作者cocoli (love)
看板Biotech
標題[問題]請問RNA的問題(關於5s,18s,28s)
時間Wed Dec 21 00:39:31 2005
各位大大好~~
小的最近在抽rice callus的total RNA
跑完膠之後應該會有三條band,分別是5s,18s,28s
想請問理論上是否三條band應該要亮度一樣呢??
因為我跑完膠之後照相發現有的sample的5s的band亮度都是18s和28s的4~5倍亮
還有不同sample中我把18s和28s調到看起來差不多時
卻發現5s的亮度差了快3~4倍
是RNA degradation嗎??可是膠看起來也沒有很多smear...
勞煩各位幫我解惑了
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 140.109.32.9
> -------------------------------------------------------------------------- <
作者: tonyroro (孤獨存在) 看板: Biotech
標題: Re: [問題]請問RNA的問題(關於5s,18s,28s)
時間: Wed Jan 4 21:50:02 2006
※ 引述《cocoli (love)》之銘言：
: 各位大大好~~
: 小的最近在抽rice callus的total RNA
: 跑完膠之後應該會有三條band,分別是5s,18s,28s
: 想請問理論上是否三條band應該要亮度一樣呢??
: 因為我跑完膠之後照相發現有的sample的5s的band亮度都是18s和28s的4~5倍亮
: 還有不同sample中我把18s和28s調到看起來差不多時
: 卻發現5s的亮度差了快3~4倍
: 是RNA degradation嗎??可是膠看起來也沒有很多smear...
: 勞煩各位幫我解惑了
理論上 這三條 lane 28S 亮度大於 18s亮度約兩倍
5S理論上看不太到 這樣才是比較好並不是三條都一樣亮
你試用什摸樣的gel跑??
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 203.203.18.64
> -------------------------------------------------------------------------- <
作者: immortal (Break a leg!!!) 看板: Biotech
標題: Re: [問題]請問RNA的問題(關於5s,18s,28s)
時間: Thu Jan 5 13:37:37 2006
※ 引述《tonyroro (孤獨存在)》之銘言：
: : 小的最近在抽rice callus的total RNA
: : 跑完膠之後應該會有三條band,分別是5s,18s,28s
: : 想請問理論上是否三條band應該要亮度一樣呢??
: : 因為我跑完膠之後照相發現有的sample的5s的band亮度都是18s和28s的4~5倍亮
: : 還有不同sample中我把18s和28s調到看起來差不多時 卻發現5s的亮度差了快3~4倍
: : 是RNA degradation嗎??可是膠看起來也沒有很多smear...勞煩各位幫我解惑了
: 理論上 這三條 lane 28S 亮度大於 18s亮度約兩倍
: 5S理論上看不太到 這樣才是比較好並不是三條都一樣亮
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
我是像你說的這樣耶....5S看不到...28S亮度大於18S約2倍
可是....我在28S地方開始出現一整片...白色底色胡胡的一整片........
但是28S.18S的band是非常清楚的..只是28S附近的底(背景)會一整整片白白糊糊一片...
為什麼會這樣??RNA沒抽好嗎??還是哪個步驟沒做好???!!~~
RNA的濃度要多少才算純??大家RNA大部分濃度都多少??~~thanX
--
需要LeSportsac VIP卡卡號者~~歡迎回我信箱~~凡購買LS專櫃商品.可享VIP折扣~~^^~~
(消費時跟專櫃小姐報我的卡號.就可享有VIP折扣.歡迎來信^^)
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 140.120.208.21
> -------------------------------------------------------------------------- <
作者: cocoli (love) 看板: Biotech
標題: Re: [問題]請問RNA的問題(關於5s,18s,28s)
時間: Thu Jan 12 20:15:44 2006
※ 引述《tonyroro (孤獨存在)》之銘言：
: ※ 引述《cocoli (love)》之銘言：
: : 各位大大好~~
: : 小的最近在抽rice callus的total RNA
: : 跑完膠之後應該會有三條band,分別是5s,18s,28s
: : 想請問理論上是否三條band應該要亮度一樣呢??
: : 因為我跑完膠之後照相發現有的sample的5s的band亮度都是18s和28s的4~5倍亮
: : 還有不同sample中我把18s和28s調到看起來差不多時
: : 卻發現5s的亮度差了快3~4倍
: : 是RNA degradation嗎??可是膠看起來也沒有很多smear...
: : 勞煩各位幫我解惑了
: 理論上 這三條 lane 28S 亮度大於 18s亮度約兩倍
: 5S理論上看不太到 這樣才是比較好並不是三條都一樣亮
: 你試用什摸樣的gel跑??
我抽了快一百個sample,5S都很明顯也很亮
亮度一樣是跟18s和28s一樣不成比例
我用37% formimide 和formadehyde 以及MOPS
應該算是denature gel吧@@
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 140.109.32.9
> -------------------------------------------------------------------------- <
作者: tonyroro (孤獨存在) 看板: Biotech
標題: Re: [問題]請問RNA的問題(關於5s,18s,28s)
時間: Thu Jan 12 23:20:20 2006
※ 引述《cocoli (love)》之銘言：
: ※ 引述《tonyroro (孤獨存在)》之銘言：
: : 理論上 這三條 lane 28S 亮度大於 18s亮度約兩倍
: : 5S理論上看不太到 這樣才是比較好並不是三條都一樣亮
: : 你試用什摸樣的gel跑??
: 我抽了快一百個sample,5S都很明顯也很亮
: 亮度一樣是跟18s和28s一樣不成比例
: 我用37% formimide 和formadehyde 以及MOPS
: 應該算是denature gel吧@@
你一開始的抽RNA reagent 已經確定是沒有問題的嗎?
你的RNA有沒有再去加入 denature buffer之後再加熱
在Load到gel中 可是這個gel必須是現泡
running buffer 也必需是現泡 用完就要倒掉
應該是37%的formadehyde和 10x的mops
以及DEPC 水和agar做成的gel八
你做這個gel 的過程是如何
RNA的 260/280比值是多少?
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 203.203.18.64
> -------------------------------------------------------------------------- <
作者: aggaci (好想學鋼琴阿!!) 看板: Biotech
標題: Re: [問題]請問RNA的問題(關於5s,18s,28s)
時間: Thu Jan 12 23:32:35 2006
※ 引述《tonyroro (孤獨存在)》之銘言：
: ※ 引述《cocoli (love)》之銘言：
: : 我抽了快一百個sample,5S都很明顯也很亮
: : 亮度一樣是跟18s和28s一樣不成比例
: : 我用37% formimide 和formadehyde 以及MOPS
: : 應該算是denature gel吧@@
: 你一開始的抽RNA reagent 已經確定是沒有問題的嗎?
: 你的RNA有沒有再去加入 denature buffer之後再加熱
: 在Load到gel中 可是這個gel必須是現泡
: running buffer 也必需是現泡 用完就要倒掉
: 應該是37%的formadehyde和 10x的mops
: 以及DEPC 水和agar做成的gel八
: 你做這個gel 的過程是如何
: RNA的 260/280比值是多少?
每種生物的18S和28S的亮度比例都不完全一樣吧?
我個人覺得沒有smear、18S、28S明顯就好
--
http://0rz.net/da0PG 我的相簿....
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 140.114.100.165
> -------------------------------------------------------------------------- <
作者: giligola (辛苦忙碌的生活) 看板: Biotech
標題: Re: [問題]請問RNA的問題(關於5s,18s,28s)
時間: Sat Jan 21 12:15:14 2006
※ 引述《tonyroro (孤獨存在)》之銘言：
: ※ 引述《cocoli (love)》之銘言：
: : 我抽了快一百個sample,5S都很明顯也很亮
: : 亮度一樣是跟18s和28s一樣不成比例
: : 我用37% formimide 和formadehyde 以及MOPS
: : 應該算是denature gel吧@@
: 你一開始的抽RNA reagent 已經確定是沒有問題的嗎?
: 你的RNA有沒有再去加入 denature buffer之後再加熱
: 在Load到gel中 可是這個gel必須是現泡
: running buffer 也必需是現泡 用完就要倒掉
: 應該是37%的formadehyde和 10x的mops
: 以及DEPC 水和agar做成的gel八
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
這樣可以嗎? 不是都要用TE buffer嗎?
: 你做這個gel 的過程是如何
: RNA的 260/280比值是多少?
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 220.132.83.17
推 u8524009:用DEPC水沒錯啦..這是跑RNA專用的... 01/21 12:22
→ polyhedron:瓊脂不是培養基用的麼﹖跑膠應該用瓊脂糖吧 01/21 21:43
> -------------------------------------------------------------------------- <
作者: tonyroro (孤獨存在) 看板: Biotech
標題: Re: [問題]請問RNA的問題(關於5s,18s,28s)
時間: Sun Jan 22 13:59:41 2006
※ 引述《giligola (辛苦忙碌的生活)》之銘言：
: ※ 引述《tonyroro (孤獨存在)》之銘言：
: : 你一開始的抽RNA reagent 已經確定是沒有問題的嗎?
: : 你的RNA有沒有再去加入 denature buffer之後再加熱
: : 在Load到gel中 可是這個gel必須是現泡
: : running buffer 也必需是現泡 用完就要倒掉
: : 應該是37%的formadehyde和 10x的mops
: : 以及DEPC 水和agar做成的gel八
: ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
: 這樣可以嗎? 不是都要用TE buffer嗎?
: : 你做這個gel 的過程是如何
: : RNA的 260/280比值是多少?
不好意思 打錯了是 agarose
我還有試過用1% TAE gel跑 也可以
(0.2g agarose +TAE buffer )
不過要現泡 泡完快點用掉比較好
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 218.32.80.2
推 midmoom:他跑的是denature gel跟你說的不一樣 01/24 03:31