[求救] 有關分子演化分析的樹狀圖

[TW185930 (吱吱)]

http://i.imgur.com/SI8hdJI.png

先附上這張演化樹!

問題是這樣的，因為自己是食品科學系，

目前在看paper時，發現對於演化樹概念了解不多，

紅色圈圈代表Bootsrap value ， 紅色長方框代表演化距離，

實際上 這兩個東西我查了一下資料，還是不太懂，

請問版上有沒有人可以跟我解釋一下~


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當他們關掉MegaUpload的時候，         我保持沉默；我還有FileSonic。
當他們關掉FileSonic的時候，          我保持沉默；我還有FileServe。
當他們關掉FileServe的時候，          我保持沉默；我還有MediaFire。
當他們關掉MediaFire的時候，          我保持沉默；我還有BT。
當他們關掉BT伺服器的時候，           我已一無所有了。

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◆ From: 140.120.104.161
推 xavieraho:Bootsrap value就是建立1000次相同演化樹
→ xavieraho:出現相同結果的機率，越接近100可信度越高
→ xavieraho:evolution distance則是胺基酸置換次數
→ xavieraho:長度越長胺基酸差異越大。個人淺見請多指教
感謝x 大!
※ 編輯: TW185930        來自: 114.46.210.46        (08/05 01:15)

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作者: TW185930 (吱吱) 看板: Biotech
標題: Re: [求救] 有關分子演化分析的樹狀圖
時間: Wed Aug  7 22:32:47 2013

感謝 george104 與我討論，我將他的回答整理如下，方便以後版友可以了解


============================以下是解釋=======================================

Bootstrap value 是一種統計上的數值

 代表著若將一堆物種的同源基因片段拿去跑親緣關係樹

 你看到親緣樹上有 A B 兩個物種被分在一起

 但你怎麼確定這樣的分法是真的??

 這時 Bootstrap value 就是告訴你這種分法的可信度是多少

 他的方法是 (這段就看你要不要了解)

 從一組數條同源序列的資料中 (假設這組序列整理完後長度是 300 bp)

 隨機選取當中一排序列 (他是垂直選取喔,那種感覺就像是你拿一根吸管插進一塊蛋糕)

 組成一組同樣長度 300 bp 的"假資料", 之後再用這組資料繪製一棵虛擬的親緣樹

再來看這棵虛擬樹上, A B 兩物種是不是也會在一起

 重複做個幾百幾千次, 在統計這幾百幾千棵虛擬樹中, A B 兩物種還在一起的樹有幾棵

 之後就變成你所看到的 Bootstrap value



 再來關於你說的演化距離, 他代表 A B 兩物種關係的程度為何

 看法是看親緣樹上的水平距離, 垂直距離是沒有意義的

 你所框起來的那個部分, 你可以想像他是一條比例尺

 用來表示水平距離的長度大小

============================以下為問答整理============================

另外我還問了 g大 一些問題 ，整理如下:

1. 你看 紅色圈圈 的Bootstrap value是88 (這應該是指百分比)，
   而下面卻有一個100，為什麼會這樣呢?為何不是 88 及 12呢?

Ans: 因為每個分支的統計結果都是獨立的, 不能加減乘除
         畫個示意圖給你看, 假設有 A B C D E 五個物種, 他們的關係為

                         88  ------A
                      ------l
                 100  l      ------B
             ---------l
             l        l
             l        l  90  ------C
             l        ------l
             l               ------D
             l
             l
             ----------------------E

          由圖我們可以看到 A B 物種的關係很近, bootstrap value = 88

          C D 兩物種的關係很近, bootstrap value = 90
          那相對 E 物種來說, A B C D 四個物種關係是最近的, value = 100

          其實親緣樹的建構是一層一層的, 如果你看樹有點吃力的話

          建議當你在看整棵樹的時候, 可以把他想像成 A-B 合體物種與 C-D 合體種

          他們的關係是很靠近的, 有 bootstrap value = 100 去支持

          這代表, 不管你做多少組"假資料", 所繪製出來的虛擬樹都是呈現相同的結果

          然後你在一層一層的解析下去, 你就知道這個親緣樹要告訴你什麼了

2. 我想知道 怎麼判斷  A跟 B 是 在同一分支上呢? 是看序列的相似性還是?
    我的意思是指
                 -----A
            ---- |
                 -----B

Ans:
    其實是看你所用的同源基因片段序列片段的相似性

    相似性越高, 當程式在運算時就越有可能將他們分在一塊

3. 演化距離怎麼看?

Ans:
    畫個示意圖給你看, 假設有 A B C D E 五個物種, 他們的關係為
                          88  ------A
                       ------l
                  100  l      ------B
              ---------l
              l        l
              l        l  90  ------C
              l        ------l
              l               ------D
              l
              l
              ----------------------E

                      0.1
 假設 演化距離 是   |-----|

  ==> 假如我想知道 A C 兩物種的關係有多遠

      那他的演化距離就是標紅色的線條(就是我所謂的水平距離)加起來的長度

==============================以下是附註==============================

另外，最近狂犬病很夯，而防檢局也使用了分子演化分析來比較不同地區狂犬病毒的

親緣關係，然後剛好看到有一篇文章也在介紹 分子演化樹(又稱系統發育樹)

文章在此 http://0rz.tw/jMBrJ

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