Re: CHIP assay

[aggaci (學鋼琴，左手怎麼那麼笨)]

※ 引述《haveacat (有隻貓)》之銘言：

   最近在做CHIP assay (chromatin immunoprecipitation assay)

   negative組別  我是不加抗體   所以正常是沉澱不下DNA

   但是最後利用PCR偵測  卻一直夾出DNA片段  其他別組加抗體的也有夾出片段

   只是negative一直無法很乾淨  wash buffer用 TSE-500*3  LiCl*1  TE*3去洗

   是否其他人有經驗  如何降低non-specific binding

   PS: sonication後 DNA片段已到200-1000bp間了

       我也照protocal加agarose beads時 混入salmon sperm DNA和BSA

      難道還有其它小技巧嗎

      幫幫解個惑吧????/     謝謝

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※ 編輯: haveacat        來自: 163.15.174.67        (07/26 21:50)
推 Helene:你的blocking怎麼做的
推 asapeman:protein A 中要加salmon sperm DNA,就可降低
推 asapeman:我打錯了,是應該會降低才對呀@@

  唉唉  最近也摸到了ChIP，也碰到了跟原PO一樣的問題
  我用的抗體是確定能做ChIP的
  而我的PCR cycle數為25個
  做了好幾個條件就是無法降低negative control(IgG)的訊號
  有沒強者可以幫忙一下
  p.s  我的blocking condition
       0.1 mg ssDNA/ml+1 mg BSA/ml將protein A beads先saturation

  Any help and suggestion would be greatly appreciated!! Thanks a lot.



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※ 編輯: aggaci          來自: 140.114.100.165      (10/11 01:18)
推 shaline:先將lysate+bead去除nonspecific binding，
→ shaline:再將sup.進行ChIP