] (Day After Tomorr 的文章中提到:
> > 酒精對水的溶解度大於DNA對水的溶解度
> > 所以酒精與DNA搶水的結果便會將DNA析出
> > 能否有人也約略說一下加鹽的原理為何
> > 不要只丟出個鹽析兩個字就沒了
> Salt是要中和DNA backbone的negative charge,
> 使得DNA molecule可以互相靠近而形成ppt.

> -------------------------------------------------------------------------- <

發信人: [e-mail] (沒有星海的日子), 看板: Biology
標  題: Re: 請問酒精沉澱DNA
發信站: 台大計中椰林風情站 (Sun Jul 30 01:40:34 2000)
轉信站: Ptt!news.ntu!bbs.ee.ntu!Palmarama

==> RedBrain (RedBrain) 提到:
> 形成ppt是什麼?
> 然後有何用處
> 什麼是PCR
> ==> [e-mail] (北非諜影) 提到:
> > Salt是要中和DNA backbone的negative charge,
> > 使得DNA molecule可以互相靠近而形成ppt.
可是我怎麼作出一大團紅紅的果凍??