Re: [問題]有沒有人會看這個圖啊

[sGoat (無三小羚羊)]

※ 引述《goodman1 (來徵女友好了)》之銘言：
: http://p2.p.pixnet.net/albums/userpics/2/3/17323/112477805326.jpg
: 1.這種圖是叫做「genotyping」還是「haplotyping」啊？＠＠？

這種圖其實指出了套數(copy number)以及遺傳性的資料...
你把每個peak當成是跑膠的band而波峰高度當成是band的濃度...
再把父母跟病人的圖想像是一張由左跑到右的電泳圖...
於是這就像極了一張RFLP的圖...
利用RFLP來鑑定親源的原理不用我多說了吧...

至於在這張圖裡出現的多個波峰跟波峰的高度所代表的意義...
如果這種圖的看法跟流式細胞儀(flow cytometry)的方式要是一樣的話...
每個完整的peak圖(例如在父系的D11S4046的四個peak)下方所圍起來的面積...
是代表在這整個genome中擁有這個allele的基因...

簡單來說若是四個peak的高度加起來算是100%的話...
那麼每個peak的高度就代表擁有這種套數的細胞在整個帶有此種allele的細胞中所佔比例

但是有的帶有單套有的帶有雙套要怎樣分別...
以flow cytometry的例子來說...
當細胞中的allele套數增加時,在數據中的peak會向後位移...
通常每個相鄰的peak會以倍數成長...

以在父系的D11S4046的四個peak為例子...
當第一個peak是單套的細胞時,下一個peak代表的是雙套細胞的量,再下一個是四套的...
再下一個是十六套的以此類推(這邊不太確認,若有錯請指正)
而每個peak的相對高度代表細胞在整個帶有此allele的細胞群中所佔的比例...
                ↑ (其實是面積)

例如有abc三個連續peak 分別有8,12,4的數量,a在這其中佔有8/24的數量...
b佔有12/24,c佔有4/24...而a可能是單套,b是雙套,c是四套...

不過這是以flow cytometry作為資料分析的情形...
你參考看看...

: 2.要怎麼看？
:   她說這個編號SR90的病人跟她的父母
:   用三個STR marker去看在染色體11p15位置上的duplication
:   相較之下，這個病人的DNA在locus D11S4046的母系allele 196.64上
:                                  D11S1760              88.95
:                                  D11S1984             169.88
:   有增加的copy number
: 就這兩個問題吧，我常常看到這種圖，可是都看不懂不會看 ><"
: 有沒有人會的麻煩教一下吧 （跪）

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◆ From: 140.120.130.14
→ sGoat:忘了補充...peak的套數是要看出現的位置才會決定
→ sGoat:並不是相鄰的就一定是相差兩倍...
推 goodman1:感覺好像不太能懂 囧rz 如果是用cyto flow
→ goodman1:去看，照你的講法病人的peak應該會比較大
→ goodman1:peak底下的面積要比父母多,這樣才有duplication
→ goodman1:可是病人的peak沒有比較高比較大啊？＠＠？
→ goodman1:為什麼還可以看出來有duplication ><"
→ goodman1:你這樣講又讓我發現一個問題，在D11S4046上
→ goodman1:病人是"196.64"，病媽是"196.71"
→ goodman1:病人是"182.96"，病爸是"183.01" 囧rz
→ goodman1:數字是代表什麼鬼 ><"
→ goodman1:照他底下的描述好像是allele的編號？＠＠？
→ goodman1:可是還是不懂差別 T_T
推 sGoat:所謂的套數比較多...是自己的peak跟自己的peak比
→ sGoat:你沒看到病人的後面的peak比前面的peak高一點嗎
→ sGoat:跟父或是母的比較...雙套的都比單套的比例高不是嗎
推 goodman1:><" 不懂～為什麼說要自己跟自己比，然後又跟父
→ goodman1:母比 囧rz 而且後面比前面高？不會看 T_T
→ goodman1:我只有看到88.95有比媽媽高一點 Orz
推 sGoat:就是你說的高一點那種樣子...
→ sGoat:但是一般來說那種圖都還會再給個精確的比值...
→ sGoat:所以他說的有比較多可能從圖上看不是很明顯...
→ sGoat:還有那種高一點...是比值高一點歐...不是高度
推 goodman1:所以是說要看圖沒有給的比值才知道有沒有duplic
→ goodman1:單看這個圖是看不出來的，是這個意思嗎？ ＠＠ꄠ