您好：
我用insightII來作myoglobin分子的minimize and molecular dynamic，
若myoglobin不含heme(Fe)，只有protein部分，則可以執行得很順利。
但若myoglobin含heme(Fe)的部分，則發生些問題：
1.分子無法caping
2.不知用何種forcefield，嘗試了一些，都顯示atom type not found
或parameters不合。
3.potential不能fix
大概是如此，我才疏學淺，請各位指點，如何能使含heme的myoglobin
在insightII上run minimize and molecular dynamic?
謝謝！
阿偉2000.8.11
--
☆ [Origin:椰林風情] [From: ym74207.ym.edu.tw] [Login: 19] [Post: 2]
> -------------------------------------------------------------------------- <
發信人: mjhsieh.bbs@bbs.life.nthu.edu.tw (華山派學長), 看板: Biology
標 題: Re: 請問會使用insightII軟體的人
發信站: 清華生命科學 BBS (Sat Aug 12 00:17:05 2000)
轉信站: Ptt!bbs.ee.ntu!freebsd.ntu!news.cs.nthu!news.nthu!nthuls
看起來似乎 discover 的 force field 沒有定義 Fe 吧﹖
先不要用 cvff 改用 esff 看看(沒有﹖請用 insightII 98)，如果
一定要用 cvff (也就是說要新定義一個 HETATOM )請參閱手冊，前
題是會算那些 parameters.
※ 引述《lilovedoor.bbs@bbs.ntu.edu.tw (li)》之銘言：
> 2.不知用何種forcefield，嘗試了一些，都顯示atom type not found
> 或parameters不合。
> 大概是如此，我才疏學淺，請各位指點，如何能使含heme的myoglobin
> 在insightII上run minimize and molecular dynamic?