※ [本文轉錄自 ganbaol 信箱]
作者: ganbaol (ganbaol)
標題: Re: ganbaol 大大你好 ^^
時間: Sat Mar 19 02:04:02 2011
先至 NCBI 找出基因
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/9271397
裡面有一項 mRNA and Protein(s)
看下面那行~
NM_001185723.1 → NP_001172652.1 Os01g0847800 [Oryza sativa Japonica Group]
其中 NP_001172652.1 這項可以連結到他的序列
就按進去會出現 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/NP_001172652.1
最下面有顯示胺基酸的序列
但你要點的是上面的 CDS
CDS 點進去後最下方會有核酸序列出現
把這段核酸序列複製起來
貼到下面網址的 nucleotide blast 中做比對
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
nucleotide blast 一點進去裡面會有大框框
序列要貼在裡面,
中間有 Choose Search Set , 原本有預設 Human genomic + transcript
把它改成後面的 other
最後左下角有 BLAST 按下去就會開始比對
接下來會看到一項
Query 1 ATGGCCACCCACTTCACGCTCAACACCGGAGCACGCATCCCCTCGGTGGGCCTCGGCACC 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 63375 ATGGCCACCCACTTCACGCTCAACACCGGAGCACGCATCCCCTCGGTGGGCCTCGGCACC 63434
Query 61 TACAAGGCCGGCACCGGCGTCGTCGCCGACGTGGTCTCCGCCGCCGTCAAGG 112
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 63435 TACAAGGCCGGCACCGGCGTCGTCGCCGACGTGGTCTCCGCCGCCGTCAAGG 63486
1~112 是你剛輸入的序列
63375~63486 是此基因在染色體上的位子
上面有一項 dbj|AP004127.1 點進去
出現 Oryza sativa Japonica Group genomic DNA, chromosome 1, clone:P0005H10
你就知道剛剛你搜尋的基因位於水稻染色體上第一條
畫面最下方會有這條染色體的序列
而且有標示位子 你就把 63375~63486 之前的序列找出來就行了~
這是我找序列的方法啦
也許有其他捷徑 , 可是我不會用 XD
參考看看吧~
※ 引述《goldfish0909 (金魚)》之銘言：
: 感謝 g 大幫我找出序列
: 是否可以較詳細教我如何找?
: 因為我還有其他基因要查~~
: 上次的農桿菌的提問也謝謝你囉~~
: 就麻煩你回信教我囉
: 萬分感激~~
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