推 niolas:我是用Tap-tagging,也是不錯的方法啦~ 140.112.246.136 10/01
推 HIbaby:喔 你可以介紹一下你的方法嗎? 219.1.156.27 10/01
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作者: aggaci (五子棋啦) 看板: Biotech
標題: Re: [討論]protein-protein interaction
時間: Fri Oct 1 13:25:35 2004
※ 引述《HIbaby (嗨北鼻)》之銘言：
: 我都用ip啦 同實驗室的學長 有人用GST 有人用yeast two hybrid
: 不過我不知道 你說的物化方法是哪些 可以舉個例嗎
: 印象中 有用生物趕測器的方式 來測蛋白質和受體間的結合力
你說的應該是SPR~~
: 當結合以後 會有微電極產生
: 可以比較精確測得binding的強弱
: 這算物化法嗎? 如果你有興趣 我再找相關paper給你看
: ※ 引述《baseguard (....NN )》之銘言：
: : 各位在做研究時,測試protein-protein interaction 大概都是用什麼方法?
: : yeast two-hybrid, GST(or orther tags) pull-down ,IP ...
: : 這些我都用過...帶給我很大的困擾..各有各的麻煩
: : 似乎有人用比較物化的方式,可不可以分享看看?
: : FRET?
: : isothermal titration ?
: : 因為本身都是用分生的做法
: : 希望一窺物化 生化領域的朋友的觀點
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◆ From: 140.114.100.165
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作者: keku (月光下輕舞) 看板: Biotech
標題: Re: [討論]protein-protein interaction
時間: Sat Oct 2 15:00:33 2004
※ 引述《hunnan (猴子嘰嘰叫)》之銘言：
: FRET是現在蠻新潮的做法 主要是最後結果的呈現很華麗啦
: 就功能上來說的話 我覺得有時候用IP就可以證明兩個protein的interaction了
: 不過FRET有個好處是他是即時去偵測細胞中蛋白質交互作用的情形
: 所以比較接近於真實的生理狀態
: 但是FRET的操作 會受限於細胞接受transfection的能力
不一定都要用transinfection的方法標定
直接用染的也行
不過說真的不管哪一種方法 FRET選用的螢光材料將是最大的技術限制
ps.呵呵～剛好我們實驗室正在籌組架一台
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◆ From: 219.91.0.112
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作者: Bcl2 (Ode to Joy) 看板: Biotech
標題: Re: [討論]protein-protein interaction
時間: Sat Oct 2 21:38:58 2004
※ 引述《hunnan (猴子嘰嘰叫)》之銘言：
: FRET是現在蠻新潮的做法 主要是最後結果的呈現很華麗啦
: 就功能上來說的話 我覺得有時候用IP就可以證明兩個protein的interaction了
: 不過FRET有個好處是他是即時去偵測細胞中蛋白質交互作用的情形
: 所以比較接近於真實的生理狀態
: 但是FRET的操作 會受限於細胞接受transfection的能力
: 所以有時候 也無法進行
本來才在想說FRET能不能拿來做proteomic方面的real-time detection
沒想到還真的可以!
也在玩FRET但是是拿來做Q-PCR的人
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遨遊崑崙上空 俯瞰太平洋濱
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◆ From: 203.69.64.83
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作者: littlesky (littlesky) 看板: Biotech
標題: Re: [討論]protein-protein interaction
時間: Wed Oct 6 00:03:01 2004
※ 引述《aggaci (五子棋啦)》之銘言：
: ※ 引述《HIbaby (嗨北鼻)》之銘言：
: : 我都用ip啦 同實驗室的學長 有人用GST 有人用yeast two hybrid
: : 不過我不知道 你說的物化方法是哪些 可以舉個例嗎
: : 印象中 有用生物趕測器的方式 來測蛋白質和受體間的結合力
: 你說的應該是SPR~~
: : 當結合以後 會有微電極產生
: : 可以比較精確測得binding的強弱
: : 這算物化法嗎? 如果你有興趣 我再找相關paper給你看
以biophysic 的方法來做protein protein interaction 主要有
SPR (BIACORE)
與目前全台灣極少數實驗室所有擁有的技術 (包含本實驗室共三間)
AUC (analytical ultracentrifugation)
上述兩者可以確切指出兩者 protein 的作用力的數值
與一般 molecular biology 所使用的 pull down assay
yeast two hybrid 比起來, 以上 biophysic 方式給的是數值
而分生方式給的比較是大略的 yes or no,..比較模糊的概念
但各有所長
不代表biophysic 比較高干 (如上入兩種方法都不能解決in vivo的問題)
但若是其他 physical chemistry 的方式還有很多種
如 ESR , fluorescence 等等...
其他近似比較偏化學或物理的方法還有 gel filtration , native PAGE,
mass, NMR, chemical cross linking 甚至 EM (electrol microscopy).....等等等
都有人應用在protein protein interaction 上面
但都需要有其他的方式加以證明
有人有興趣嗎? 本實驗室歡迎你...................
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◆ From: 203.204.140.176
→ littlesky:加註一點 不能解決in vivo的是指SPR與AUC 203.204.140.176 10/06
推 keku:會做SPR的絕對不只3間... 140.109.225.161 10/06
推 SugarSa:貴實驗室在哪？ 61.229.124.178 10/07
推 Lipaty:他指的是AUC不超過三間 140.112.121.97 10/07
推 abc0:生化實驗法可以用競爭法推測結合強度 143.48.8.154 10/08