最近找了幾隻菌的同一種酵素氨基酸序列來找到幾個
保守性區域,想要設計degenerate primer
想請問板上的先進網路上有沒有比較好的網頁可以同時比較
這些菌株的保守性序列然後找到 primer 的...
我目前找到的網頁是 http://www.changbioscience.com/primo/primod.html
但我1.不太會同時把幾株菌的保守區域一起放進去比對
另外2.好像Tm 超過五十度就找不到 d primer 了
比如:
#1 GGRNWEGFSPDPAL
#2 GGRNWEGFTNDPYL
#3 GGRSFESFSEDPYL
可以麻煩大家給我一些建議嗎,謝謝:)
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別看他笑得如此開心
我想，他是一個寂寞的人...
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作者 HIbaby (嗨北鼻) 看板 Biotech
標題 Re: [問題] 想請教如何設計degenrate primer??
時間 Sun Nov 28 10:49:10 2004
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※ 引述《hint ()》之銘言：
: 最近找了幾隻菌的同一種酵素氨基酸序列來找到幾個
: 保守性區域,想要設計degenerate primer
: 想請問板上的先進網路上有沒有比較好的網頁可以同時比較
: 這些菌株的保守性序列然後找到 primer 的...
: 我目前找到的網頁是 http://www.changbioscience.com/primo/primod.html
: 但我1.不太會同時把幾株菌的保守區域一起放進去比對
: 另外2.好像Tm 超過五十度就找不到 d primer 了
^^^^^^^^^^^^ ? 這是degenerate primer？
: 比如:
#1 GGRN W EG FS P DP A L
#2 GGRN W EG F TN DPY L
#3 GGR S FE S FS E DPY L
剛剛試了一下軟體 感覺怪怪的
提供一下建議
1.Primer設計後 不要含RE site , 用TA-cloning , 因為你是degenerate primer
本身專一度已經下降
2. 尾端以 G or C 結尾
3. base的選擇 考慮到菌株的 G, C contain 以及 codon 利用性
其實現在想起來，還是建議建立library 再去clone
如果你有時間，可以兩邊同時進行
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Biotech 生物醫學研究所 幹細胞研究室
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