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我是用trizol reagent (Invitorgne)抽culture cells 的total RNA,可是不管怎麼抽,280/260的ratio 都只有在 1.6~1.7左右,請問我可能出了什麼問題嗎? 理論上RNA應該 ration在2.0吧! 請大家幫幫我吧! 謝謝!! -- ※ Origin: 生命科學 BBS <bbs.life.nthu.edu.tw> ◆ From: 140-109-231-102.adsl.sinica.edu.tw > -------------------------------------------------------------------------- < 作者: HIbaby (嗨北鼻) 看板: Biotech 標題: Re: 請問RNA的問題 時間: Sun Feb 27 11:57:08 2005 我抽出來的吸光值也跟你差不多,但這樣測出來的濃度,在我的情況總是不正確。 所以我再經過一次酒精沉澱,測出來的吸光值會落到1.6以下。 這時候的濃度值就會比較"正確" 這邊正確的意思是說 比方說我要10ug 但是沒有酒精沉澱前 各sample跑出來的結果總是不一致 但酒精沉澱後 由分光光度計得到的吸光值換算出來的濃度 就可以讓每一個樣本取出相近的量(跑northern, EtBr染後,band 跑出來都很美) 給你參考 不知道你有沒有我的困擾。 ※ 引述《[email protected] (被排擠了)》之銘言: : 我是用trizol reagent (Invitorgne)抽culture cells : 的total RNA,可是不管怎麼抽,280/260的ratio 都只有在 : 1.6~1.7左右,請問我可能出了什麼問題嗎? 理論上RNA應該 : ration在2.0吧! 請大家幫幫我吧! 謝謝!! -- BioTech 板 / 一個 Bio 研究討論板 分類看板 telnet://ptt.cc 國家研究院 政治,文學,學術 科學學術研究院 ★BIOTECH PTT統合生命科學研究院 ▂▂▂▂▂▂▂▂▂▂ ________________________________ HiBaby -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 219.1.156.27 > -------------------------------------------------------------------------- < 作者: leafcry (葉.飛.哭.) 看板: Biotech 標題: Re: 請問RNA的問題 時間: Sun Feb 27 14:21:06 2005 ※ 引述《HIbaby (嗨北鼻)》之銘言: : 我抽出來的吸光值也跟你差不多,但這樣測出來的濃度,在我的情況總是不正確。 : 所以我再經過一次酒精沉澱,測出來的吸光值會落到1.6以下。 : 這時候的濃度值就會比較"正確" : 這邊正確的意思是說 : 比方說我要10ug 但是沒有酒精沉澱前 各sample跑出來的結果總是不一致 : 但酒精沉澱後 由分光光度計得到的吸光值換算出來的濃度 : 就可以讓每一個樣本取出相近的量(跑northern, EtBr染後,band 跑出來都很美) : 給你參考 不知道你有沒有我的困擾。 : ※ 引述《[email protected] (被排擠了)》之銘言: : : 我是用trizol reagent (Invitorgne)抽culture cells : : 的total RNA,可是不管怎麼抽,280/260的ratio 都只有在 : : 1.6~1.7左右,請問我可能出了什麼問題嗎? 理論上RNA應該 : : ration在2.0吧! 請大家幫幫我吧! 謝謝!! 可從兩點來看 1.沉澱溶劑 你所用的組織是否含有大量的醣類或是干擾吸光的物質 一般而言沉澱 常用有三種藥劑 isopropanol EtOH LiCl LiCl 適用於沉澱大分子RNA 通常大於200bp都會沉澱出來 所以若是要沉澱mRNA 而不想看降解的RNA時可用 醇類在大於65%以上時核酸會沉澱出來 使用這兩種醇有體積和純度的考慮 isopropanol 所需量少 但沉澱純度不高容易有雜質 EtOH 所需量大 但純度較高 2.沉澱溫度與時間 沉澱所用的溫度可選4度或是負20度 溫度越低 沉澱時間越長 純度越高 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.112.52.93 > -------------------------------------------------------------------------- < 發信人: [email protected] (短期代板主-無名BioTech), 看板: Biotech 標 題: Re: 請問RNA的問題 發信站: 無名小站 (Sun Feb 27 13:36:06 2005) 轉信站: ptt!Group.NCTU!grouppost!Group.NCTU!wretch ※ 引述《[email protected] (被排擠了)》之銘言: > 我是用trizol reagent (Invitorgne)抽culture cells > 的total RNA,可是不管怎麼抽,280/260的ratio 都只有在 > 1.6~1.7左右,請問我可能出了什麼問題嗎? 理論上RNA應該 > ration在2.0吧! 請大家幫幫我吧! 謝謝!! 我的都會超過2.0 大多在2.0~2.2 你在抽的時候有沒有弄到中間糊糊的那一區, 或者說抽起上層(在加了chloroform之後)時有沒有弄到一些不透明的東西? 我都是寧願少吸一點以避免抽到DNA. 在加入chloroform之後我都會用手很用力地搖至少15秒,大多接近一分鐘. 我不曉得這有沒有差別. 另外, 你抽totalRNA的目地如果是要做RT的話, 我認為問題不是很大. 因為在RT之前還是可以用諸如RQ1之類的DNase去處理DNA. -- 夫兵者不祥之器物或惡之故有道者不處君子居則貴左用兵則貴右兵者不祥之器非君子 之器不得已相簿 http://www.wretch.cc/album 有佈景主題 速度很快 可得志於天下 矣吉事尚左凶事尚右偏將軍居左上將軍居右言以喪禮處之殺人之眾以哀悲泣之戰勝以 喪禮處之道常無名樸雖小天下莫能臣侯王若能守之萬物將自賓天地相合以降甘露民莫 之令而自均始制有名名亦既有夫亦將知止知止可218-167-1-66.dynamic.hinet.net
wildwinds:搖太大力會不會導致RNA斷裂 61.62.118.132 02/27
ZecAhau:應該不會 除非拿去vortex :P 140.109.224.35 02/27
> -------------------------------------------------------------------------- < 作者: ZecAhau (World Peace) 看板: Biotech 標題: Re: 請問RNA的問題 時間: Sun Feb 27 14:35:16 2005 ※ 引述《[email protected] (短期代板主-無名BioTech)》之銘言: : ※ 引述《[email protected] (被排擠了)》之銘言: : > 我是用trizol reagent (Invitorgne)抽culture cells : > 的total RNA,可是不管怎麼抽,280/260的ratio 都只有在 : > 1.6~1.7左右,請問我可能出了什麼問題嗎? 理論上RNA應該 : > ration在2.0吧! 請大家幫幫我吧! 謝謝!! 其實一直有個問題 我們測OD要看的ratio 不是260/280 嗎 為什麼各位看的是280/260 還是我一直的觀念都錯了?? 請賜教 ^^ -- 白天不懂夜的黑 太陽不解月的悲 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.109.224.35 > -------------------------------------------------------------------------- < 作者: wwwjjj (......) 看板: Biotech 標題: Re: 請問RNA的問題 時間: Sat Mar 5 12:26:02 2005 ※ 引述《[email protected] (被排擠了)》之銘言: : 我是用trizol reagent (Invitorgne)抽culture cells : 的total RNA,可是不管怎麼抽,280/260的ratio 都只有在 : 1.6~1.7左右,請問我可能出了什麼問題嗎? 理論上RNA應該 : ration在2.0吧! 請大家幫幫我吧! 謝謝!! 我抽RNA也從沒超過1.7的 記得還抽過1.2以下的^^" 我覺得除了自己本身技術問題外 也與sample種類、細胞數多寡有關 但是我想請問為什麼稀釋的倍率越高 出來的ratio也會偏低呢? -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 61.217.105.141 > -------------------------------------------------------------------------- < 作者: aggaci (五子棋啦) 看板: Biotech 標題: Re: 請問RNA的問題 時間: Sat Mar 5 15:12:46 2005 ※ 引述《wwwjjj (......)》之銘言: : ※ 引述《[email protected] (被排擠了)》之銘言: : : 我是用trizol reagent (Invitorgne)抽culture cells : : 的total RNA,可是不管怎麼抽,280/260的ratio 都只有在 : : 1.6~1.7左右,請問我可能出了什麼問題嗎? 理論上RNA應該 : : ration在2.0吧! 請大家幫幫我吧! 謝謝!! : 我抽RNA也從沒超過1.7的 : 記得還抽過1.2以下的^^" : 我覺得除了自己本身技術問題外 : 也與sample種類、細胞數多寡有關 : 但是我想請問為什麼稀釋的倍率越高 : 出來的ratio也會偏低呢? 因為濃度太低 超出OD260和OD280可信範圍 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.114.100.165
wwwjjj:可是我是因為濃度太高超出可信範圍,才進一步稀釋 59.115.81.58 03/05
marksman:請問濃度可信範圍是多少呢?? 218.34.245.72 03/05
> -------------------------------------------------------------------------- < 作者: lirayjay (lirayjay) 看板: Biotech 標題: Re: 請問RNA的問題 時間: Sun Mar 6 11:08:38 2005 可以在加了isopropanol後,拿到-80度冰箱冰over night或至少20分鐘 看有沒有幫助 ※ 引述《wwwjjj (......)》之銘言: : ※ 引述《[email protected] (被排擠了)》之銘言: : : 我是用trizol reagent (Invitorgne)抽culture cells : : 的total RNA,可是不管怎麼抽,280/260的ratio 都只有在 : : 1.6~1.7左右,請問我可能出了什麼問題嗎? 理論上RNA應該 : : ration在2.0吧! 請大家幫幫我吧! 謝謝!! : 我抽RNA也從沒超過1.7的 : 記得還抽過1.2以下的^^" : 我覺得除了自己本身技術問題外 : 也與sample種類、細胞數多寡有關 : 但是我想請問為什麼稀釋的倍高 : 出來的ratio也會偏低呢? -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 61.64.173.246 > -------------------------------------------------------------------------- < 作者: noodle (noodle) 看板: Biotech 標題: Re: 請問RNA的問題 時間: Mon Mar 7 19:33:57 2005 ※ 引述《wwwjjj (......)》之銘言: : ※ 引述《[email protected] (被排擠了)》之銘言: : : 我是用trizol reagent (Invitorgne)抽culture cells : : 的total RNA,可是不管怎麼抽,280/260的ratio 都只有在 : : 1.6~1.7左右,請問我可能出了什麼問題嗎? 理論上RNA應該 : : ration在2.0吧! 請大家幫幫我吧! 謝謝!! : 我抽RNA也從沒超過1.7的 : 記得還抽過1.2以下的^^" : 我覺得除了自己本身技術問題外 : 也與sample種類、細胞數多寡有關 : 但是我想請問為什麼稀釋的倍率越高 : 出來的ratio也會偏低呢? 試試看在稀釋測吸光值的時候, 用TE buffer dilute, 我們實驗室裡這樣做, 得到的OD260/280會比用水稀釋要來的高.. -- 總是在快樂的時候,感到微微的惶恐. 在開懷大笑時,留下感動的淚水. 我無法相信單純的幸福. -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.109.40.41 > -------------------------------------------------------------------------- < 發信人: [email protected] (短期代板主-無名BioTech), 看板: Biotech 標 題: Re: 請問RNA的問題 發信站: 無名小站 (Tue Mar 8 00:18:41 2005) 轉信站: ptt!Group.NCTU!grouppost!Group.NCTU!wretch ※ 引述《[email protected] (noodle)》之銘言: > ※ 引述《wwwjjj (......)》之銘言: > : 我抽RNA也從沒超過1.7的 > : 記得還抽過1.2以下的^^" > : 我覺得除了自己本身技術問題外 > : 也與sample種類、細胞數多寡有關 > : 但是我想請問為什麼稀釋的倍率越高 > : 出來的ratio也會偏低呢? > 試試看在稀釋測吸光值的時候, 用TE buffer dilute, 我們實驗室裡這樣做, > 得到的OD260/280會比用水稀釋要來的高.. 個人是不建議用TE buffer 因為solution pH偏鹼 容易造成RNA鹼水解 這也或許是為什麼OD ration比較高的原因之一吧 -- 夫兵者不祥之器物或惡之故有道者不處君子居則貴左用兵則貴右兵者不祥之器非君子 之器不得已BBS telnet://bbs.wretch.cc 開個人板 超快 不用連署不可得志於天下 矣吉事尚左凶事尚右偏將軍居左上將軍居右言以喪禮處之殺人之眾以哀悲泣之戰勝以 喪禮處之道常無名樸雖小天下莫能臣侯王若能守之萬物將自賓天地相合以降甘露民莫 之令而自均始制有名名亦既有夫亦將知止知止可以不殆譬道之在天 140.109.40.39