[問題] 請問抽plasmid步驟 為何不會抽到細菌的chromosome

[SES (不要再給我泡泡豬)]

為什麼抽出來的東西  裡面就只有plasmid
而不會抽到細菌本身的chromosome

是因為哪一個solution的作用嗎
還是細菌chromosome和plasmid有些結構上的不同
導致作用之後  只有plasmid留下?

--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 140.109.32.9
※ 編輯: SES             來自: 140.109.32.9         (06/22 12:30)

> -------------------------------------------------------------------------- <

作者: labcorgi (做實驗做實驗~~~) 看板: Biotech
標題: Re: [問題] 抽plasmid 為何不會抽到細菌chromosome
時間: Wed Jun 22 17:51:39 2005

※ 引述《SES (不要再給我泡泡豬)》之銘言：
: 為什麼抽出來的東西  裡面就只有plasmid
: 而不會抽到細菌本身的chromosome
: 是因為哪一個solution的作用嗎
: 還是細菌chromosome和plasmid有些結構上的不同

不管是什麼 kit 或 solution

原理都差不多

主要就是先讓 DNA denature(大多用鹼)

再讓它 renature

Plasmid 長度短可以很快再接回去

Chromosome 就會因為 mismatch 變成一團大分子

就可以利用溶解度或大小把兩種東西分開


--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) 
◆ From: 61.62.56.101

> -------------------------------------------------------------------------- <

作者: jivv (jivv) 看板: Biotech
標題: Re: [問題] 抽plasmid 為何不會抽到細菌chromosome
時間: Wed Jun 22 21:29:30 2005

※ 引述《labcorgi (做實驗做實驗~~~)》之銘言：
: ※ 引述《SES (不要再給我泡泡豬)》之銘言：
: : 為什麼抽出來的東西  裡面就只有plasmid
: : 而不會抽到細菌本身的chromosome
: : 是因為哪一個solution的作用嗎
: : 還是細菌chromosome和plasmid有些結構上的不同
: 不管是什麼 kit 或 solution
: 原理都差不多
: 主要就是先讓 DNA denature(大多用鹼)
: 再讓它 renature
: Plasmid 長度短可以很快再接回去
: Chromosome 就會因為 mismatch 變成一團大分子
: 就可以利用溶解度或大小把兩種東西分開

但是也是有可能會抽到吧 @@"
如果在solution I II III沒將 chromosome 清除乾淨的話
在phenol/chloroform 這個步驟中如果vortex過久的話
可能會將chromosome弄碎...
而會在電泳圖上看到有chromosome的存在

以上是常常抽到chromosme的人被老闆教訓過的感想
歡迎討論= =y

--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) 
◆ From: 61.62.243.183
推 nekosp:辛苦了大師..您的教訓真是寶貴. @@
> -------------------------------------------------------------------------- <

作者: labcorgi (做實驗做實驗~~~) 看板: Biotech
標題: Re: [問題] 抽plasmid 為何不會抽到細菌chromosome
時間: Wed Jun 22 23:48:07 2005

※ 引述《jivv (jivv)》之銘言：
: 但是也是有可能會抽到吧 @@"
: 如果在solution I II III沒將 chromosome 清除乾淨的話
: 在phenol/chloroform 這個步驟中如果vortex過久的話
: 可能會將chromosome弄碎...
: 而會在電泳圖上看到有chromosome的存在
: 以上是常常抽到chromosme的人被老闆教訓過的感想

嗯嗯  受教了

因為我門實驗室抽完plasmid

會再用對plasmid專一的primer去夾  所以沒有chromosome的問題

我很好奇  plasmid 要怎麼跑電泳呢?

要用denature gel跑嗎?  那marker用什麼呢?

謝謝指教^^

--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) 
◆ From: 61.62.56.101
推 blence:primer夾的PCR product可以跑,plasmid何以不能呢?
推 glutamate:頂多只能看有沒有抽到吧..
→ glutamate:或是相對比較基因有沒有接進去
推 labcorgi:我的意思是plasmid的長度  跑的出來嗎?
推 wildfish:Plasmid不算很長啊?一般Agarose gel都可以跑啊?
推 wildfish:平常cloning完的mini-pre不是都在跑,教科書上還
→ wildfish:寫說會有不同的band(open circular, linearized
→ wildfish:supercoiled
推 blence:上面的，抽plasmid不一定只能接基因做construct阿
推 blence:        跑
> -------------------------------------------------------------------------- <

發信人: [e-mail] (     ), 看板: Biotech
標  題: Re: [問題] 抽plasmid 為何不會抽到細菌chromosome
發信站: 批踢踢參 (Thu Jun 23 11:43:05 2005)
轉信站: ptt!Group.NCTU!grouppost!Group.NCTU!ptt3

※ 引述《[e-mail] (做實驗做實驗~~~)》之銘言：
: ※ 引述《jivv (jivv)》之銘言：
: : 但是也是有可能會抽到吧 @@"
: : 如果在solution I II III沒將 chromosome 清除乾淨的話
: : 在phenol/chloroform 這個步驟中如果vortex過久的話
: : 可能會將chromosome弄碎...
: : 而會在電泳圖上看到有chromosome的存在
: : 以上是常常抽到chromosme的人被老闆教訓過的感想
: 嗯嗯  受教了
: 因為我門實驗室抽完plasmid
: 會再用對plasmid專一的primer去夾  所以沒有chromosome的問題
: 我很好奇  plasmid 要怎麼跑電泳呢?
: 要用denature gel跑嗎?  那marker用什麼呢?
: 謝謝指教^^

我都用agarose gel去跑
就跟跑一般的DNA一模一樣

另外  我一直以為抽plasmid時是因為binding capacity不同
所以plasmid會bind在resin上 而DNA不會
在wash時就把DNA洗掉了 只留下plasmid @@

--
※ 發信站: 批踢踢參(ptt3.cc) 
◆ From: 67.177.80.172

推 niwhu:過cationic resin應該都會bind，不是片段大小的問쌠
> -------------------------------------------------------------------------- <

作者: ndmcls (季勗) 看板: Biotech
標題: Re: [問題] 抽plasmid 為何不會抽到細菌chromosome
時間: Thu Jun 23 20:46:48 2005

※ 引述《labcorgi (做實驗做實驗~~~)》之銘言：

: 我很好奇  plasmid 要怎麼跑電泳呢?

  拜託, 切一刀就行啦. 早年 taq 還沒那麼便宜的時候, 誰會用 taq 去夾
  啊, 都嗎是用 restriction enzyme 切一刀來看, 這樣抽的品質, 長度都
  一目瞭然.
  通常 cloning 用的 plasmid 也不過 2-6 kb, 我們做植物轉殖的長點,
  10 來 kb, 做定序的 pac 或 bac plasmid 差不多就是上百 kb. 還不是
  用 0.8-1% 的 agarose gel 來跑, marker 當然也有相對應的啊, 例如
  lambda hindIII+ecorI, 最高就可以看 23 kb.


--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) 
◆ From: 140.109.57.147
推 labcorgi:了解  謝謝指教~~~