各位前輩晚安
小的是生物領域的新人
想要請教大家目前 public domain 中
有沒有哪些資料庫 是記載有關蛋白質分類的呢
不管是依功能分或結構分都可以 但希望是有分多層一點的
比如說有 root--> class--> superfamily--> family 這樣子的
我目前找了幾個像是
ExPASy HAMAP families (http://us.expasy.org/cgi-bin/hamap/browse.cgi)
PIR iProClass Database (http://pir.georgetown.edu/iproclass/)
SCOP (http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/)
Pfam (http://www.sanger.ac.uk/Software/Pfam/browse/top_twenty.shtml)
但前兩個是只有family這一層 沒有再往上歸納出 superfamily等層
第三個雖然分了很多層 但資料量不太夠多 單個family中都大概只有10條以內的序列
最後一個則是看不太懂他的意思 不知道如何取出一個family中的序列(羞)
希望大家能提供一些資訊~感謝大家的幫忙
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標 題: Re: [問題] 請教蛋白質分類的資料庫
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> 各位前輩晚安
> 小的是生物領域的新人
> 想要請教大家目前 public domain 中
> 有沒有哪些資料庫 是記載有關蛋白質分類的呢
> 不管是依功能分或結構分都可以 但希望是有分多層一點的
> 比如說有 root--> class--> superfamily--> family 這樣子的
> 我目前找了幾個像是
> ExPASy HAMAP families (http://us.expasy.org/cgi-bin/hamap/browse.cgi)
> PIR iProClass Database (http://pir.georgetown.edu/iproclass/)
> SCOP (http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/)
> Pfam (http://www.sanger.ac.uk/Software/Pfam/browse/top_twenty.shtml)
> 但前兩個是只有family這一層 沒有再往上歸納出 superfamily等層
> 第三個雖然分了很多層 但資料量不太夠多 單個family中都大概只有10條以內的序列
> 最後一個則是看不太懂他的意思 不知道如何取出一個family中的序列(羞)
> 希望大家能提供一些資訊~感謝大家的幫忙
SCOP 和 CATH這兩個database只分類已經知道結晶結構的protein，資料量當然很少，
其他的database 大都根據sequence和function作分類
pfam我比較熟，他是根據HMM model將protein中conserve的區域找出來，目前在
Uniprot database中紀錄的protein(約1,700,000條)有大約90%有pfam的分類
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