請問大家一個很基本的問題！！
我們平常在跑電泳時都會先加入EtBr在為凝膠的agarose gel中！
但在跑完電泳時，照UV只看到與DNA鍵結的EtBr有呈色那gel上的其他部分呢？？
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│ 關 關 雎 鳩, │
│ 在 河 之 洲。 │
│ 窈 窕 淑 女, │
│ 君 子 好 逑。 │
●──────────────────●☆ 我是快樂的小動物啦!☆
Ξ Origin: 中興大學天樞資訊網 <bbs@bbs.nchu.edu.tw> [FROM: p18001.ts.ncku.]
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發信人: spy.bbs@bbs.ntu.edu.tw ( 史拜先生), 看板: Biology
標 題: Re: EtBr在跑電泳時跑到哪裡去囉？？
發信站: 台大計中椰林風情站 (Mon Aug 7 00:35:48 2000)
轉信站: Ptt!bbs.ee.ntu!Palmarama
跑到負極跳海了
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發信人: Soulskater.bbs@bbs.ntu.edu.tw (愛滑板的老人), 看板: Biology
標 題: Re: EtBr在跑電泳時跑到哪裡去囉？？
發信站: 台大計中椰林風情站 (Mon Aug 7 00:43:00 2000)
轉信站: Ptt!bbs.ee.ntu!Palmarama
==> temple.bbs@bbs.nchu.edu.tw (珊瑚礁探險者) 提到:
> 請問大家一個很基本的問題！！
> 我們平常在跑電泳時都會先加入EtBr在為凝膠的agarose gel中！
> 但在跑完電泳時，照UV只看到與DNA鍵結的EtBr有呈色那gel上的其他部分呢？？
跑玩膠後不是要退染嗎。。放在水中ㄚ。。。將etbr在膠上的etbr沖淡。。band上的dna因與其
與其binding 所以會亮。。如果退染不夠久照出來會背景會很紅。。ps ..在操作時要注意
因為etbr會致癌。。你是珊瑚礁探險者ㄚ。。。在哪探險ㄚ我在中研院動物所你在哪ㄚ
> -------------------------------------------------------------------------- <
發信人: LCLiao.bbs@bbs.nchu.edu.tw (酒空成仔), 看板: Biology
標 題: Re: EtBr在跑電泳時跑到哪裡去囉？？
發信站: 興大天樞資訊網 (Mon Aug 7 11:11:10 2000)
轉信站: Ptt!bbs.ee.ntu!freebsd.ntu!ctu-peer!news.nctu!news.nchu!Pivot
==> 在 [temple@pivot] 文中提到:
: 請問大家一個很基本的問題！！
: 我們平常在跑電泳時都會先加入EtBr在為凝膠的agarose gel中！
: 但在跑完電泳時，照UV只看到與DNA鍵結的EtBr有呈色那gel上的其他部分呢？？
EtBr不是在跑完電泳時才進入染色階段嗎？之後還有退染的步驟吧，還是現在的新
技術是加入buffer一起染？
> -------------------------------------------------------------------------- <
發信人: signo.bbs@bbs.ntu.edu.tw (signo), 看板: Biology
標 題: Re: EtBr在跑電泳時跑到哪裡去囉？？
發信站: 台大計中椰林風情站 (Mon Aug 7 11:44:05 2000)
轉信站: Ptt!bbs.ee.ntu!Palmarama
==> LCLiao.bbs@bbs.nchu.edu.tw (酒空成仔) 提到:
> ==> 在 [temple@pivot] 文中提到:
> : 請問大家一個很基本的問題！！
> : 我們平常在跑電泳時都會先加入EtBr在為凝膠的agarose gel中！
> : 但在跑完電泳時，照UV只看到與DNA鍵結的EtBr有呈色那gel上的其他部分呢？？
> EtBr不是在跑完電泳時才進入染色階段嗎？之後還有退染的步驟吧，還是現在的新
> 技術是加入buffer一起染？
不是新技術....
只是因偷懶做agarose gel時就加入了....
不過有時會因PCR product有附加一些東西時
會使的band亂跑....
> -------------------------------------------------------------------------- <
發信人: benbell.bbs@bbs.yzu.edu.tw (珍貴的大憨蓮...), 看板: Biology
標 題: Re: EtBr在跑電泳時跑到哪裡去囉？？
發信站: 元智大學風之塔 (Tue Aug 8 15:55:07 2000)
轉信站: Ptt!bbs.ee.ntu!freebsd.ntu!ctu-peer!ctu-gate!news.nctu!news.ncu!news.y
※ 引述《signo.bbs@bbs.ntu.edu.tw (signo)》之銘言：
> ==> LCLiao.bbs@bbs.nchu.edu.tw (酒空成仔) 提到:
> > EtBr不是在跑完電泳時才進入染色階段嗎？之後還有退染的步驟吧，還是現在的新
> > 技術是加入buffer一起染？
> 不是新技術....
> 只是因偷懶做agarose gel時就加入了....
> 不過有時會因PCR product有附加一些東西時
> 會使的band亂跑....
這是內染的技術啦...只是做gel時把EtBr加進去罷了(也可以說是個偷懶的方法啦)
內染也有內染的好處，因為不用加上外染與退染的步驟，所以不同片gel所產生的
亮度效果可以加以控制(控制gel prepare時EtBr的濃度)減少一些誤差。但內染的
壞處是也因此有許多東西會被EtBr污染，像做gel的模子和電泳的tank都會被EtBr
污染，身體接觸到EtBr的機率也會提高。
不過為什麼PCR product會亂跑呢?...能不能解釋一下呢?..想不出是什麼原因..@_@
> -------------------------------------------------------------------------- <
發信人: signo.bbs@bbs.ntu.edu.tw (signo), 看板: Biology
標 題: Re: EtBr在跑電泳時跑到哪裡去囉？？
發信站: 台大計中椰林風情站 (Tue Aug 8 19:12:00 2000)
轉信站: Ptt!bbs.ee.ntu!Palmarama
==> benbell.bbs@bbs.yzu.edu.tw (珍貴的大憨蓮...) 提到:
> ※ 引述《signo.bbs@bbs.ntu.edu.tw (signo)》之銘言：
> > 不是新技術....
> > 只是因偷懶做agarose gel時就加入了....
> > 不過有時會因PCR product有附加一些東西時
> > 會使的band亂跑....
> 這是內染的技術啦...只是做gel時把EtBr加進去罷了(也可以說是個偷懶的方法啦)
> 內染也有內染的好處，因為不用加上外染與退染的步驟，所以不同片gel所產生的
> 亮度效果可以加以控制(控制gel prepare時EtBr的濃度)減少一些誤差。但內染的
> 壞處是也因此有許多東西會被EtBr污染，像做gel的模子和電泳的tank都會被EtBr
> 污染，身體接觸到EtBr的機率也會提高。
> 不過為什麼PCR product會亂跑呢?...能不能解釋一下呢?..想不出是什麼原因..@_@
因為有時我們會加一些東西來幫助PCR work
比方說DMSO, NP40.....
但有時跑膠會看到band往返方向跑... :~~~~
但若外染就不會跑錯方向了..
我猜可能是因為charge的關係啦!!
不過, 存屬猜測....
> -------------------------------------------------------------------------- <
發信人: temple.bbs@bbs.nchu.edu.tw (珊瑚礁探險者), 看板: Biology
標 題: Re: EtBr在跑電泳時跑到哪裡去囉？？
發信站: 興大天樞資訊網 (Tue Aug 8 23:26:52 2000)
轉信站: Ptt!bbs.ee.ntu!freebsd.ntu!ctu-peer!news.nctu!news.nchu!Pivot
: > > 不是新技術....
: > > 只是因偷懶做agarose gel時就加入了....
: > > 不過有時會因PCR product有附加一些東西時
: > > 會使的band亂跑....
: > 這是內染的技術啦...只是做gel時把EtBr加進去罷了(也可以說是個偷懶的方法啦)
: > 內染也有內染的好處，因為不用加上外染與退染的步驟，所以不同片gel所產生的
: > 亮度效果可以加以控制(控制gel prepare時EtBr的濃度)減少一些誤差。但內染的
: > 壞處是也因此有許多東西會被EtBr污染，像做gel的模子和電泳的tank都會被EtBr
: > 污染，身體接觸到EtBr的機率也會提高。
: > 不過為什麼PCR product會亂跑呢?...能不能解釋一下呢?..想不出是什麼原因..@_@
: 因為有時我們會加一些東西來幫助PCR work
: 比方說DMSO, NP40.....
: 但有時跑膠會看到band往返方向跑... :~~~~
: 但若外染就不會跑錯方向了..
: 我猜可能是因為charge的關係啦!!
: 不過, 存屬猜測....
所以說哪我的EtBr到底是跑去哪裡啦????
往負極跑了嗎??有可能會全部都跑光嗎??
有沒有人可以用圖示阿???
> -------------------------------------------------------------------------- <
發信人: spy.bbs@bbs.ntu.edu.tw ( 史拜先生), 看板: Biology
標 題: Re: EtBr在跑電泳時跑到哪裡去囉？？
發信站: 台大計中椰林風情站 (Wed Aug 9 09:20:01 2000)
轉信站: Ptt!bbs.ee.ntu!Palmarama
==> spy ( 史拜先生) 提到:
> 跑到負極跳海了
所以你仔細看
在UV下 膠的上半部(loading的那一半)會比較亮
隱約發著紅光
這是因為在Gel中的EtBr整片往負極跑了
如果在下半部的DNA band(s)因此受影響而比較模糊的話
可以再泡一下EtBr 退染後會變得清楚一點
> -------------------------------------------------------------------------- <
發信人: tip.bbs@bbs.ntu.edu.tw (Tip), 看板: Biology
標 題: Re: EtBr在跑電泳時跑到哪裡去囉？？
發信站: 台大計中椰林風情站 (Wed Aug 9 09:22:56 2000)
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==> Wu.bbs@bbs.ntou.edu.tw (balabububalabu) 提到:
> ※ 引述《temple.bbs@bbs.nchu.edu.tw (珊瑚礁探險者)》之銘言：
> : 所以說哪我的EtBr到底是跑去哪裡啦????
> : 往負極跑了嗎??有可能會全部都跑光嗎??
> : 有沒有人可以用圖示阿???
> 沒有接到DNA上的大概都跳海了吧
> 不然還是得退染呀...
要不要退染看結果合不合你意（or 老闆意），
依個人經驗跑mini gel，DNA size 介於500~10kb，0.4%~1.2% TAE or TBE gel
是沒有用過退染的步驟.......
不過內染的方式蠻危險的，使用者習慣不好時很容易造成大規模的污染，
使用時要很小心才是 ......
> -------------------------------------------------------------------------- <
發信人: tip.bbs@bbs.ntu.edu.tw (Tip), 看板: Biology
標 題: Re: EtBr在跑電泳時跑到哪裡去囉？？
發信站: 台大計中椰林風情站 (Wed Aug 9 09:24:44 2000)
轉信站: Ptt!bbs.ee.ntu!Palmarama
==> tip (Tip) 提到:
> ==> Wu.bbs@bbs.ntou.edu.tw (balabububalabu) 提到:
> > 沒有接到DNA上的大概都跳海了吧
> > 不然還是得退染呀...
> 要不要退染看結果合不合你意（or 老闆意），
> 依個人經驗跑mini gel，DNA size 介於500~10kb，0.4%~1.2% TAE or TBE gel
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
sorry, 更正一下：0.6%~1.2% TAE or TBE agrose gel
> 是沒有用過退染的步驟.......
> 不過內染的方式蠻危險的，使用者習慣不好時很容易造成大規模的污染，
> 使用時要很小心才是 ......
> -------------------------------------------------------------------------- <
發信人: signo.bbs@bbs.ntu.edu.tw (signo), 看板: Biology
標 題: Re: EtBr在跑電泳時跑到哪裡去囉？？
發信站: 台大計中椰林風情站 (Thu Aug 10 00:15:35 2000)
轉信站: Ptt!bbs.ee.ntu!Palmarama
==> spy ( 史拜先生) 提到:
> ==> spy ( 史拜先生) 提到:
> > 跑到負極跳海了
> 所以你仔細看
> 在UV下 膠的上半部(loading的那一半)會比較亮
> 隱約發著紅光
> 這是因為在Gel中的EtBr整片往負極跑了
> 如果在下半部的DNA band(s)因此受影響而比較模糊的話
> 可以再泡一下EtBr 退染後會變得清楚一點
不過像我們實驗室就直接在buffer中加入一些EtBr,
就不會有這種問題了... :)
> -------------------------------------------------------------------------- <
發信人: onion.bbs@infobio.nctu.edu.tw, 看板: Biology
標 題: Re: EtBr在跑電泳時跑到哪裡去囉？？
發信站: 交大生科生命之光 (Thu Aug 10 18:51:58 2000)
轉信站: Ptt!bbs.ee.ntu!freebsd.ntu!netnews.csie.nctu!ctu-peer!news.nctu!netnew
※ 引述 signo.bbs@bbs.ntu.edu.tw (signo) 的銘言:
: ==> spy ( 史拜先生) 提到:
: > ==> spy ( 史拜先生) 提到:
: > > 跑到負極跳海了
: > 所以你仔細看
: > 在UV下 膠的上半部(loading的那一半)會比較亮
: > 隱約發著紅光
: > 這是因為在Gel中的EtBr整片往負極跑了
: > 如果在下半部的DNA band(s)因此受影響而比較模糊的話
: > 可以再泡一下EtBr 退染後會變得清楚一點
: 不過像我們實驗室就直接在buffer中加入一些EtBr,
: 就不會有這種問題了... :)
這樣Background會比較高不是嗎？
> -------------------------------------------------------------------------- <
發信人: sharonstone.bbs@bbs.ntu.edu.tw (一隻雞腿打死人), 看板: Biology
標 題: Re: EtBr在跑電泳時跑到哪裡去囉？？
發信站: 台大計中椰林風情站 (Thu Aug 10 16:19:31 2000)
轉信站: Ptt!bbs.ee.ntu!Palmarama
==> onion.bbs@infobio.nctu.edu.tw 提到:
> ※ 引述 signo.bbs@bbs.ntu.edu.tw (signo) 的銘言:
> : 不過像我們實驗室就直接在buffer中加入一些EtBr,
> : 就不會有這種問題了... :)
> 這樣Background會比較高不是嗎？
所以只要加適量即可...
> -------------------------------------------------------------------------- <
作者: insulin (深呼吸....) 看板: Biology
標題: Re: EtBr在跑電泳時跑到哪裡去囉？？
時間: Fri Aug 11 08:54:29 2000
※ 引述《signo.bbs@bbs.ntu.edu.tw (signo)》之銘言：
: ==> spy ( 史拜先生) 提到:
: > 所以你仔細看
: > 在UV下 膠的上半部(loading的那一半)會比較亮
: > 隱約發著紅光
: > 這是因為在Gel中的EtBr整片往負極跑了
: > 如果在下半部的DNA band(s)因此受影響而比較模糊的話
: > 可以再泡一下EtBr 退染後會變得清楚一點
: 不過像我們實驗室就直接在buffer中加入一些EtBr,
: 就不會有這種問題了... :)
想問一下,這樣EtBr就帶正電囉,
那它跟DNA binding時,就會中和DNA的帶電性,
會不會影響DNA的跑的速度...