是這樣的,
我的complex是在很高的位置
可是每次跑出來
在較高位置的band都會撇來撇去的
真是醜死了
跑比較快的band跟probe就不會有這種現象
我用過0.5x TBE和0.25x TBE兩種condition
結果都一樣
不知道還有什麼地方是可以改善的呢?
有經驗的人教教我吧!!!
Thank you very much!!!
--
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發信人: clairwei.bbs@bbs.ntu.edu.tw (clair), 看板: Biology
標 題: Re: Gel retardation的問題...
發信站: 台大計中椰林風情站 (Fri Dec 4 08:18:06 1998)
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> 是這樣的,
> 我的complex是在很高的位置
> 可是每次跑出來
> 在較高位置的band都會撇來撇去的
> 真是醜死了
> 跑比較快的band跟probe就不會有這種現象
> 我用過0.5x TBE和0.25x TBE兩種condition
> 結果都一樣
> 不知道還有什麼地方是可以改善的呢?
> 有經驗的人教教我吧!!!
> Thank you very much!!!
你的電壓用多少
電壓太高 分子跑太快
或是gel濃度也有關係
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發信人: vendor.bbs@bbs.ntu.edu.tw (宙斯的迷思), 看板: Biology
標 題: Re: Gel retardation的問題...
發信站: 台大計中椰林風情站 (Fri Dec 4 10:26:52 1998)
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> 是這樣的,
> 我的complex是在很高的位置
> 可是每次跑出來
> 在較高位置的band都會撇來撇去的
> 真是醜死了
> 跑比較快的band跟probe就不會有這種現象
> 我用過0.5x TBE和0.25x TBE兩種condition
> 結果都一樣
> 不知道還有什麼地方是可以改善的呢?
> 有經驗的人教教我吧!!!
> Thank you very much!!!
你跑的gel應該是nondenaturing polyacrylamine gel
看的應該是protein-DNA complex吧
你最好是把你的probe大小,protein M.W.以及GEL長短告訴我們
這樣才有辦法告訴你好的condition
通常buffer用0.5X TGE
200mer probe + 150-300 kDa protein
100V run 4 hr (~5-10cm/hr) in RT
比較小心的人會在4度C COLD ROOM裡跑
清大生科有個lab是這方面的專家 去找一下吧
他們是做DNA-dependent protein kinase的
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標 題: Re: Gel retardation的問題...
發信站: 台大計中椰林風情站 (Fri Dec 4 10:28:36 1998)
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> 是這樣的,
> 我的complex是在很高的位置
> 可是每次跑出來
> 在較高位置的band都會撇來撇去的
> 真是醜死了
> 跑比較快的band跟probe就不會有這種現象
> 我用過0.5x TBE和0.25x TBE兩種condition
> 結果都一樣
> 不知道還有什麼地方是可以改善的呢?
> 有經驗的人教教我吧!!!
> Thank you very much!!!
你跑的gel應該是nondenaturing polyacrylamine gel
看的應該是protein-DNA complex吧
你最好是把你的probe大小,protein M.W.以及GEL長短告訴我們
這樣才有辦法告訴你好的condition
通常buffer用0.5X TGE, 4-6% gel
200mer probe + 150-300 kDa protein
100V run 4 hr (~5-10cm/hr) in RT
比較小心的人會在4度C COLD ROOM裡跑
清大生科有個lab是這方面的專家 去找一下吧
他們是做DNA-dependent protein kinase的