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標 題: 請問有人使用質譜儀測蛋白質序列的嗎？
發信站: 夢之大地 (Wed Aug 30 23:54:25 2000)
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如題…
請問有人使用質譜儀測蛋白質序列的嗎？
我想請問的是質譜儀要求的蛋白質純度問題，
需要多純才會被質譜儀接受呢？
--
※ Origin: 夢之大地 逼逼ㄟ四 <bbs.ccns.ncku.edu.tw>
◆ From: 140.116.25.222
> -------------------------------------------------------------------------- <
發信人: warmlight.bbs@bbs.ntu.edu.tw (VIER LETZTE LIEDER), 看板: Biology
標 題: Re: 請問有人使用質譜儀測蛋白質序列的嗎？
發信站: 台大計中椰林風情站 (Thu Aug 31 09:37:17 2000)
轉信站: Ptt!news.ntu!bbs.ee.ntu!Palmarama
==> netsky.bbs@bbs.ccns.ncku.edu.tw (靜) 提到:
> 如題…
> 請問有人使用質譜儀測蛋白質序列的嗎？
> 我想請問的是質譜儀要求的蛋白質純度問題，
> 需要多純才會被質譜儀接受呢？
一般定protein sequence
好像不是用質譜儀耶......
還是有人在用質譜儀..(會不會太麻煩?)
> -------------------------------------------------------------------------- <
發信人: hoch.bbs@cis.nctu.edu.tw (prolactin), 看板: Biology
標 題: Re: 請問有人使用質譜儀測蛋白質序列的嗎？
發信站: 交大資科_BBS (Thu Aug 31 11:18:27 2000)
轉信站: Ptt!news.ntu!ctu-gate!news.nctu!news.cis.nctu!cis_nctu
> > 如題…
> > 請問有人使用質譜儀測蛋白質序列的嗎？
> > 我想請問的是質譜儀要求的蛋白質純度問題，
> > 需要多純才會被質譜儀接受呢？
> 一般定protein sequence
> 好像不是用質譜儀耶......
> 還是有人在用質譜儀..(會不會太麻煩?)
質譜儀可能會把 amino acid 都打成碎片了, 要測 primary sequence
也許不容易.
不過有人把 protein 的 mass spectrum 拿來當作 fingerprint, 用來
鑑定該 protein 是不是存在. 中研院原分所有人在做類似的東東.
> -------------------------------------------------------------------------- <
發信人: ypchen.bbs@bbs.cs.nthu.edu.tw (鬼 魅), 看板: Biology
標 題: Re: 請問有人使用質譜儀測蛋白質序列的嗎？
發信站: 清華資訊(楓橋驛站) (Thu Aug 31 19:49:29 2000)
轉信站: Ptt!news.ntu!freebsd.ntu!news.cs.nthu!maple
※ 引述《hoch.bbs@cis.nctu.edu.tw (prolactin)》之銘言：
> > 一般定protein sequence
> > 好像不是用質譜儀耶......
> > 還是有人在用質譜儀..(會不會太麻煩?)
> 質譜儀可能會把 amino acid 都打成碎片了, 要測 primary sequence
> 也許不容易.
> 不過有人把 protein 的 mass spectrum 拿來當作 fingerprint, 用來
> 鑑定該 protein 是不是存在. 中研院原分所有人在做類似的東東.
蛋白質複雜且不定形的結構 質譜儀可以分析的出來嗎????
沒有玩過不是很清楚......
到是我有聽說利用質譜儀去分析DNA的序列.....
應該也有相關的文獻報導了.....
> -------------------------------------------------------------------------- <
發信人: analine.bbs@bbs.ntu.edu.tw (吹sax..玩jazz), 看板: Biology
標 題: Re: 請問有人使用質譜儀測蛋白質序列的嗎？
發信站: 台大計中椰林風情站 (Fri Sep 1 01:02:31 2000)
轉信站: Ptt!news.ntu!bbs.ee.ntu!Palmarama
==> ypchen.bbs@bbs.cs.nthu.edu.tw (鬼 魅) 提到:
> ※ 引述《hoch.bbs@cis.nctu.edu.tw (prolactin)》之銘言：
> > 質譜儀可能會把 amino acid 都打成碎片了, 要測 primary sequence
> > 也許不容易.
> > 不過有人把 protein 的 mass spectrum 拿來當作 fingerprint, 用來
> > 鑑定該 protein 是不是存在. 中研院原分所有人在做類似的東東.
> 蛋白質複雜且不定形的結構 質譜儀可以分析的出來嗎????
> 沒有玩過不是很清楚......
> 到是我有聽說利用質譜儀去分析DNA的序列.....
> 應該也有相關的文獻報導了.....
可以用MS定protein sequence
不然proteome怎麼玩下去...
這要說明真的很不容易(應該說我才疏學淺啦)
簡單說....打斷peptide的peptide bond 殘留的基團有固定的分子量
(二十個amino acid 分子量不停,不過像Ile和Leu就分不出)
另外peptide前後都可能斷裂
總之....這麼複雜的排列組合
出來的data 就是交給電腦再做資料庫比對啦..
所以proteome的作法
以normal和transformed cell為例
當你用2D-gel分離出一些有趣的點
取下那一點經protease做digestion
再經LC-MS甚至LC-MS-MS
得到partial sequence 再經電腦比對
....可得知是某protein的消長 甚至post-translational modification..
這麼微量的protein
MS的powerful的地方 就是量不需要很多..
我可能說太簡潔或是沒講清楚
但是MS定protein sequence不是啥新聞啦..
甚至用MS鑑定noncovalent bond的protein interaction 都有被report
(在一些case 激發的能量並沒有破壞noncovalent band...)
有興趣的話..
中研院生化所暨台大生化科學所張文章老師在台大有開生物質譜學???的課程
and邱繼輝老師以MS定糖分子序列
and protein core facility的張為超博士負責巨分子MS的鑑定
另外分生所譚鳴輝老師也有做MS
台大化研所何國榮老師也是MS專家
有關MS在生物巨分子的應用甚至所以後基因體proteome的研究
相信他們一定樂於提供一些意見
> -------------------------------------------------------------------------- <
發信人: phyton.bbs@zoo.ee.ntu.edu.tw (坐等月圓缺), 看板: Biology
標 題: Re: 請問有人使用質譜儀測蛋白質序列的嗎？
發信站: 不良牛牧場 (Fri Sep 1 01:06:52 2000)
轉信站: Ptt!news.ntu!bbs.ee.ntu!news.ee.ntu!SimFarm
※ 引述《ypchen.bbs@bbs.cs.nthu.edu.tw (鬼 魅)》之銘言：
: ※ 引述《hoch.bbs@cis.nctu.edu.tw (prolactin)》之銘言：
: > 質譜儀可能會把 amino acid 都打成碎片了, 要測 primary sequence
: > 也許不容易.
: > 不過有人把 protein 的 mass spectrum 拿來當作 fingerprint, 用來
: > 鑑定該 protein 是不是存在. 中研院原分所有人在做類似的東東.
: 蛋白質複雜且不定形的結構 質譜儀可以分析的出來嗎????
: 沒有玩過不是很清楚......
: 到是我有聽說利用質譜儀去分析DNA的序列.....
: 應該也有相關的文獻報導了.....
可喔
上次去上了一次課
就有提到用LC/Mass定序
詳情不是很清楚
只知道這技術已經有一段時間ㄌ
> -------------------------------------------------------------------------- <
發信人: analine.bbs@bbs.ntu.edu.tw (吹sax..玩jazz), 看板: Biology
標 題: Re: 請問有人使用質譜儀測蛋白質序列的嗎？
發信站: 台大計中椰林風情站 (Fri Sep 1 01:06:51 2000)
轉信站: Ptt!news.ntu!bbs.ee.ntu!Palmarama
==> netsky.bbs@bbs.ccns.ncku.edu.tw (靜) 提到:
> 如題…
> 請問有人使用質譜儀測蛋白質序列的嗎？
> 我想請問的是質譜儀要求的蛋白質純度問題，
> 需要多純才會被質譜儀接受呢？
通常要用MS定序 會先經digestion
且並非直接用MS
而是LC-MS
所以會經由LC純化
純度問題...應該是可以克服哩
> -------------------------------------------------------------------------- <
發信人: warmlight.bbs@bbs.ntu.edu.tw (VIER LETZTE LIEDER), 看板: Biology
標 題: Re: 請問有人使用質譜儀測蛋白質序列的嗎？
發信站: 台大計中椰林風情站 (Fri Sep 1 13:06:19 2000)
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如題…
請問有人使用質譜儀測蛋白質序列的嗎？
我想請問的是質譜儀要求的蛋白質純度問題，
需要多純才會被質譜儀接受呢？
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※ Origin: 夢之大地 逼逼ㄟ四 <bbs.ccns.ncku.edu.tw>
◆ From: 140.116.25.222
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發信人: warmlight.bbs@bbs.ntu.edu.tw (VIER LETZTE LIEDER), 看板: Biology
標 題: Re: 請問有人使用質譜儀測蛋白質序列的嗎？
發信站: 台大計中椰林風情站 (Thu Aug 31 09:37:17 2000)
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==> netsky.bbs@bbs.ccns.ncku.edu.tw (靜) 提到:
> 如題…
> 請問有人使用質譜儀測蛋白質序列的嗎？
> 我想請問的是質譜儀要求的蛋白質純度問題，
> 需要多純才會被質譜儀接受呢？
一般定protein sequence
好像不是用質譜儀耶......
還是有人在用質譜儀..(會不會太麻煩?)
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發信人: hoch.bbs@cis.nctu.edu.tw (prolactin), 看板: Biology
標 題: Re: 請問有人使用質譜儀測蛋白質序列的嗎？
發信站: 交大資科_BBS (Thu Aug 31 11:18:27 2000)
轉信站: Ptt!news.ntu!ctu-gate!news.nctu!news.cis.nctu!cis_nctu
> > 如題…
> > 請問有人使用質譜儀測蛋白質序列的嗎？
> > 我想請問的是質譜儀要求的蛋白質純度問題，
> > 需要多純才會被質譜儀接受呢？
> 一般定protein sequence
> 好像不是用質譜儀耶......
> 還是有人在用質譜儀..(會不會太麻煩?)
質譜儀可能會把 amino acid 都打成碎片了, 要測 primary sequence
也許不容易.
不過有人把 protein 的 mass spectrum 拿來當作 fingerprint, 用來
鑑定該 protein 是不是存在. 中研院原分所有人在做類似的東東.
> -------------------------------------------------------------------------- <
發信人: ypchen.bbs@bbs.cs.nthu.edu.tw (鬼 魅), 看板: Biology
標 題: Re: 請問有人使用質譜儀測蛋白質序列的嗎？
發信站: 清華資訊(楓橋驛站) (Thu Aug 31 19:49:29 2000)
轉信站: Ptt!news.ntu!freebsd.ntu!news.cs.nthu!maple
※ 引述《hoch.bbs@cis.nctu.edu.tw (prolactin)》之銘言：
> > 一般定protein sequence
> > 好像不是用質譜儀耶......
> > 還是有人在用質譜儀..(會不會太麻煩?)
> 質譜儀可能會把 amino acid 都打成碎片了, 要測 primary sequence
> 也許不容易.
> 不過有人把 protein 的 mass spectrum 拿來當作 fingerprint, 用來
> 鑑定該 protein 是不是存在. 中研院原分所有人在做類似的東東.
蛋白質複雜且不定形的結構 質譜儀可以分析的出來嗎????
沒有玩過不是很清楚......
到是我有聽說利用質譜儀去分析DNA的序列.....
應該也有相關的文獻報導了.....
> -------------------------------------------------------------------------- <
發信人: analine.bbs@bbs.ntu.edu.tw (吹sax..玩jazz), 看板: Biology
標 題: Re: 請問有人使用質譜儀測蛋白質序列的嗎？
發信站: 台大計中椰林風情站 (Fri Sep 1 01:02:31 2000)
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==> ypchen.bbs@bbs.cs.nthu.edu.tw (鬼 魅) 提到:
> ※ 引述《hoch.bbs@cis.nctu.edu.tw (prolactin)》之銘言：
> > 質譜儀可能會把 amino acid 都打成碎片了, 要測 primary sequence
> > 也許不容易.
> > 不過有人把 protein 的 mass spectrum 拿來當作 fingerprint, 用來
> > 鑑定該 protein 是不是存在. 中研院原分所有人在做類似的東東.
> 蛋白質複雜且不定形的結構 質譜儀可以分析的出來嗎????
> 沒有玩過不是很清楚......
> 到是我有聽說利用質譜儀去分析DNA的序列.....
> 應該也有相關的文獻報導了.....
可以用MS定protein sequence
不然proteome怎麼玩下去...
這要說明真的很不容易(應該說我才疏學淺啦)
簡單說....打斷peptide的peptide bond 殘留的基團有固定的分子量
(二十個amino acid 分子量不停,不過像Ile和Leu就分不出)
另外peptide前後都可能斷裂
總之....這麼複雜的排列組合
出來的data 就是交給電腦再做資料庫比對啦..
所以proteome的作法
以normal和transformed cell為例
當你用2D-gel分離出一些有趣的點
取下那一點經protease做digestion
再經LC-MS甚至LC-MS-MS
得到partial sequence 再經電腦比對
....可得知是某protein的消長 甚至post-translational modification..
這麼微量的protein
MS的powerful的地方 就是量不需要很多..
我可能說太簡潔或是沒講清楚
但是MS定protein sequence不是啥新聞啦..
甚至用MS鑑定noncovalent bond的protein interaction 都有被report
(在一些case 激發的能量並沒有破壞noncovalent band...)
有興趣的話..
中研院生化所暨台大生化科學所張文章老師在台大有開生物質譜學???的課程
and邱繼輝老師以MS定糖分子序列
and protein core facility的張為超博士負責巨分子MS的鑑定
另外分生所譚鳴輝老師也有做MS
台大化研所何國榮老師也是MS專家
有關MS在生物巨分子的應用甚至所以後基因體proteome的研究
相信他們一定樂於提供一些意見
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發信人: phyton.bbs@zoo.ee.ntu.edu.tw (坐等月圓缺), 看板: Biology
標 題: Re: 請問有人使用質譜儀測蛋白質序列的嗎？
發信站: 不良牛牧場 (Fri Sep 1 01:06:52 2000)
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※ 引述《ypchen.bbs@bbs.cs.nthu.edu.tw (鬼 魅)》之銘言：
: ※ 引述《hoch.bbs@cis.nctu.edu.tw (prolactin)》之銘言：
: > 質譜儀可能會把 amino acid 都打成碎片了, 要測 primary sequence
: > 也許不容易.
: > 不過有人把 protein 的 mass spectrum 拿來當作 fingerprint, 用來
: > 鑑定該 protein 是不是存在. 中研院原分所有人在做類似的東東.
: 蛋白質複雜且不定形的結構 質譜儀可以分析的出來嗎????
: 沒有玩過不是很清楚......
: 到是我有聽說利用質譜儀去分析DNA的序列.....
: 應該也有相關的文獻報導了.....
可喔
上次去上了一次課
就有提到用LC/Mass定序
詳情不是很清楚
只知道這技術已經有一段時間ㄌ
> -------------------------------------------------------------------------- <
發信人: analine.bbs@bbs.ntu.edu.tw (吹sax..玩jazz), 看板: Biology
標 題: Re: 請問有人使用質譜儀測蛋白質序列的嗎？
發信站: 台大計中椰林風情站 (Fri Sep 1 01:06:51 2000)
轉信站: Ptt!news.ntu!bbs.ee.ntu!Palmarama
==> netsky.bbs@bbs.ccns.ncku.edu.tw (靜) 提到:
> 如題…
> 請問有人使用質譜儀測蛋白質序列的嗎？
> 我想請問的是質譜儀要求的蛋白質純度問題，
> 需要多純才會被質譜儀接受呢？
通常要用MS定序 會先經digestion
且並非直接用MS
而是LC-MS
所以會經由LC純化
純度問題...應該是可以克服哩
> -------------------------------------------------------------------------- <
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標 題: Re: 請問有人使用質譜儀測蛋白質序列的嗎？
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