※ 引述《HIbaby (嗨北鼻)》之銘言：
: 我是生物資訊的門外漢啦
: 我知道有實驗室是做結構模擬的
: 但是模擬到最後
: 仍需要實驗來證實他的模擬正確與否
: 我堂姐也是在做生物資訊的
: 他是化學背景出身
: 他也是處理蛋白質模擬上的問題
: 他必須考慮到許多熱力學和物理上的問題 來開發所謂的"公式"
: 我想這類的研究應該比較跳出資料庫的應用等等
: 我沒有辦法說得很具體
: 如果有人在做這領域的
: 也許可以提出來大家討論看看囉.
: ※ 引述《reader (讀者)》之銘言：
: : 怎麼說都讓我很不適應，好像我這個外行人知道的東西，比本科生
: : 還多的感覺。生資如果只是在玩一些套裝軟體、資料庫和程式庫，
: : 未免也太應用了吧，這樣子就能製造出一堆博碩士... 嗯... 真是
: : 不知道該說什麼才好。
兩者的觀點不同罷了
我是當初從化學領域跳到生物領域
又從生物領域跳回化學領域
感覺還頗深刻
化學家 物理學家 數學家(資訊相關的)
長久以來是 "實驗科學"
實驗科學在解釋事情時 習慣性的在理想狀態下解釋事情
從國中所知的牛頓定律 到近代的量子物理
都事先推想一個理想狀態 再往下推導 (這很正常的邏輯)
早先的生物學家 甚至是醫學
偏重於觀察 (硬要說實驗也是從觀察來的 也對啦)
原因很簡單 因為生物系統太複雜了
你很難去用理想狀態去解釋生物分子的一切事情
就以化學家而言 有機化學 物理化學等等
最喜歡遇到的就是單分子 到雙分子的問題 因為比較容易理想化
對生物系統來說 一個生物分子 他在生理狀態時
是存在於整個系統 千千萬萬個分子交互反應的
故在理論計算而言 你考慮的在多 也沒法子完全考慮到所有情況
就算你把環境pH值, 溫度, 磨差力 熱力學參數全部預測的分秒不差
期望做出與實驗值全fit的蛋白質結構時
嘿嘿 很抱歉 生物體內還有所謂 chaperon 的存在
這一點足夠完全推翻整個結構預測 如何去預測?
故光以理論計算 (computational biology) 這領域而言
故現在生物分子偏重於熱力學的研究 (如結構等等)
較少以生物分子為主 進行整個生物分子的動力學研究 因為加入這些參數
目前的資訊技術 根本無法承載
別說理論計算方面了 甚至蛋白質的結晶已經被研究了十數年
仍是很多純生物學者質疑 蛋白質結晶幾乎都是在不可能為生理狀態下所結晶的
以一個非生理狀態下的模型去解釋生理現象 根本是有問題
(but 事實上 目前也沒任何一項技術可以研究完全生理狀況內生物分子的結構)
當初最早時人類 genome 被定序完後..
一些夜郎自大的科學家覺得 挖 生物學已經結束了......
但 現在呢?
genomics, proteiomics,metabolitics, glycomics ....根本無窮無盡
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