推 labcorgi:感謝!!!218.171.216.213 06/11
請問一下
我抽完RNA之後 跑電泳膠
理論上會出現三條band嗎?
如果是這樣 三條band的長度大約是多少呢?
麻煩有做過的人解惑一下
謝謝~~~
ps:是"細菌"喔
--
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◆ From: 218.171.210.252
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作者: lnyhn (找尋什麼(M)) 看板: Biotech
標題: Re: [問題] 關於細菌的 RNA extraction
時間: Fri Jun 10 13:26:02 2005
先說我沒做過RNA
依據以前同學的經驗
以及老師上課所提及
細菌的RNA基本上抽完跑電泳ꘊ空空的膠應該是很平常的事情
因為沒有cap及polyA保護
所以很快就會消失
保重
※ 引述《labcorgi (做實驗做實驗~~~)》之銘言：
: 請問一下
: 我抽完RNA之後 跑電泳膠
: 理論上會出現三條band嗎?
: 如果是這樣 三條band的長度大約是多少呢?
: 麻煩有做過的人解惑一下
: 謝謝~~~
: ps:是"細菌"喔
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◆ From: 140.120.99.201
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作者: labcorgi (做實驗做實驗~~~) 看板: Biotech
標題: Re: [問題] 關於細菌的 RNA extraction
時間: Fri Jun 10 15:32:36 2005
我這次是有跑出很明顯的3條band
但是跟marker相比
長度在 1500 700 還有一條跑的非常低
照理說應該是ribosome RNA
23S => 2900
16S => 1500
5S => 120
可是我的長度不對 還是說
marker的長度單位是"bp"
是用在雙股的DNA
那單股的RNA就要乘上二才是真正的長度?
要人跑過RNA電泳嗎 麻煩解惑一下
謝謝~~~
--
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◆ From: 218.171.213.58
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作者: albertwang (會思考的魚) 看板: Biotech
標題: Re: [問題] 關於細菌的 RNA extraction
時間: Fri Jun 10 16:52:21 2005
※ 引述《lnyhn (找尋什麼(M))》之銘言：
: 先說我沒做過RNA
: 依據以前同學的經驗
: 以及老師上課所提及
: 細菌的RNA基本上抽完跑電泳ꘊ: 空空的膠應該是很平常的事情
: 因為沒有cap及polyA保護
: 所以很快就會消失
恩理論跟實際是有點小差距的
RNA雖說是如同你所講一般會粉快消失
但是並不會
即使不用正規的方式去run gel
也是可以跑出粉漂亮的圖會有兩各主band且比例差1.8倍如果你
仔細的看還會一條粉微弱的5s
這是指用run dna的方式去跑非正規聖經上run的方式
不過先說這方式只供 CHECK RNA要放上PAPER是不合格的啦
還有這樣RUN出來的size是會有一點點的差異
因為兩種gel是不同的有沒有denature的差異
如果你要用放在paper是不建議用run DNA方式去做
: 保重
: ※ 引述《labcorgi (做實驗做實驗~~~)》之銘言：
: : 請問一下
: : 我抽完RNA之後 跑電泳膠
: : 理論上會出現三條band嗎?
雖然用正規的方式和非正規的位置上是差不多
不過不知道你是用?
因為直接說會有點誤差
: :
如果是這樣 三條band的長度大約是多少呢?
: : 麻煩有做過的人解惑一下
: 如果你非用正規聖經上所講的gel去run的話
其實會有點不準
妳如果用跑dna的方式去跑一定要有一個標準版一起跑
但是如果老手的話想偷懶嘿嘿嘿
自己看者辦囉呵呵
不過給老闆看還是跑一下啦
(唉老是教人家偷懶的方法)
: 謝謝~~~
: : ps:是"細菌"喔
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◆ From: 218.167.200.63
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作者: albertwang (會思考的魚) 看板: Biotech
標題: Re: [問題] 關於細菌的 RNA extraction
時間: Fri Jun 10 16:57:06 2005
※ 引述《labcorgi (做實驗做實驗~~~)》之銘言：
: 我這次是有跑出很明顯的3條band
: 但是跟marker相比
: 長度在 1500 700 還有一條跑的非常低
: 照理說應該是ribosome RNA
: 23S => 2900
: 16S => 1500
: 5S => 120
你是用哪一種gel
位置是差不多對了目前我只能說差不多因為我不知道你的gel是用哪一種
然後要看他好不好看位置是不準的
還得是其23and16的比例
: 可是我的長度不對 還是說
: marker的長度單位是"bp"
: 是用在雙股的DNA
: 那單股的RNA就要乘上二才是真正的長度?
: 要人跑過RNA電泳嗎 麻煩解惑一下
: 謝謝~~~
--
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◆ From: 218.167.200.63
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作者: labcorgi (做實驗做實驗~~~) 看板: Biotech
標題: Re: [問題] 關於細菌的 RNA extraction
時間: Fri Jun 10 17:34:26 2005
※ 引述《albertwang (會思考的魚)》之銘言：
: ※ 引述《labcorgi (做實驗做實驗~~~)》之銘言：
: : 我這次是有跑出很明顯的3條band
: : 但是跟marker相比
: : 長度在 1500 700 還有一條跑的非常低
: : 照理說應該是ribosome RNA
: : 23S => 2900
: : 16S => 1500
: : 5S => 120
: 你是用哪一種gel
: 位置是差不多對了目前我只能說差不多因為我不知道你的gel是用哪一種
: 然後要看他好不好看位置是不準的
: 還得是其23and16的比例
阿 我想我讓你誤會了
我們實驗室並沒有專門在玩RNA
只是用一般5%的agarous做gel
marker也是針對DNA長度用的
我跑出來相對於marker的長度是 1500 700 另一條很小
其實我想問的
相同長度的DNA和RNA一起跑電泳
RNA跑的距離會不會是DNA的兩倍
我是剛進研究所的新手 不太會問...
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◆ From: 218.171.213.58
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發信人: [email protected] (Vinyasa), 看板: Biotech
標 題: Re: [問題] 關於細菌的 RNA extraction
發信站: 夢之大地 (Fri Jun 10 22:56:08 2005)
轉信站: ptt!Group.NCTU!grouppost!Group.NCTU!Dream
※ 引述《[email protected] (做實驗做實驗~~~)》之銘言：
> ※ 引述《albertwang (會思考的魚)》之銘言：
> : 你是用哪一種gel
> : 位置是差不多對了目前我只能說差不多因為我不知道你的gel是用哪一種
> : 然後要看他好不好看位置是不準的
> : 還得是其23and16的比例
跑gel會看到兩條明顯的major band...為16S及23S rRNA
5S的band理論也會有...不過很小容易跳掉...很少看到
> 阿 我想我讓你誤會了
> 我們實驗室並沒有專門在玩RNA
> 只是用一般5%的agarous做gel
> marker也是針對DNA長度用的
> 我跑出來相對於marker的長度是 1500 700 另一條很小
> 其實我想問的
> 相同長度的DNA和RNA一起跑電泳
> RNA跑的距離會不會是DNA的兩倍
> 我是剛進研究所的新手 不太會問...
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作者: albertwang (會思考的魚) 看板: Biotech
標題: Re: [問題] 關於細菌的 RNA extraction
時間: Sat Jun 11 00:28:18 2005
※ 引述《labcorgi (做實驗做實驗~~~)》之銘言：
: ※ 引述《albertwang (會思考的魚)》之銘言：
: : 你是用哪一種gel
: : 位置是差不多對了目前我只能說差不多因為我不知道你的gel是用哪一種
: : 然後要看他好不好看位置是不準的
: : 還得是其23and16的比例
: 阿 我想我讓你誤會了
: 我們實驗室並沒有專門在玩RNA
: 只是用一般5%的agarous做gel
用1%去run就可以了
: marker也是針對DNA長度用的
: 我跑出來相對於marker的長度是 1500 700 另一條很小
: 跑RNA有他專用的marker
其實我想問的
: 相同長度的DNA和RNA一起跑電泳
: RNA跑的距離會不會是DNA的兩倍
: run gel
其距離並非是粉簡單的會和長度成一正比
他們是有其一定的對數關係
這比例在聖經上面有他有一個粉完整的比例圖形
有空可以去翻 一翻
我是剛進研究所的新手 不太會問...
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◆ From: 220.137.29.234
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作者: Liebesleid (馬可夫尼可夫如是說) 看板: Biotech
標題: Re: [問題] 關於細菌的 RNA extraction
時間: Sat Jun 11 00:54:07 2005
※ 引述《lnyhn (找尋什麼(M))》之銘言：
: 先說我沒做過RNA
: 依據以前同學的經驗
: 以及老師上課所提及
: 細菌的RNA基本上抽完跑電泳ꘊ: 空空的膠應該是很平常的事情
: 因為沒有cap及polyA保護
: 所以很快就會消失
: 保重
不會啦。
像我要是把 rna 冰太久，想拿出來用的時候跑膠。
都是拿普通的 agarose gel 來跑 (1% or 1.5% 隨便)
而且 EtBr 還是外染的，從沒看過 RNA 不見過。
抽完跑電泳就不見，那你的 RNase 污染也太夠力了。 @@
by the way，在跑電泳的時候通常是只看得到 32S 和 16S，5S 是看不到的。
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◆ From: 61.228.76.8
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作者: pepepep (左邊的天使) 看板: Biotech
標題: Re: [問題] 關於細菌的 RNA extraction
時間: Sat Jun 11 02:31:29 2005
※ 引述《labcorgi (做實驗做實驗~~~)》之銘言：
: ※ 引述《albertwang (會思考的魚)》之銘言：
: : 你是用哪一種gel
: : 位置是差不多對了目前我只能說差不多因為我不知道你的gel是用哪一種
: : 然後要看他好不好看位置是不準的
: : 還得是其23and16的比例
: 阿 我想我讓你誤會了
: 我們實驗室並沒有專門在玩RNA
: 只是用一般5%的agarous做gel
: marker也是針對DNA長度用的
: 我跑出來相對於marker的長度是 1500 700 另一條很小
: 其實我想問的
: 相同長度的DNA和RNA一起跑電泳
: RNA跑的距離會不會是DNA的兩倍
: 我是剛進研究所的新手 不太會問...
其實用1%的gel就可以了啦
想要知道RNA的正確大小
是沒有辦法用你現在像run DNA的方法來做的
主要是因為RNA是單股的核酸...
在一般抽取出的的狀況下
會形成所謂的二度結構...
有點像plasmid會有supercoil form的狀況
所以用一般的native gel來跑
通常會看起來比實際上要來的小 根本無法定確切的大小
因此要run denaturing gel將RNA的二度結構解開才行
同時也需要配上RNA專用的marker來跑
至於相同長度的DNA和RNA一起跑電泳
RNA跑的距離會不會是DNA的兩倍....
這個有待其他高手解答
不過我想跟RNA的二度結構有關係
所以可能因不同的RNA會有不同的結果
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◆ From: 140.112.234.234